计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[VASP] VASP的最简单的安装方法(含全程视频演示)

  [复制链接 Copy URL]

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

106#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-17 02:41:16 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-16 20:37
请问老师,如果用Intel Parallel Studio XE 2020,会不会不如用2019 Update 1的好?

不会
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

532

帖子

0

威望

5597

eV
积分
6129

Level 6 (一方通行)

107#
发表于 Post on 2020-1-17 12:02:15 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2020-1-17 12:03 编辑

谢谢老师,请问老师安装Parallel Studio XE时,安装条件缺少一项,Missing optional prerequisites
-- “Kernel source directory is not found. Unable to build the sampling driver. ”请问如何解决?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

108#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-18 16:43:07 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-17 12:02
谢谢老师,请问老师安装Parallel Studio XE时,安装条件缺少一项,Missing optional prerequ ...

可能跟你的操作系统版本不兼容。看编译器主页上说明的兼容的系统
如果能无视此问题继续安装,就不用管它。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

532

帖子

0

威望

5597

eV
积分
6129

Level 6 (一方通行)

109#
发表于 Post on 2020-1-18 21:22:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dingniu2 于 2020-1-18 21:36 编辑
sobereva 发表于 2020-1-18 16:43
可能跟你的操作系统版本不兼容。看编译器主页上说明的兼容的系统
如果能无视此问题继续安装,就不用管它 ...

谢谢老师,请问老师用root安装的Intel Parallel Studio XE和产生libfftw3xf_intel.a库文件,编译vasp时用了非root用户,安装成功了,这样编译出来的vasp会不会有问题?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

110#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-19 18:40:26 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-18 21:22
谢谢老师,请问老师用root安装的Intel Parallel Studio XE和产生libfftw3xf_intel.a库文件,编译vasp时用 ...

不会
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

532

帖子

0

威望

5597

eV
积分
6129

Level 6 (一方通行)

111#
发表于 Post on 2020-1-21 10:39:41 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,编译VTST时,其它环节与老师的设置一致,到了修改makefile.include环节,参考网上帖子在makefile.include文件中加入四项:
1)MKLROOT    =/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl
2)BLAS =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
3)LAPACK =-L$(MKL_PATH) -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread
4)OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o \
           /opt/fftw/lib/libfftw3_mpi.a
请问老师这四项是针对VTST编译的特殊要求,还是vasp安装的常规需求?如果是针对常规vasp而不是VTST的话,我就按老师你的安装方法不写这四项,以免出错。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

112#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-22 13:36:48 | 只看该作者 Only view this author
dingniu2 发表于 2020-1-21 10:39
请问老师,编译VTST时,其它环节与老师的设置一致,到了修改makefile.include环节,参考网上帖子在makefile ...

常规安装显然不需要这些。我的方法是最简单的,网上乱七八糟帖子净是一大堆多余的设置,所以我在标题里强调了“最简单”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

194

帖子

0

威望

881

eV
积分
1075

Level 4 (黑子)

113#
发表于 Post on 2020-1-22 14:07:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 dali 于 2020-1-23 11:26 编辑
sobereva 发表于 2020-1-22 13:36
常规安装显然不需要这些。我的方法是最简单的,网上乱七八糟帖子净是一大堆多余的设置,所以我在标题里强 ...

请问根据您的经验,这四项对于加了VTST的vasp编译是不是也应该是多余的?

3

帖子

0

威望

21

eV
积分
24

Level 1 能力者

114#
发表于 Post on 2020-2-19 18:54:05 | 只看该作者 Only view this author
新人报道,学习了

279

帖子

2

威望

4423

eV
积分
4742

Level 6 (一方通行)

打脸只许打一次

115#
发表于 Post on 2020-2-23 17:46:22 | 只看该作者 Only view this author
dali 发表于 2020-1-22 14:07
请问根据您的经验,这四项对于加了VTST的vasp编译是不是也应该是多余的?

14需要, 23都是多余的。

2

帖子

0

威望

21

eV
积分
23

Level 1 能力者

116#
发表于 Post on 2020-3-5 16:15:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 shenlan 于 2020-3-5 16:17 编辑

请问老师,我按照视频一样的操作完成了前两步,到测试vasp的时候,输入mpirun -np 4 vasp结果显示failed,不知道是哪里出问题了。
在mac电脑上安装的VM虚拟机,网络设置是NAT模式,不清楚是不是网络的原因。

[1583394964.188382] [localhost:10905:0]         select.c:406  UCX  ERROR no remote registered memory access transport to <no debug data>: self/self - Destination is unreachable, mm/sysv - Destination is unreachable, mm/posix - Destination is unreachable, cma/cma - no put short
Abort(1091471) on node 0 (rank 0 in comm 0): Fatal error in PMPI_Init: Other MPI error, error stack:
MPIR_Init_thread(703)........:
MPID_Init(958)...............:
MPIDI_OFI_mpi_init_hook(1382): OFI get address vector map failed

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112384

管理员

公社社长

117#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-7 10:24:28 | 只看该作者 Only view this author
shenlan 发表于 2020-3-5 16:15
请问老师,我按照视频一样的操作完成了前两步,到测试vasp的时候,输入mpirun -np 4 vasp结果显示failed, ...

光从这上不好确定
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

18

帖子

0

威望

111

eV
积分
129

Level 2 能力者

118#
发表于 Post on 2020-3-10 12:40:22 | 只看该作者 Only view this author
非常感谢

44

帖子

0

威望

1911

eV
积分
1955

Level 5 (御坂)

119#
发表于 Post on 2020-3-24 10:10:46 | 只看该作者 Only view this author
shenlan 发表于 2020-3-5 16:15
请问老师,我按照视频一样的操作完成了前两步,到测试vasp的时候,输入mpirun -np 4 vasp结果显示failed, ...

请问您的问题解决了吗?我是在服务器安装的,单核计算没问题。但是多核的时候就会出现和与您一样的错误提示。谢谢回复

2

帖子

0

威望

63

eV
积分
65

Level 2 能力者

120#
发表于 Post on 2020-4-5 00:37:07 | 只看该作者 Only view this author
小苹果 发表于 2019-1-27 17:31
sob老师好,前面认真按照介绍逐步完成,最后make all编译时出现如下错误怎么回事?已经安装Intel mpi库了, ...

您好,我在make all编译时遇到了和您同样的问题,不知您最后是怎么解决的?还望赐教。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 13:41 , Processed in 0.203423 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list