求解距离，角度，二面角随时间变化以及分布的VMD脚本

snow_wl

请问老师，这个脚本可以读取CP2K计算出来的轨迹文件吗，就是每一步很简单的xyz坐标文件

ene

snow_wl 发表于 2020-2-1 07:25
请问老师，这个脚本可以读取CP2K计算出来的轨迹文件吗，就是每一步很简单的xyz坐标文件

首先读取坐标是vmd的事，xyz格式是支持的。你能根据你的系统写出正确的选择语句就可以用这套脚本

Jack_Jun

老师您好，gromacs跑完后的轨迹里想提取出随时间的一个小分子的质心的坐标变化，该怎么算呢？

ene

Jack_Jun 发表于 2020-3-8 19:22
老师您好，gromacs跑完后的轨迹里想提取出随时间的一个小分子的质心的坐标变化，该怎么算呢？

1. set outfile [open pos.dat w]
   
2. set nf [molinfo top get numframes]
   
3. set sel [atomselect top "your selection"]
   
4. for { set i 0 } { $i < $nf } { incr i } {
   
5.     $sel frame $i
   
6.     set result [measure center $sel weight mass]
   
7.     puts $outfile "$i $result"
   
8. }
   
9. close $outfile

复制代码

Jack_Jun

ene 发表于 2020-3-8 22:02

谢谢老师！这个可以用！很感谢！

zhangq

请问老师，如何对select1和select2进行定义啊

ene

zhangq 发表于 2020-5-7 16:41
请问老师，如何对select1和select2进行定义啊

用VMD原子选择语句定义。看VMD手册第12章或者跟着VMD教程走一遍。

sobereva

zhangq 发表于 2020-5-7 16:41
请问老师，如何对select1和select2进行定义啊

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

兽兽果

非常感谢分享！

szw236

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麦克列

楼主您好，为什么我用同一个轨迹文件运行出来，distance.tcl脚本输出50行数据，distance_distrabution.tcl脚本输出400多行数据？

ene

麦克列 发表于 2020-12-2 09:06
楼主您好，为什么我用同一个轨迹文件运行出来，distance.tcl脚本输出50行数据，distance_distrabution.tcl ...

这俩脚本算的压根不是一个东西，distance.tcl输出的是选定的结构间在轨迹里面每一帧的距离，distance_distrabution.tcl输出的是每个距离区间在轨迹里面出现的次数。不过这里我原本的脚本写的确实有些问题，没法很好的控制输出的数据个数。我已经在一楼更新了这个脚本，你可以通过更改脚本开头的nbins值来指定将距离分为多少个区间，来统计概率。

麦克列

ene 发表于 2020-12-2 14:14
这俩脚本算的压根不是一个东西，distance.tcl输出的是选定的结构间在轨迹里面每一帧的距离，distance_dis ...

好的，非常感谢！

少年爱吃地三鲜

老师，我想请问您一下，您的二面角分布概率的程序，我看是求一个二面角随模拟轨迹的变化，在相应的索引编号 +1 ，这样来统计不同角度的， 老师， 我想请教一下，如果我想看整条分子链主链上的二面角分布概率， 这个时候 我是把度数分为 360份，所有主链二面角在所有轨迹中循环遍历一下，如果求解二面角度数为负值，则加360对应索引编号， 可是我最后得到数据是如下：
[ 186.  293.  307.  273.  342.  292.  318.  297.  362.  548.  421.  551.
  420.  633.  577.  645.  852.  731.  721.  892.  941.  818.  871.  949.
1071. 1433. 1571. 1527. 1618. 1908. 2053. 2130. 2271. 2318. 2439. 2596.
2657. 2931. 2878. 2754. 2888. 3134. 3047. 2667. 2695. 2406. 2456. 2768.
2198. 2372. 2467. 2448. 2199. 2230. 2174. 2134. 2143. 2036. 2060. 1904.
1982. 1922. 1938. 1985. 1897. 1952. 1780. 1693. 1904. 1713. 1828. 1567.
1706. 1583. 1680. 1688. 1589. 1481. 1318. 1446. 1790. 1537. 1334. 1373.
1424. 1307. 1324. 1459. 1324. 1230. 1245. 1044. 1255. 1124. 1340. 1234.
1334. 1247. 1376. 1170. 1139. 1327. 1214. 1158. 1348. 1202. 1419. 1204.
1371. 1481. 1436. 1282. 1337. 1376. 1390. 1450. 1676. 1619. 1665. 1595.
1413. 1572. 1743. 1711. 1969. 1726. 1767. 1858. 1705. 1950. 2286. 1987.
1713. 1921. 2054. 2512. 2302. 1999. 2065. 2032. 2085. 2404. 2245. 2146.
2235. 2123. 2009. 1770. 1901. 2152. 1769. 2072. 1976. 1811. 1609. 1819.
1582. 1420. 1723. 1722. 1517. 1551. 1506. 1515. 1470. 1341. 1354. 1323.
1395. 1432. 1333. 1083. 1035. 1165. 1205. 1144. 1200. 1004.  984. 1277.
1135. 1166. 1085. 1116. 1137.  934. 1114. 1130. 1170. 1014.  957.  998.
1060. 1052.  917. 1155. 1146. 1197. 1158. 1110. 1108.  923.  740. 1005.
1021.  987.  930. 1041. 1062. 1010. 1008. 1090.  732.  838.  837.  754.
  946.  796.  731.  633.  630.  589.  637.  540.  487.  499.  745.  518.
  534.  528.  491.  490.  557.  457.  481.  424.  410.  381.  496.  318.
  295.  335.  308.  369.  346.  295.  236.  386.  332.  261.  311.  289.
  326.  409.  364.  372.  289.  318.  385.  244.  296.  223.  344.  240.
  286.  257.  345.  313.  291.  325.  320.  232.  171.  331.  189.  210.
  217.  167.  202.  204.  179.  172.  178.  183.  243.  167.  162.  137.
   73.  120.   98.  137.   96.  130.  107.  128.   70.  108.   88.  106.
   61.   65.  117.   58.  135.  113.   97.  146.  165.   29.  129.  136.
  152.  136.  168.  191.  248.  258.  316.  382.  472.  512.  693.  741.
  551.  946.  757.  912.  654.  675.  659.  627.  519.  496.  582.  399.
  437.  207.  253.  251.  233.  191.  212.  174.  166.  144.  178.  217.
  212.  230.  131.  232.  169.  221.  264.  176.  224.  261.  265.  230.]
完全不是 三个主要峰值的图， 老师，您能告知学生错在哪里了吗？

另外， 您此处为啥是 180
for { set i 1 } { $i < 180 } { incr i } {   
        set density($i) [expr $density($i) / $nf * 100]   #  这里为啥*100
        puts -nonewline $outfile "[expr $i * 2 - 1 - 180 ]" # 这个是算什么呢？
        puts -nonewline $outfile " "
        puts $outfile "[expr $density($i)]"
}

ene

少年爱吃地三鲜 发表于 2021-1-25 00:12
老师，我想请问您一下，您的二面角分布概率的程序，我看是求一个二面角随模拟轨迹的变化，在相应的索引编号 ...

因为这里把360°分成了180份，每一份2°。你根据你的需要自行调节一下。