Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

h840473807

请问CASTEP的SCF不收敛，出现能量振荡怎么解决？结构是已经用VASP优化收敛了的，CASTEP中设置如图
@jiewei

GSRush

Dear all!

Can some one send me norm-conserving pseudopotential file for praseodymium which i can you in CASTEP?

Sincerely,
Aleksandr.

SAI

各位老师，最近在服务器装的MS2017R2现遇到一个问题：提交任务后能正常运行，但几分钟后自己电脑上会报任务失败，服务器端仍在计算。网络经测试无问题，请问是配置的问题吗？

SAI

@jiewei
老师，请问dmol3里面的density mixing 和DIIS是相关联的吗？ 我现在体系把DIIS和smearing都去掉，能收敛了。但是density mixing那里的charge和spin我还用的默认的0.2和0.5， 这两个参数会影响能量的计算吗？是不是要调成0为好？

SAI

jiewei 发表于 2015-7-20 18:27
这个我只是知道这个模块，具体还没有操作过。因为直接用高斯进行计算是一样的。
你MS的模型建好后保存为 ...

不好意思，上一条好像没有at到，重复发帖了
老师，请问dmol3里面的density mixing 和DIIS是相关联的吗？ 我现在体系把DIIS和smearing都去掉，能收敛了。但是density mixing那里的charge和spin我还用的默认的0.2和0.5， 这两个参数会影响能量的计算吗？是不是要调成0为好？

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-13 21:35
不好意思，上一条好像没有at到，重复发帖了
老师，请问dmol3里面的density mixing 和DIIS是相关联的吗？  ...

可以参考http://sobereva.com/61。
1、smearing对于分子体系没必要使用，固体计算原则上也不应该使用过大，会影响计算结果。
2、density mixing和DIIS原则上只影响SCF迭代收敛的效果。density mixing的定义是将前后两步的给定的电荷密度或自旋密度进行混合（这个混合的比例也就对应着你设置的charge和spin的值）来减轻振荡加速迭代，所以设置到0完全无意义，对于特定体系（与gap有关）density mixing的值需要足够小才能够使SCF迭代收敛，但过小的density mixing值有可能会导致收敛速度过慢。
3、DIIS作用也是加速迭代，但个别比较病态的体系有可能关闭比开启要更不稳定，不过通常这是极少数情况。

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-13 23:03
可以参考http://sobereva.com/61。
1、smearing对于分子体系没必要使用，固体计算原则上也不应该使用过大 ...

谢谢老师的解答！ 我算的是表面吸附体系，因为涉及到charge transfer和吸附能的计算，担心这里会受影响。 另外，我想以比较稳定的吸附构型为起点，去寻找后续分解的过渡态，而dmol3的过渡态搜索使用的LST/QST方法似乎必须要生成物的构型；之前用gaussian算分子体系的时候一般都不这么做，请问dmol3能像高斯那样直接优化过渡态吗？或者在设置生成物的初始构型时有没有什么技巧？

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-13 23:15
谢谢老师的解答！ 我算的是表面吸附体系，因为涉及到charge transfer和吸附能的计算，担心这里会受影响。 ...

上面这两个参数原则上不会影响，至于smearing应当注意，会影响能量和导数。
如果要类似于Gaussian做TS那就是直接TS opt：这个过程可以猜测一个过渡态算partial Hessian，然后选择沿着反应方向振动模式来做TS opt即可，算法肯定比Gaussian差一些。LST/QST只是实在猜不到过渡态构型的话才考虑使用，来生成一个接近过渡态的构型。

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-14 00:24
上面这两个参数原则上不会影响，至于smearing应当注意，会影响能量和导数。
如果要类似于Gaussian做TS那 ...

非常感谢您的讲解！

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-14 00:24
上面这两个参数原则上不会影响，至于smearing应当注意，会影响能量和导数。
如果要类似于Gaussian做TS那 ...

老师，今天我尝试了一下TS opt，我把结构调整到可能的过渡态构型，这个时候是否必须要对此结构算partial hessian（选择气体分子以及表面吸附位点附近的原子），然后选择虚频模式来做TS opt？ 不能直接从构型开始做TS opt，对吗

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-14 15:52
老师，今天我尝试了一下TS opt，我把结构调整到可能的过渡态构型，这个时候是否必须要对此结构算partial  ...

Hessian肯定要，EF方法的原理需要跟踪一个振动模式，Gaussian里面一般也要CalcFC。

1130240115

老师，有个小问题想请教一下：

使用MS的dmol3模块进行几何构型优化，如果在windows系统下，结构优化后会自动更新.xsd和.xtd文件，但我在Linux系统下进行计算，发现提交任务后.xsd和.xtd文件都不会自动更新。请问我用什么命令能让.xsd和.xtd文件自动更新？

逝去难追

请问ms怎么截取某一个面的差分电荷图呢？ 我用ms计算了一个体系的的差分电荷 需要其111面的差分电荷图 但是用slice 没法确定slice 是111面

SAI

卡开发发 发表于 2019-5-14 16:28
Hessian肯定要，EF方法的原理需要跟踪一个振动模式，Gaussian里面一般也要CalcFC。

老师，我选中部分原子建立HessianAtoms这样一个set后计算partial hessian,但是任务一开始就直接报错：Warning: Input k points are used for computing vibrational frequencies
They must contain full non-symmetrized set for vibrations, no check is applied
Warning: kpoints file must contain full - non-symmetrized set for vibrations, no check is applied

Warning: Hessian file is not present for requested vibrational restart.

Warning: Existing Hessian file deleted.
这样是要怎么修改呢？

卡开发发

SAI 发表于 2019-5-30 10:39
老师，我选中部分原子建立HessianAtoms这样一个set后计算partial hessian,但是任务一开始就直接报错：War ...

这些不是报错信息，只是Warning，如果计算程序退出的话，再往后找找，应该还有别的信息。