二氧化硅力场文件

moluren · 发表于 Post on 2021-12-9 13:59:12

嗯嗯，谢谢楼主，因为我在VMD中建了一个比较大的无定形二氧化硅结构，用MS自动加氢后会有比较多的Si-H键，逐个删除太麻烦，所以才需要这个数据。
再次感谢楼主的解答和建议。

moluren · 发表于 Post on 2022-1-5 20:57:54

本帖最后由 moluren 于 2022-1-6 11:43 编辑

抱歉，打扰楼主了。

hanlu · 发表于 Post on 2022-7-1 15:30:57

你好，你百度网盘分享的n2t文件和帖子上分享的n2t文件不一样，

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-7-1 16:24:02

hanlu 发表于 2022-7-1 15:30
你好，你百度网盘分享的n2t文件和帖子上分享的n2t文件不一样，

网盘里的文件是最新的，不过还是建议用sob老师开发的程序比较好http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex9

hanlu · 发表于 Post on 2022-7-4 09:43:28

Lacrimosa 发表于 2022-7-1 16:24
网盘里的文件是最新的，不过还是建议用sob老师开发的程序比较好http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex9

好的，谢谢，我用sobtop程序整好了，不过也谢谢你的文件

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-15 09:24:00

本帖最后由牧生于 2022-10-15 11:17 编辑

楼主你好，我被两个问题困扰了很久，一直没解决。问题如下，能否指导我一下。

第一个问题：按照一楼，或者sobtop中的方法，产生周期性二氧化硅的itp，这个操作很容易，很傻瓜化就完成了。但是，如果我要做一个小块的非周期性的二氧化硅，就需要将其表面用羟基进行饱和，这一步就一直卡着了。
比如以下的例子

SIO2-NO-OH.pdb (58.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
这个pdb，用x2top，或者sobtop，都可以轻松的得到itp。
但是如果我用gv，或者ms将其自动加氢，得到pdb文件后，用x2top，或者sobtop都无法得到itp。报错的原因主要是
Can not find forcefield for atom H-751 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom H-752 with 0 bonds
……
vmd打开加氢后的文件，发现部分表面是Si-H，部分表面仍然是裸露的Si原子。

我的理解是，应该在Si原子表面也接上羟基，也需要将Si-H改成Si-OH，使表面上看起来全部都是OH。但是手动去一个个的加羟基，或者将Si-H改成Si-OH，很容易遗漏，或者出错。有没有什么方法可以快速且正确的将SiO2表面饱和羟基呢？

第二个问题：我看过好多文献使用ms进行切胞。但我不明白为什么要切胞后再扩胞，直接使用单胞进行扩展有什么问题？如果没有ms，有什么别的软件实现切胞功能呢？附件如下

1544731.cif (2.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) 特别的，尤其是对于无定型的晶体，比如无定型二氧化硅，切胞是没有意义的。我这个判断对吗？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-10-15 14:26:11

牧生发表于 2022-10-15 09:24
楼主你好，我被两个问题困扰了很久，一直没解决。问题如下，能否指导我一下。

第一个问题：按照一楼，或 ...

第一个问题我也给不出什么合适的解决办法。我看过的文章中无定形二氧化硅表面都是没有羟基化的。如果你需要无羟基的无定形二氧化硅表面可以直接从一楼那篇文章的SI中获取到，用sobtop做itp就行。
第二个问题，顺序上没有什么特别的要求，先切面先扩胞都无所谓，只要能构建出自己想要的模型就行。出了ms好像atomsk也可以切面，估计XCrySDen这种用在第一性原理中的程序也可以做到。无定形二氧化硅切胞确实没什么意义。

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-22 10:02:02

Lacrimosa 发表于 2022-10-15 14:26
第一个问题我也给不出什么合适的解决办法。我看过的文章中无定形二氧化硅表面都是没有羟基化的。如果你需 ...

SiO2.pdb (161.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

你好，我用vmd建立了一块孤立的二氧化硅，并把所有表面的氧原子和硅原子都饱和了，但是用x2top生成top的时候，
Can not find forcefield for atom O-1316 with 0 bonds
Can not find forcefield for atom H-1317 with 0 bonds

……

看了下，是因为氧原子和氢原子之间的距离不合适，但自己又没有搞定改参数。能否授人以渔，给我讲解一下怎么弄。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2022-10-22 13:28:58

牧生发表于 2022-10-22 10:02
你好，我用vmd建立了一块孤立的二氧化硅，并把所有表面的氧原子和硅原子都饱和了，但是用x2top生成to ...

