分享Molclus配套的PBS作业提交脚本

冰释之川

2023.02.28更新: molclus_crest.pbs脚本更新为可以直接调用crest对初始结构进行采样

LittlePupil

楼主可以考虑把mopac加进去之前论坛里也有人提到，xtb对于有水簇的情况效果不是很好。
比如这是我基于1楼附件修改的一个LSF脚本内容：

1. #!/bin/bash
   
2. #BSUB -J molclus_mopac
   
3. #BSUB -q
   
4. #BSUB -n
   
5. #BSUB -R
   
6. 
   
7. export PATH=$PATH:/mopac/bin
   
8. export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/mopac/lib
   
9. 
   
10. function conformation_gen(){
    
11. cd gentor
    
12. echo -e "\n" | ./gentor                                              
    
13. wait
    
14. cp traj.xyz ../
    
15. cd ..
    
16. }
    
17. function configuration_gen(){
    
18. cd genmer
    
19. echo -e "\n" | ./genmer                                  
    
20. wait
    
21. cp traj.xyz ../
    
22. cd ..
    
23. }
    
24. 
    
25. cd `pwd`
    
26. chmod +x ./molclus           
    
27. chmod +x ./isostat
    
28. chmod +x ./gentor/gentor
    
29. chmod +x ./genmer/genmer
    
30. 
    
31. templates_files_loc="./templates/*.mop"
    
32. settings_file_loc="./ini/settings_mopac.ini"
    
33. molclus_output_info_loc="./results/molclus_info_mopac.txt"
    
34. isostat_output_info_loc="./results/isostat_info_mopac.txt"
    
35. output_cluster_loc="./results/cluster_mopac.xyz"
    
36. output_isomers_loc="./results/isomers_mopac.xyz"
    
37. 
    
38. mkdir -p ./results
    
39. 
    
40. # The opt level should be set in the template.mop used by MOPAC
    
41. cp $templates_files_loc ./
    
42. 
    
43. #conformation_gen                      # generate initial geometries (traj.xyz) by gentor
    
44. configuration_gen                      # generate initial configurations (traj.xyz) by genmer
    
45. 
    
46. # The "ngeom=0" in the settings_mopac.ini file should be set!
    
47. # Start molclus with mopac
    
48. ./molclus $settings_file_loc traj.xyz | tee $molclus_output_info_loc
    
49. 
    
50. ./isostat isomers.xyz -Eout 12.0 -Edis 0.5 -Gdis 0.2 -T 298 -nt 28 > $isostat_output_info_loc
    
51. 
    
52. rm traj.xyz
    
53. rm template.mop
    
54. mv cluster.xyz $output_cluster_loc
    
55. mv isomers.xyz $output_isomers_loc
    
56. 
    

复制代码

探索者

老师好，我想通过学校服务器（服务器用的是PBS作业管理系统）通过molclus+Gaussian 进行团簇构型搜索，
我下载了最新的Scripts_molclus_1.9.9.9_Linux
我的操作如下：
1.将molclus_g16.pbs中的#PBS -l nodes=1:ppn=56改好
2. # The "ngeom=10" 只计算前10个结构

我有几个小问题想请教一下老师
1.需要将templates文件夹中的template1和2，以及ini文件夹中的settings_g16.ini，移动到molclus文件夹中吗？
2.我想将windows端已经优化好的一个cluster.xyz文件，再通过服务器的gaussian进行优化。
步骤如下：1.首先将cluster.xyz上传至molclus文件夹
                2.然后qsub molclus_g16.pbs，这样就可以了吗？

冰释之川

探索者 发表于 2023-3-16 16:28
老师好，我想通过学校服务器（服务器用的是PBS作业管理系统）通过molclus+Gaussian 进行团簇构型搜索，
我 ...

