CentOS7下安装GROMACS（GPU+AVX512）的经历分享

naoki · 发表于 Post on 2020-9-9 19:25:20

本帖最后由 naoki 于 2020-9-9 19:28 编辑

jluZ 发表于 2020-9-9 18:04
你好博主。
因为是新手，所以不是很理解您编译gcc5.5.0的时候，后面语句的意义。
您看您是否愿意给一些注 ...

wget https://mirrors.ustc.edu.cn/gnu/gcc/gcc-5.5.0/gcc-5.5.0.tar.gz；下载gcc安装包
tar -xf gcc-5.5.0.tar.gz；解压gcc安装包
cd gcc-5.5.0；进入解压后的文件夹
./contrib/download_prerequisites；下载依赖项
mkdir gcc-build-5.5.0；新建gcc-build-5.0.0文件夹
cd gcc-build-5.5.0；进入该文件夹
../configure --enable-checking=release --enable-languages=c,c++ --disable-multilib；设置编译参数：对代码进行一致性检查、支持c和c++语言、我是64位系统，禁止生成32位代码
make -j；开始编译
make install；安装编译好的文件

strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCX；查看/usr/lib64下libstdc++.so.6中包含动态库有哪些版本
strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6|grep GLIBCXX；查看/usr/local/lib64下libstdc++.so.6中包含动态库有哪些版本，更新gcc后/usr/lib64下没有更新动态库，而/usr/local/lib64里有新的库，确认一下
cp /usr/local/lib64/libstdc++.so.6.0.21 /usr/lib64/；所以把更新了的库libstdc++.so.6.0.21复制到/usr/lib64
cd /usr/lib64/；进到/usr/lib64里
rm -f libstdc++.so.6；删掉原来的旧库软链接
ln -s libstdc++.so.6.0.21 libstdc++.so.6；将默认库的软链接指向更新后的动态库
ll libstdc*；查看一下链接成功没

jluZ · 发表于 Post on 2020-9-12 07:46:33

十分感谢您的回复和宝贵的分享！

jluZ · 发表于 Post on 2020-10-17 19:20:10

naoki 发表于 2019-5-6 16:48
GROMACS官网：“AVX_512 Skylake-X desktop and Skylake-SP Xeon processors (2017); it will generally ...

您知道怎样看自己的cpu适不适合AVX512吗？

naoki · 发表于 Post on 2020-10-17 19:52:30

jluZ 发表于 2020-10-17 19:20
您知道怎样看自己的cpu适不适合AVX512吗？

intel官网

snljty · 发表于 Post on 2020-10-17 21:04:10

本帖最后由 snljty 于 2020-10-17 21:08 编辑

jluZ 发表于 2020-10-17 19:20
您知道怎样看自己的cpu适不适合AVX512吗？

for i in avx512 avx2 "avx[^2]" sse4_2; do grep -o -e $i /proc/cpuinfo; done

复制代码

jluZ · 发表于 Post on 2020-10-19 11:00:03

naoki 发表于 2020-10-17 19:52
intel官网

非常感谢！

jluZ · 发表于 Post on 2020-10-19 11:04:02

snljty 发表于 2020-10-17 21:04

非常感谢！
我显示出的是
avx512
avx512
avx2
avx2
这种一长串
这样说明是可以的吗？

snljty · 发表于 Post on 2020-10-19 11:20:19

jluZ 发表于 2020-10-19 11:04
非常感谢！
我显示出的是
avx512

显示了哪个，就说明支持哪个指令集~

jluZ · 发表于 Post on 2020-10-20 10:37:15

snljty 发表于 2020-10-19 11:20
显示了哪个，就说明支持哪个指令集~

非常感谢！

lao7 · 发表于 Post on 2021-4-9 22:11:31

胡说发表于 2019-4-3 09:39
可以测试下AVX2_256与AVX512的速度差别。
因为我机子上测试发现在GPU加速时候，AVX512要略慢于AVX2_256
...

the tests are very important. Thanks.

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-4-10 03:11:51

snljty 发表于 2020-10-19 11:20
显示了哪个，就说明支持哪个指令集~

直接 lscpu就好了

hangmint · 发表于 Post on 2021-4-10 13:35:56

你这个还好,我遇到了gcc版本过高导致无法编译，也是卸载了原来的gcc重新编译了对应的版本。

snljty · 发表于 Post on 2021-4-10 15:23:24

喵星大佬发表于 2021-4-10 03:11
直接 lscpu就好了

谢谢！当时没仔细查过这类命令，不太熟悉~

lisanoid · 发表于 Post on 2021-12-26 00:48:58

编译之后报错了，实在太长，最后几行如下：请帮忙分析一下吧
make[3]: *** [s-attrtab] Killed
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs....
rm gcc.pod
make[3]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0/gcc'
make[2]: *** [all-stage2-gcc] Error 2
make[2]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0'
make[1]: *** [stage2-bubble] Error 2
make[1]: Leaving directory `/sob/gcc-5.5.0/gcc-build-5.5.0'
make: *** [all] Error 2

snljty · 发表于 Post on 2021-12-26 05:55:16

lisanoid 发表于 2021-12-26 00:48
编译之后报错了，实在太长，最后几行如下：请帮忙分析一下吧
make[3]: *** [s-attrtab] Killed
make[3]: ...

你这个报错没有有价值信息。说清操作所有涉及到的版本和输入，贴更完整的信息。

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