不明白你为什么坚持要用x2top，sobtop的assign_AT.dat设置一下就可以了吧

牧生 · 发表于 Post on 2022-10-22 15:58:26

本帖最后由牧生于 2022-10-27 09:31 编辑

Lacrimosa 发表于 2022-10-22 13:28
不明白你为什么坚持要用x2top，sobtop的assign_AT.dat设置一下就可以了吧

我的问题就在于，我太菜了，没能把assign_AT.dat里面关于si-o-h的参数设置好。所以一直卡在这里出错
尽管sobtop可以得到itp，但是有太多的提示
Si1195-O1196-Si1193-O1202 (Si_bulk-O_bulk-Si_bulk-O_bulk) missing
Si1054-O1055-H1066 (Si_bulk-O_bulk-ho) missing and simply guessed
诸如此类
盲猜是晶体内部的Si-O-Si，和表面饱和的Si-O-H的氧原子，或者硅原子参数是不一样的，如果直接调用，或许就是不合理的。

2022.10.27 补充：大概摸着门路了。
在LJ-param.dat里面补充一个氢原子的参数，命名为H_ter 0 0,表示末端的氢原子。
bonded里面的参数，直接复制ho-oh的。至于氢原子的电荷，就按照文献中已经给出的硅和氧原子的电荷进行加合，把多出的部分电荷平分到末端的氢原子上。
如果sobtop不能自动识别原子，就手动去把原子设置为LJ参数里面的原子名。
但目前仍有问题，Si-O-H，这个氧原子，这应该用硅氧的参数，还是用羟基氧原子的参数，暂时还没想好。

hzh12138 · 发表于 Post on 2023-2-24 11:15:47

楼主您好，您关于二氧化硅的力场文件对我帮助很大，谢啦！另外，我有一些想法，不知道如何实现，我想用类似羧基一类的官能团取代二氧化硅表面羟基中的氢，形成Si-O-COOH的结构，这种情况建立top文件时是不是只需改动n2t文件即可？那新添加的这些原子的参数应该从哪里查找呢？（我不知道是否有这一类文献支持）

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-2-27 22:44:35

hzh12138 发表于 2023-2-24 11:15
楼主您好，您关于二氧化硅的力场文件对我帮助很大，谢啦！另外，我有一些想法，不知道如何实现，我想用类似 ...

在我印象中你描述的这种Si-O-COOH已经有人模拟过了，类似的Si-O-(CH2)n-OH/CH3/COOH/NH2好像也都有人做过了，从文献中或许可以找到相应的LJ参数以及电荷。构建top文件的时候需要手写一个n2t文件，由于n2t判定规则不太准确，可能需要多次尝试反复修改。这里建议尝试一下sobtop，用起来或许会省事一些。

hzh12138 · 发表于 Post on 2023-3-14 11:25:07

Lacrimosa 发表于 2023-2-27 22:44
在我印象中你描述的这种Si-O-COOH已经有人模拟过了，类似的Si-O-(CH2)n-OH/CH3/COOH/NH2好像也都有人做过 ...

谢谢您的建议，使用sobtop省事了许多，而且很多找不到的参数可以用其他力场的来补齐；另外我还有一个疑问，这样做好的Si-O-(H）结构如果放在水相中，表面是否需要补氢？印象中体相里二氧化硅是表面带负电的，补氢之后是不是变成电中性的了呢？还是应该用Na离子这些来补足电核就可以呢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2023-3-14 12:42:35

hzh12138 发表于 2023-3-14 11:25
谢谢您的建议，使用sobtop省事了许多，而且很多找不到的参数可以用其他力场的来补齐；另外我还有一个疑问 ...

两者都可以，因为表面羟基的含量是和PH有关的，根据你研究的需要去调整就可以了

whh2 · 发表于 Post on 2023-3-24 20:30:10

请问楼主，我在materials project 中下载了mp-600033的cif文件，导入MS后硅原子都是只连接了三个氧原子，我补全氧原子后，进行模拟，发现体系带电，这种应该怎么修改结构呢？（在做水蒸气在晶体表面冷凝的分子模拟）

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