1.不需要，脚本会自动帮你移动
2.试一下就知道了，思路就是把这个脚本里所有文件和你的坐标文件放在一个文件夹里，注意*.xyz要放进results里，并且注意*.xyz的文件名与pbs脚本里待读入的文件名一致

探索者

冰释之川 发表于 2023-3-16 16:51
1.不需要，脚本会自动帮你移动
2.试一下就知道了，思路就是把这个脚本里所有文件和你的坐标文件放在一个 ...

好的，感谢老师

for_you

老师，如果我想用gentor做构象搜索的话，先在gentor文件夹里放好mol.xyz，设置好gentor.ini的信息。同时修改molclus_xtb.pbs里队列名、所用核数。最后利用qsub molclus_xtb.pbs提交脚本。
而在最新的压缩包里，ini文件夹里有settings.ini和settings_xtb.ini两个配置文件。想用xtb的话，应该同时设置settings.ini和settings_xtb.ini两个文件中的“ngeom=0”都为15吗？如果只用gentor的话，是不是还要把genmer文件夹里已经有的genmer的mol.xyz文件删除呢？

冰释之川

for_you 发表于 2023-4-18 11:25
老师，如果我想用gentor做构象搜索的话，先在gentor文件夹里放好mol.xyz，设置好gentor.ini的信息。同时修 ...

settings_xtb.ini 专门配置molclus调用xtb时候的设定

for_you

冰释之川 发表于 2023-4-19 18:20
settings_xtb.ini 专门配置molclus调用xtb时候的设定

老师，我把settings.ini和settings_xtb.ini设置好，将molclus_xtb.pbs的核数和队列名也设置好。我在gentor文件夹里放置一个mol.xyz文件，想要先调用xtb程序，提交任务后报错，results文件夹里的两个txt文件显示不能找到traj.xyz和isomers.xyz，请问这是mol.xyz文件出的问题吗

冰释之川

for_you 发表于 2023-4-21 08:31
老师，我把settings.ini和settings_xtb.ini设置好，将molclus_xtb.pbs的核数和队列名也设置好。我在gento ...

得先采样，比如你使用gentor生成traj.xyz


搞不明白的话，看15楼回复

for_you

冰释之川 发表于 2023-4-21 22:29
得先采样，比如你使用gentor生成traj.xyz

奥奥，感谢老师，我再试试，用gentor就是把.pbs里的#conformation_gen那行的#符号删除哈

farrah

您好，我想用Molclus结合xtb做动力学模拟对一个大环化合物做构象搜索，用xtb在GFN0-xTB下做完动力学模拟得到.trj文件，转换成traj.xyz文件后，想利用您帖子里的脚本进行后续Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化，但是因为我用的不是PBS而是SLURM,自己对脚本做了一些修改但还是有问题，不知道从哪些地方修改了，图片分别是修改后的脚本和提交后输出文件内容，您能帮我看看是什么问题吗？

冰释之川

farrah 发表于 2023-6-9 17:27
您好，我想用Molclus结合xtb做动力学模拟对一个大环化合物做构象搜索，用xtb在GFN0-xTB下做完动力学模拟得 ...

你要把整个脚本包当作每个任务的输入文件，而不是安装文件放在/storage目录下，一个任务对应一个脚本包

farrah

冰释之川 发表于 2023-6-10 07:03
你要把整个脚本包当作每个任务的输入文件，而不是安装文件放在/storage目录下，一个任务对应一个脚本包

那我再试试，谢谢您

farrah

冰释之川 发表于 2023-6-10 07:03
你要把整个脚本包当作每个任务的输入文件，而不是安装文件放在/storage目录下，一个任务对应一个脚本包

我是已经单独做过md_xtb了，后面也不需要用genmer和gentor，脚本包里genmer和gentor也不需要了吧，其他的文件都是必须的吗？每次任务需要改哪些参数看的非常迷茫

冰释之川

farrah 发表于 2023-6-12 22:13
我是已经单独做过md_xtb了，后面也不需要用genmer和gentor，脚本包里genmer和gentor也不需要了吧，其他的 ...

新手建议先熟悉一下Molclus的使用方法和流程，以及涉及到的输入文件。你如果已经采样好了，就不需要 genmer和gentor了。