分享Molclus配套的PBS作业提交脚本

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-6-4 18:19:36

本帖最后由冰释之川于 2022-6-5 17:46 编辑

PESPES 发表于 2022-6-4 17:52
请问，在集群交作业的时候，直接./molclus会把作业交到管理节点，使用PBS作业管理系统，添加什么参数可以把 ...

molclus_1.9.9.9_Linux 文件夹下有多个*.pbs模板，只要修改一下节点信息直接可以提交。

如果有多个任务，那将molclus_1.9.9.9_Linux 文件夹复制多份，每一份对应一个任务即可。
具体运行方案是：每个任务文件夹里都有molclus程序，所以，相应的*.pbs脚本采用相对路径调用，这样的好处是你不需要对molclus设置环境变量了。
folder_qsub_g16orca.sh 脚本是用来批量提交当前目录下所有任务文件夹中的*.pbs的脚本。

PESPES · 发表于 Post on 2022-6-4 19:58:53

目前我存在的问题是./molclus可以正常计算，用pbs管理系统的话就不算，报错如下

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-6-4 20:26:04

本帖最后由冰释之川于 2022-6-5 17:47 编辑

PESPES 发表于 2022-6-4 19:58
目前我存在的问题是./molclus可以正常计算，用pbs管理系统的话就不算，报错如下

原因在于你用PBS提交后molclus没有探测到traj.xyz文件(初始结构轨迹，我不知道你是使用哪种方式产生初始结构的)。你要用PBS跑molclus，用我帖子里附带的附件里的*.pbs就行了。

我跑molclus都是把molclus当作输入文件的一部分来对待，所以每个任务文件夹里都会放一个molclus程序

PESPES · 发表于 Post on 2022-6-4 21:59:09

冰释之川发表于 2022-6-4 20:26
原因在于你用PBS提交后molclus没有探测到traj.xyz文件(初始结构轨迹，我不知道你是使用哪种方式产生初始 ...

用你的脚本可以计算了，谢谢

y82200011 · 发表于 Post on 2022-8-22 17:26:24

学姐好，我在用pbs计算时，一直报错以下内容，不知如何解决，特向您请教，谢谢！

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-8-22 19:06:39

y82200011 发表于 2022-8-22 17:26
学姐好，我在用pbs计算时，一直报错以下内容，不知如何解决，特向您请教，谢谢！

你这显示高斯的几何优化不收敛，自行打开高斯输出文件一看究竟

深爱小李 · 发表于 Post on 2022-10-12 10:22:57

请问
molclus_crest.pbs 这个脚本是在linux上运行的吗在windows上怎么用呢

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-10-12 10:37:16

深爱小李发表于 2022-10-12 10:22
请问
molclus_crest.pbs 这个脚本是在linux上运行的吗在windows上怎么用呢

不支持win平台

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-12-2 13:21:06

老师您好，非常感谢您提供的脚本。我用crest优化一批分子的时候，结果有1204个结构，但是没有生成对应的cluster.xyz文件。我手动利用isostat算了一下，发现当结果中结构太多的时候，需要选择全部输出，还是只输出前xx个，根据目前crest脚本不能顺利生成cluster.xyz文件，是我哪弄错了吗？
isostat提示：“Final number of clusters is 1204, which is fairly large. If you need all of them, press ENTER button directly. If you only need e.g. 150 clusters with lowest energy, input 150”

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-12-2 13:28:21

本帖最后由冰释之川于 2022-12-2 13:32 编辑

yaoyuan0711 发表于 2022-12-2 13:21
老师您好，非常感谢您提供的脚本。我用crest优化一批分子的时候，结果有1204个结构，但是没有生成对应的clu ...

你下载的是最新版的脚本吗(Scripts_Molclus_1.9.9.9_Linux.zip )？执行下面命令会自动生成cluster.xyz

./isostat crest_ensemble.xyz -Edis 0.5 -Gdis 0.4 -T 298 -nt 32 > ./results/isostat_info_crest.txt

复制代码

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-12-2 16:22:29

冰释之川发表于 2022-12-2 13:28
你下载的是最新版的脚本吗(Scripts_Molclus_1.9.9.9_Linux.zip )？执行下面命令 ...

您看一下，我是下载的最新版，只改了集群等信息，其它没发现问题在哪

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-12-2 16:26:16

yaoyuan0711 发表于 2022-12-2 16:22
您看一下，我是下载的最新版，只改了集群等信息，其它没发现问题在哪

你手动用./isostat crest_ensemble.xyz 可以出cluster.xyz文件么？直接运行下面的命令：

./isostat crest_ensemble.xyz -Edis 0.5 -Gdis 0.4 -T 298 -nt 32 > ./results/isostat_info_crest.txt

复制代码

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-12-2 16:29:08

冰释之川发表于 2022-12-2 16:26
你手动用./isostat crest_ensemble.xyz 可以出cluster.xyz文件么？

输入命令之后，还需要根据提示写保留全部分子还是前多少个分子，然后就行了
我在想是不是因为这个，脚本里面好像没有选择的语句

冰释之川 · 发表于 Post on 2022-12-2 16:39:17

yaoyuan0711 发表于 2022-12-2 16:29
输入命令之后，还需要根据提示写保留全部分子还是前多少个分子，然后就行了
我在想是不是因为这个，脚本 ...

下面的备注里有设定输出多少个cluster

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-12-2 16:59:02

冰释之川发表于 2022-12-2 16:39
下面的备注里有设定输出多少个cluster

没注意到，不好意思

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