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楼主 Author: sobereva
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[VMD] VMD里原子选择语句的语法和例子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-2 01:32:21 | 只看该作者 Only view this author
Jus 发表于 2023-1-31 08:22
老师您好,是在 http://bbs.keinsci.com/thread-14821-1-1.html 这个帖子里的angle.tcl脚本,内容如下#-- ...

我没用过那个脚本,应当问原作者

计算与Z轴夹角自己写单独的脚本就完了

北京科音分子动力学与GROMACS培训班里详细讲怎么编写脚本,对于与Z轴夹角问题也给了相关的脚本




北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-13 15:37:48 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,请教下老师我想选择体系中的CO2和N2该如何使用选择语法,谢谢卢老师。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-14 10:27:53 | 只看该作者 Only view this author
Gzh_NJ 发表于 2024-3-13 15:37
卢老师好,请教下老师我想选择体系中的CO2和N2该如何使用选择语法,谢谢卢老师。

没有结构文件没法回答
这取决于体系里都有什么、原子名、残基名、原子序号范围
根据这些信息自行判断怎么用合适的选择语句
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-3-15 11:23:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-14 10:27
没有结构文件没法回答
这取决于体系里都有什么、原子名、残基名、原子序号范围
根据这些信息自行判断怎 ...

谢谢卢老师,我再上传结构文件在另一个帖子进行求助。老师,我是想用CP2K培训班统计产物脚本时想统计产物CO2和H2O随着时间变化,尝试一段时间后没有成功,麻烦老师有空看看,谢谢老师。
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发表于 Post on 2024-3-28 18:00:27 | 只看该作者 Only view this author
老师好,我想请教一下,为什么同一个残基它的residue 165、但resid 195?resid看起来对同一个蛋白的同一个残基是固定的,不同文献中这个蛋白质上的这个残基都是SER195。
谢谢老师!
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-28 20:47:48 | 只看该作者 Only view this author
yihanxu 发表于 2024-3-28 18:00
老师好,我想请教一下,为什么同一个残基它的residue 165、但resid 195?resid看起来对同一个蛋白的同一个 ...

residue:残基编号,从0开始
resid:残基编号,从1开始。若结构文件里有残基号则与之一致

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发表于 Post on 2024-3-28 21:38:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-28 20:47
residue:残基编号,从0开始
resid:残基编号,从1开始。若结构文件里有残基号则与之一致

明白了,谢谢老师!
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