求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本

侯易123 · 发表于 Post on 2021-3-13 11:22:00

老师，您的角度分布脚本后面一部分的思路我不是很明白，就是计算完两个向量的角度之后那部分，能否简单说一下您的思路呢，非常感谢

ainiduohai12 · 发表于 Post on 2021-4-6 02:34:16

计算二面角分布的时候，index编号是要根据自己的轨迹文件来吗？怎么设置index呢

nianbin · 发表于 Post on 2021-6-25 17:03:35

这个真是太棒了

onehug · 发表于 Post on 2021-9-15 20:55:59

ene 发表于 2019-11-28 13:16
今日更新：求解各个数值对应的状态的自由能的脚本FE.tcl

您好我最近看了您关于VMD求解角度的脚本，有一些问题想要请教您，可以加您微信或者QQ么

lootoo · 发表于 Post on 2021-12-10 14:53:06

只要人人都献出一点爱，师姐将

qieziZZZ · 发表于 Post on 2021-12-31 09:38:17

请教老师，用angle_distribution.tcl计算角度分布时，怎样设定矢量的大小范围？比如要统计氯离子周围第一配位层中的水分子与氯离子组成的角HOLi,这里Li-O的距离在2.8埃内，O-H在0.5到1.2埃内，谢谢老师

qieziZZZ · 发表于 Post on 2022-2-21 22:35:02

请教老师，用angle_distribution.tcl可以求解在约束距离的情况下，由（一条向量）和（两条向量之和）所夹的角度分布吗？像示意图中那样。谢谢您！

BBiuiu · 发表于 Post on 2022-3-1 16:48:35

少年爱吃地三鲜发表于 2019-11-27 21:51
借楼请问老师，我们求某一温度下二面角分布概率已经有了解决办法，请问如何求在该二面角分布概率的基础上， ...

你好请问你是如何求某一温度下二面角的分布概率，能给我讲解一下吗

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-12 06:59:01

BBiuiu 发表于 2022-3-1 16:48
你好请问你是如何求某一温度下二面角的分布概率，能给我讲解一下吗

在相应温度下跑MD，然后对轨迹进行统计就完了

laoman · 发表于 Post on 2022-6-11 04:50:22

太实用了，vmd能支持各种各样的MD轨迹，虽然MDAnalysis或者mdtraj也支持各种轨迹，但得依赖相应的Python环境，要可视化的话，Python包只会更加的臃肿。最后那个二面角随时间变化的图（dihedral.dat），如果能变成点图，应该会比线图清晰一点，这个线图就是太密集了

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-7-24 20:34:08

您好，我第一次使用脚本统计两个原子的距离。在你的distancd_distribution.tcl脚本修改了原子序号。出现的报错我不知道怎么解决，或许是我使用不当，望老师教导。

Hear · 发表于 Post on 2022-10-14 19:15:43

护卫天使发表于 2022-7-24 20:34
您好，我第一次使用脚本统计两个原子的距离。在你的distancd_distribution.tcl脚本修改了原子序号。出现的 ...

你好，请问你这个问题解决了吗

护卫天使 · 发表于 Post on 2022-10-14 20:59:39

Hear 发表于 2022-10-14 19:15
你好，请问你这个问题解决了吗

文件权限问题。我的VMD自动安装在C盘，导致打开该脚本的权限需要自己设置一下才行。

842655799 · 发表于 Post on 2022-11-1 21:18:35

大佬，我有一个问题，我的体系二面角是有规律的，可以很容易的选取。我想使根据二面角的角度来标记颜色，例如图片中的O1-C2-C3-O4二面角，当角度为0~60度的时候标记为绿色，这种标记方式好实现吗？感谢！

Jus · 发表于 Post on 2023-1-29 14:58:18

本帖最后由 Jus 于 2023-1-29 21:57 编辑

老师您好，我对脚本不太熟悉，我想计算两个原子构成的向量与Z轴之间形成的夹角的度数，随着时间的变化。我使用的是您的angle.tcl脚本，我现在的问题是不会修改脚本中的变量，不知道如何改写成我想计算的东西。想请问一下老师，是改写脚本中的"select 1""select2""select3""select4"吗，是将它分别改成形成向量的原子吗，如果是的话，在剩余两个变量"select3""select4"中，我又应该如何描述Z轴。
万分感谢老师！

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