二氧化硅力场文件

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-6-21 22:10:09

本帖最后由 ONTHEWAY 于 2021-6-21 22:11 编辑

您好，楼主，请问文章中给的原子电荷，sigma，键，角等相关的数据可以用来写GROMOS力场的数据，用以生成二氧化硅的力场文件吗

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-6-24 11:14:41

ONTHEWAY 发表于 2021-6-21 22:10
您好，楼主，请问文章中给的原子电荷，sigma，键，角等相关的数据可以用来写GROMOS力场的数据，用以生成二 ...

文章中没有提到和gromos力场兼容

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-6-24 12:48:16

Lacrimosa 发表于 2021-6-24 11:14
文章中没有提到和gromos力场兼容

好的谢谢您

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-7-2 11:26:41

Lacrimosa 发表于 2021-6-24 11:14
文章中没有提到和gromos力场兼容

您这里面没有二面角的数据请问二面角参数应该怎么获得？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-7-2 16:41:04

ONTHEWAY 发表于 2021-7-2 11:26
您这里面没有二面角的数据请问二面角参数应该怎么获得？

x2top自动获得

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-19 21:26:42

Lacrimosa 发表于 2021-7-2 16:41
x2top自动获得

您好楼主，请问用VMD可以使得SiO2纳米粒子和聚合物的力场文件组合在一起吗？以获得纳米粒子接枝聚合物的力场文件。（纳米粒子和聚合物力场文件都获得了）

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-8-20 16:58:38

ONTHEWAY 发表于 2021-8-19 21:26
您好楼主，请问用VMD可以使得SiO2纳米粒子和聚合物的力场文件组合在一起吗？以获得纳米粒子接枝聚合物 ...

VMD可能不太适合，这种还是手动修改比较好

ONTHEWAY · 发表于 Post on 2021-8-20 18:12:52

Lacrimosa 发表于 2021-8-20 16:58
VMD可能不太适合，这种还是手动修改比较好

好的谢谢您

moluren · 发表于 Post on 2021-11-30 16:05:37

请问，如果二氧化硅被过渡金属掺杂，应该怎么使用这个文件生成top文件呢

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-11-30 17:02:08

moluren 发表于 2021-11-30 16:05
请问，如果二氧化硅被过渡金属掺杂，应该怎么使用这个文件生成top文件呢

需要有过渡金属元素的力场参数，然后还要考虑如何成键，电荷如何分配，这些问题解决了直接添加一种原子类型，就可以生成了。不过前面几个问题比较复杂，很难做

moluren · 发表于 Post on 2021-11-30 20:34:35

好的，谢谢楼主的解答，还请问楼主LAMMPS对这一问题可以解决嘛

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-12-1 15:29:44

moluren 发表于 2021-11-30 20:34
好的，谢谢楼主的解答，还请问楼主LAMMPS对这一问题可以解决嘛

LAMMPS是模拟程序，关键是力场参数和用什么程序关系不大

moluren · 发表于 Post on 2021-12-2 13:30:43

嗯嗯，好的，谢谢楼主

moluren · 发表于 Post on 2021-12-6 20:49:39

楼主，在下载使用SILICA.ff.rar解压得到的SILICA.ff文件夹下的silicaiff.n2t文件中，貌似缺少了最后Si-H的参数，苦苦找了好久的原因

Lacrimosa · 发表于 Post on 2021-12-9 13:48:46

moluren 发表于 2021-12-6 20:49
楼主，在下载使用SILICA.ff.rar解压得到的SILICA.ff文件夹下的silicaiff.n2t文件中，貌似缺少了最后Si-H的 ...

Si-H的参数在原文中并没提到, 更准确地说作者在开发力场的时候压根就没考虑过Si-H这回事。在模拟的时候Si-H有什么特殊意义吗？一定需要参数的话可以自己在n2t中补齐判定条件, 然后在ffbonded.itp里加上键长键角参数, 或许可以用C-H的参数替代一下

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