请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题

diaok · 发表于 Post on 2019-11-1 15:42:13

naoki 发表于 2019-11-1 08:53
您好，我用acpype的时候超过了它最大时常10小时，所以就自己终止了，请问有什么办法修改最大时长嘛，谢谢 ...

是因为算了电荷吗？可以用user charge减少时间

naoki · 发表于 Post on 2019-11-1 15:51:07

diaok 发表于 2019-11-1 15:42
是因为算了电荷吗？可以用user charge减少时间

谢谢您，确实是这样的。现在-c user了，正在跑，已经四五个小时了也还没完哈哈哈哈

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-11-3 17:42:07

naoki 发表于 2019-11-1 15:51
谢谢您，确实是这样的。现在-c user了，正在跑，已经四五个小时了也还没完哈哈哈哈

发现一个好货，可以考虑试试，我还没来得及测试。 https://github.com/shirtsgroup/InterMol

naoki · 发表于 Post on 2019-11-7 09:55:40

yjmaxpayne 发表于 2019-11-3 17:42
发现一个好货，可以考虑试试，我还没来得及测试。 https://github.com/shirtsgroup/InterMol

硬上acpype失败。。我用Sob老师的不做结构优化的acpype加上-c user，又把它最大计算时长从10h改到100h跑了四天还是卡在“Antechamber OK”这一步。。。。您说的这个我去看看
还有就是想请教一下如何通过vmd建topo，是不是需要自己写个脚本呀，谢谢啦

tjuptz · 发表于 Post on 2019-11-7 19:36:29

naoki 发表于 2019-11-7 09:55
硬上acpype失败。。我用Sob老师的不做结构优化的acpype加上-c user，又把它最大计算时长从10h改到100h跑 ...

naoki · 发表于 Post on 2019-11-7 23:46:03

tjuptz 发表于 2019-11-7 19:36
http://bbs.keinsci.com/thread-4753-1-1.html

tcl语言不怎么会。。一时半会儿还看不懂怎么为这个体系改脚本。。我得学习学习

tjuptz · 发表于 Post on 2019-11-11 20:39:18

紫丹渡津发表于 2019-9-25 23:56
先将你的结构单元细分，比如支化单元，线性单元和末端单元，这样每种单元都会有固定的原子顺序，然后用脚本 ...

请问sort有什么便利的方法吗？

yjmaxpayne · 发表于 Post on 2019-11-12 06:51:45

本帖最后由 yjmaxpayne 于 2019-11-12 06:55 编辑

naoki 发表于 2019-11-7 09:55
硬上acpype失败。。我用Sob老师的不做结构优化的acpype加上-c user，又把它最大计算时长从10h改到100h跑 ...

这个code我测试了一下，dihedral部分麻烦些，只能用于特定的几种。但是除此之外，还是很好用的，可以保证从lammps data转topo中能量，长度，混合规则等不出错。但是前提是你对LAMMPS也有一定的了解，知道如何写出正确的输入文件。

naoki · 发表于 Post on 2019-11-12 09:36:49

yjmaxpayne 发表于 2019-11-12 06:51
这个code我测试了一下，dihedral部分麻烦些，只能用于特定的几种。但是除此之外，还是很好用的，可以保 ...

非常感谢~

ArbitraryDt · 发表于 Post on 2020-5-12 11:23:03

我最近也在做聚合物，我用chemdraw画了单体的pdb，然后接下来使用什么软件来聚合，是不是要先进行处理？

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-14 16:41:48

ArbitraryDt 发表于 2020-5-12 11:23
我最近也在做聚合物，我用chemdraw画了单体的pdb，然后接下来使用什么软件来聚合，是不是要先进行处理？

packmol
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html）

一开始结构必定很松散，MD跑起来就紧密了

ArbitraryDt · 发表于 Post on 2020-5-14 20:51:16

sobereva 发表于 2020-5-14 16:41
packmol
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473（http://bbs.keinsci.com/ ...

模型构建起来了之后，只是一个分子的坐标文件，请问力场则么分配啊，比如需要原子间的bond_coffe、pair_coffe、angle_coffe......等。怎么得到啊

diaok · 发表于 Post on 2020-5-15 12:34:16

ArbitraryDt 发表于 2020-5-12 11:23
我最近也在做聚合物，我用chemdraw画了单体的pdb，然后接下来使用什么软件来聚合，是不是要先进行处理？

你指的是堆积还是聚合？
单纯的堆积用packmol
聚合涉及到键连和拓扑的改变，实现方法有上面提到的那些

sobereva · 发表于 Post on 2020-5-16 00:13:42

ArbitraryDt 发表于 2020-5-14 20:51
模型构建起来了之后，只是一个分子的坐标文件，请问力场则么分配啊，比如需要原子间的bond_coffe、pair_c ...

这是lammps的事，主贴说的是GROMACS

vimalakirti_lee · 发表于 Post on 2020-11-14 10:47:09

naoki 发表于 2019-11-12 09:36
非常感谢~

请问楼主后来成功搞出topol了吗？

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[GROMACS] 请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题