请教交联聚合物拓扑文件中原子电荷的问题

monte

naoki 发表于 2019-11-1 08:53
您好，我用acpype的时候超过了它最大时常10小时，所以就自己终止了，请问有什么办法修改最大时长嘛，谢谢 ...

-s 后面加时间，我记得单位是秒，比如   -s 60 就是计算60秒

tjuptz

yjmaxpayne 发表于 2019-11-12 06:51
这个code我测试了一下 ，dihedral部分麻烦些，只能用于特定的几种。但是除此之外，还是很好用的，可以保 ...

请问只能用于特定的几种是哪几种呢？另外，您说的还是从data转为top，没测试从top到data吧。我最近试了下把acpype产生的top转到data也是感觉dihedral部分有问题

miumiulu

tjuptz 发表于 2019-10-31 22:31
好的，最近看了polymatic的手册，下面再搞搞lammps。另，祝好运

你好，请问你在哪里可以找到polymatic的手册呀？谢谢

tjuptz

miumiulu 发表于 2022-1-3 17:19
你好，请问你在哪里可以找到polymatic的手册呀？谢谢

下载代码的那个压缩包里就有，具体在网上搜一下就有了

tjuptz

楼主好，我最近自己写脚本做这个，用少量分子试验时发现会有这种一个MPD的2个N与一个TMC的2个C连一起，如下图。请问这算正常吗？实验中会有吗？

naoki

tjuptz 发表于 2022-1-22 22:44
楼主好，我最近自己写脚本做这个，用少量分子试验时发现会有这种一个MPD的2个N与一个TMC的2个C连一起，如下 ...

ptz兄好，常温下应该没有这种产物。当MPD与TMC反应生成一个酰胺键后，这俩环被酰胺键隔开，没法再扭转过来反应了，这需要克服的势垒太高。我用polymatic脚本做交联的时候，在pcff力场下没出现这种结构。如果你写的脚本是考虑linker之间距离和角度来判断交联，不妨将cutoff设大一点看看。比较合理的方法可能是先通过距离和角度的cutoff判断成键，在生成几个化学键后，跑em或md退火，或许可以避免这种问题。

tjuptz

naoki 发表于 2022-1-23 14:07
ptz兄好，常温下应该没有这种产物。当MPD与TMC反应生成一个酰胺键后，这俩环被酰胺键隔开，没法再扭转过 ...

好的，谢谢提供信息和建议。我在gromacs用gaff力场试验的，把除了连接原子外其他原子电荷都设为0了，可能跟这个有关。你用polymatic加pcff力场直接用距离标准就不会出现这种情况吗？是否加了不允许分子内intra成键的选项呢？

naoki

tjuptz 发表于 2022-1-23 14:14
好的，谢谢提供信息和建议。我在gromacs用gaff力场试验的，把除了连接原子外其他原子电荷都设为0了，可能 ...

加上电荷跑退火更合理些
我的cutoff是6 angstrom，我没加intra，感觉加不加对MPD和TMC都一样

tjuptz

naoki 发表于 2022-1-23 19:52
加上电荷跑退火更合理些
我的cutoff是6 angstrom，我没加intra，感觉加不加对MPD和TMC都一样

好的，谢谢。我再试试

naoki

tjuptz 发表于 2022-1-23 20:30
好的，谢谢。我再试试

太强了，期待早日实现

tjuptz

naoki 发表于 2022-1-23 21:38
太强了，期待早日实现

楼主好，最近在借鉴polymaic脚本来自己写的脚本，我发现polym.pl执行1次也就polym_loop.py里的一圈循环最多只找到一个成键的对，跟您确认下是这样吧？
这样的话感觉效率低了。

naoki

tjuptz 发表于 2022-2-12 17:43
楼主好，最近在借鉴polymaic脚本来自己写的脚本，我发现polym.pl执行1次也就polym_loop.py里的一圈循环最 ...

是的，我觉得是一次一根键

tjuptz

naoki 发表于 2022-2-13 10:00
是的，我觉得是一次一根键

谢啦

shiqiyuan

请问一下Polymatic直接解压就能用嘛？谢谢

naoki

shiqiyuan 发表于 2022-3-2 09:45
请问一下Polymatic直接解压就能用嘛？谢谢

是的，你得改一下脚本里lammps的路径