二氧化硅力场文件

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-6-27 12:17:57

黑色幽默pxj 发表于 2020-6-27 10:02
请问楼主，蛋白质和二氧化硅的复合体能用这个文件么？怎么跟gmx里的charmm27使用呢

这个力场和charmm是兼容的，应该可以一起使用。构建top文件可以用x2top生成。另外楼里有人提了，charmm36自带石英和硅酸盐力场，也可直接用charmm36的参数

黑色幽默pxj · 发表于 Post on 2020-6-28 02:55:23

Lacrimosa 发表于 2020-6-27 12:17
这个力场和charmm是兼容的，应该可以一起使用。构建top文件可以用x2top生成。另外楼里有人提了，charmm36 ...

追问一下，我看楼主已经试过了interface这个力场。请问如果是用interface力场，如何在gromacs实现呢？也是把interface力场文件考进目录，用x2top生成？MIT的Markus教授让我的导师帮他们验证一项工作Intracellular Pathways Involved in Bone Regeneration Triggered by Recombinant Silk–Silica Chimeras。论文中他们做了蛋白和二氧化硅的复合体计算，引用的就是Heinz的interface力场

黑色幽默pxj · 发表于 Post on 2020-6-28 08:31:54

Can not find forcefield for atom H-11678 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom H-11679 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom H-11680 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11683 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11684 with 2 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11687 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11688 with 2 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11698 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11702 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11706 with 3 bonds
Can not find forcefield for atom Si-11710 with 3 bonds

-------------------------------------------------------
Program gmx x2top, VERSION 5.1.2
Source code file: /export/src/gromacs-5.1.2/src/gromacs/gmxpreprocess/x2top.c, line: 216

Fatal error:
Could only find a forcefield type for 10772 out of 11712 atoms
楼主您好，我在使用这个二氧化硅的力场文件，爆出了这些错误，请问有什么解决办法嘛？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-6-28 21:22:28

黑色幽默pxj 发表于 2020-6-28 02:55
追问一下，我看楼主已经试过了interface这个力场。请问如果是用interface力场，如何在gromacs实现呢？也 ...

在GMX中使用interfaceFF可以借助这个matlab脚本：Michael Holmboe. atom: A MATLAB PACKAGE FOR MANIPULATION OF MOLECULAR SYSTEMS, Clays and Clay Minerals, Accepted November 2019. DOI:10.1007/s42860-019-00043-y

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-6-28 21:27:26

本帖最后由 Lacrimosa 于 2020-7-25 22:37 编辑

黑色幽默pxj 发表于 2020-6-28 08:31
Can not find forcefield for atom H-11678 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom H-11679 with ...

需要对照结构看一下，可能有的原子离得太远n2t文件无法判断出结构来，这个时候可以在n2t文件中加入几行，把原子间距离的判断依据修改一下。n2t文件的格式是：原子名；原子类型；电荷；质量；连接原子数；连接原子；距离(nm)

yyy1996 · 发表于 Post on 2020-7-14 20:53:39

tjuptz 发表于 2019-10-26 17:16
楼主，我看了下charmm27和charmm36的ff，似乎力场形式是一致的，那么您提供的该力场也可以与charmm36兼容咯 ...

请问一下楼主charmm36哪里有石英的参数，为什么我没有找到

tjuptz · 发表于 Post on 2020-7-16 08:40:13

yyy1996 发表于 2020-7-14 20:53
请问一下楼主charmm36哪里有石英的参数，为什么我没有找到

http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#charmm
在这里看说明

wgg1181543722 · 发表于 Post on 2020-7-21 19:45:39

你好，请问一下初始的结构文件怎么创建？MS导出来吗？还是别的方法

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-7-22 12:03:40

wgg1181543722 发表于 2020-7-21 19:45
你好，请问一下初始的结构文件怎么创建？MS导出来吗？还是别的方法

MS的结构库里有，其他的数据库AMCSD、COD等也有。

黑色幽默pxj · 发表于 Post on 2020-8-14 11:41:23

Well done. Thanks for sharing.

IGG_ZC · 发表于 Post on 2020-10-5 22:39:55

请教一下楼主，您的帖子第一段讲，原文中的参数sigma需要乘2^(1/6)才符合gmx中定义的sigmaij，此处是否有误？
在sob的培训班里，曾经讲过r0=2^(1/6)*σ，此处的r0即为amber力场中的sigma，σ为gmx中定义的sigmaij，所以要得到σ，此处是否应除以2^(1/6)才对？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-6 13:14:09

IGG_ZC 发表于 2020-10-5 22:39
请教一下楼主，您的帖子第一段讲，原文中的参数sigma需要乘2^(1/6)才符合gmx中定义的sigmaij，此处是否有误 ...

确实有误，我刚刚核对了一下，谢谢提醒，我这就修改

caojiaojiao · 发表于 Post on 2020-10-19 08:58:00

请问楼主，在使用x2top生成top文件的时候出现了下面的警告，是否需要重新计算原子电荷对top 文件进行修改，还是使用的结构或力场文件不合理，求指点，谢谢。
WARNING: topologies generated by gmx x2top can not be trusted at face value.
Please verify atomtypes and charges by comparison to other
topologies.

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-10-19 14:35:50

caojiaojiao 发表于 2020-10-19 08:58
请问楼主，在使用x2top生成top文件的时候出现了下面的警告，是否需要重新计算原子电荷对top 文件进行修改， ...

看一下是否成功生成了top文件，这个warning一般不会造成影响，

caojiaojiao · 发表于 Post on 2020-10-19 17:22:47

top文件是成功生成的，非常感谢

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