VMD里原子选择语句的语法和例子

tuzhidingdong

sobereva 发表于 2021-11-2 11:00
看不懂你的意思
如果是只显示某个区域的格点数据的等值面，VMD没法直接实现。需要通过Multiwfn对格点数 ...

嗯，就是这个意思，感谢社长

DZW

请问VMD中有显示/隐藏极性氢原子和非极性氢原子的语法吗? 还是说这个得自己写脚本？

sobereva

DZW 发表于 2021-12-17 20:45
请问VMD中有显示/隐藏极性氢原子和非极性氢原子的语法吗? 还是说这个得自己写脚本？

没有现成语法区分极性和非极性氢。除非你载入的文件有原子电荷信息，可以根据原子电荷大小区分

Aristotler

老师请问：在gromacs 里 如何选区某残基的中的全部某类元素呢？比如如何选区DME这个残基中全部的O原子（包含O1 和O2）呢？我写resname DME and name O1 and O2 感觉不对，请指教

sobereva

Aristotler 发表于 2022-3-8 21:23
老师请问：在gromacs 里 如何选区某残基的中的全部某类元素呢？比如如何选区DME这个残基中全部的O原子（包 ...

resname DME and name O1 O2

Aristotler

sobereva 发表于 2022-3-9 05:14
resname DME and name O1 O2

非常感谢老师

牧生

请教一个问题，我做水合物模拟后，一个氯离子跑到了盒子的边缘，我想选择这个氯离子附近5 A的所有分子做分析，我使用same residue as pbwithin 5 of residue 1209, 结果得到穿过盒子边缘的两个半球形

我该使用什么样的语句才能顺利取出边界上的一个完整的圆球形呢。？

sobereva

牧生 发表于 2022-5-7 20:15
请教一个问题，我做水合物模拟后，一个氯离子跑到了盒子的边缘，我想选择这个氯离子附近5 A的所有分子做分 ...

你得用trjconv处理轨迹，让氯离子在盒子里居中，并且把此时盒子外的分子wrap进盒子，然后再用VMD选择

牧生

sobereva 发表于 2022-5-9 21:56
你得用trjconv处理轨迹，让氯离子在盒子里居中，并且把此时盒子外的分子wrap进盒子，然后再用VMD选择

我使用 gmx make_ndx  -f md.gro -o index.ndx   选择需要分析的氯离子

再用gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -o md_center.xtc -pbc mol -center  -n index.ndx，

尽管氯离子放到盒子的中间位置， 但实际上氯离子仍然处在盒子边缘上，并不在盒子内部的中间。
   
请帮忙再看一下。

2022.5.11 问题已经解决。

解决方法：①直接将MD结束后得到的gro转为pdb格式。②用gv打开这个pdb，会自动去掉虚原子，再存为pdb，③文本软件打开这个pdb，确认前几行有盒子的尺寸信息 ，如果没有盒子信息，自己手动加上。④使用Multiwfn扩展为2X2X2，存为pdb格式。⑤用VMD打开这个盒子，用语法去选择想要的原子及周围的分子，根本不用想命令，也不用处理轨迹，也不用wrap，非常简单。
看起来似乎步骤多，但都只是在打开和保存，转化格式，且不用费脑子。

有一点缺陷，但不知道是哪一步有缺陷。最终用VMD选择的小球形中，CL原子可能会变成C，但这个问题不大，自己用文本编辑软件打开最后一步的pdb，一看就能找到是哪个。

一条君

【within 5 of AAA：距离AAA 5埃以内的原子。选取时不考虑周期边界条件，用pbwithin则考虑】这点强烈推荐给周期性体系用VMD中tcl命令作结构统计，配位数统计，vmd边界原子选取等等的同学，自己用了一年才发现这个问题！！！
类似帖子如http://bbs.keinsci.com/thread-17972-1-1.html【求助 如何正确统计离子的数目】；http://bbs.keinsci.com/thread-16153-1-1.html【请教：周期性体系统计分子数目的问题】

ginlpein

社长，想问一下“一般关键词”这一批里面，哪些是直接从原文件中读取的？哪些是读取原子坐标后VMD根据程序判定自动生成的？
比如，在PDB文件没有键接信息的情况下，residue似乎是根据VMD对成键判定再对各个分子标号，而resid似乎是纯粹看原文件中的情况。
请问这方面是否有情况的总结？
不同软件里生成出来的PDB经常有很多不同的情况，比如不登记残基名称/序号、原子序号生成时候重新打乱等等情况，所以需要tcl脚本重新搞一下才能后续用的比较顺畅。

sobereva

ginlpein 发表于 2023-1-11 22:11
社长，想问一下“一般关键词”这一批里面，哪些是直接从原文件中读取的？哪些是读取原子坐标后VMD根据程序 ...

输入文件里没有明确记录的信息肯定是VMD自己判断的，不清楚的话测试几次就知道了

Jus

sobereva 发表于 2023-1-12 06:36
输入文件里没有明确记录的信息肯定是VMD自己判断的，不清楚的话测试几次就知道了

sob老师您好，我是想用angle.tcl脚本计算夹角，这个脚本里是用四个变量来确定两个向量，我想计算的夹角，是两个原子构成的向量与Z轴形成的夹角。我在前两个select里输入的是resid 691 and type O58和resid 691 and type O119确定的两个原子（我也不确定是不是这样写的），然后剩下的两个select不知道写啥来描述Z轴。
万分感谢老师指点！

sobereva

Jus 发表于 2023-1-29 22:20
sob老师您好，我是想用angle.tcl脚本计算夹角，这个脚本里是用四个变量来确定两个向量，我想计算的夹角， ...

我不知道你说的angle.tcl是什么东西

Jus

sobereva 发表于 2023-1-30 23:43
我不知道你说的angle.tcl是什么东西

老师您好，是在 http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html 这个帖子里的angle.tcl脚本，内容如下#---------------------------------------------------
set outfile [open angle.dat w]
set select1 "protein and resid 1"
set select2 "protein and resid 2"
set select3 "protein and resid 2"
set select4 "protein and resid 3"
#---------------------------------------------------
set nf [molinfo top get numframes]
set sel1 [atomselect top "$select1"]
set sel2 [atomselect top "$select2"]
set sel3 [atomselect top "$select3"]
set sel4 [atomselect top "$select4"]
for { set i 1 } { $i <= $nf } { incr i } {   
        $sel1 frame $i
        set V1 [measure center "$sel1"]
        $sel2 frame $i
        set V2 [measure center "$sel2"]
        $sel3 frame $i
        set V3 [measure center "$sel3"]
        $sel4 frame $i
        set V4 [measure center "$sel4"]
        set VA [vecsub $V1 $V2]
        set VB [vecsub $V3 $V4]
        set COSAB [expr [vecdot $VA $VB]/([veclength $VA]*[veclength $VB])]
        set ANGLE [expr acos($COSAB)*180/3.1415926]
        puts $outfile "[expr $ANGLE]"
}
close $outfile
puts "All Done!"