分享Molclus配套的PBS作业提交脚本

Aridea · 发表于 Post on 2023-6-16 22:24:36

好哎，洗剪吹一条龙服务，回头改slurm看看

farrah · 发表于 Post on 2023-6-28 14:04:00

您好请教一下，我想利用帖子里的脚本按照这个步骤进行化合物构象搜索，结构优化和能量计算(1) xtb产生初始构象(2) 用molclus结合xtb程序采用GFN1-xTB方法进行初筛(3) 对上一步归簇后的结构，用molclus结合Gaussian在B3LYP-D3(BJ)/6-31G*级别下对这些构象进行优化和振动分析。(4) 对上一步选出的结构，用ORCA在RIJK-DLPNO-CCSD(T)/def2-QZVPP计算级别下算单点能。在进行第3步时，计算10多个小时没有正常生成isomers_g16.xyz。输出文件显示似乎是内存问题，但改了也没起作用，不知道是什么问题啊？还有molclus_g16oraca.pbs这个脚本是在什么情况下如何使用呢？

1.$SLURM_1 (4.31 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

冰释之川 · 发表于 Post on 2023-6-28 21:38:15

farrah 发表于 2023-6-28 14:04
您好请教一下，我想利用帖子里的脚本按照这个步骤进行化合物构象搜索，结构优化和能量计算(1) xtb产生初始 ...

我没用过SLURM作业管理系统。molclus_g16orca.pbs脚本是指在精算阶段用高斯优化结构，并计算自由能矫正量，然后用orca计算高精度单点能，将两者加和得到体系的自由能，最终进行排序

farrah · 发表于 Post on 2023-6-30 10:01:19

冰释之川发表于 2023-6-28 21:38
我没用过SLURM作业管理系统。molclus_g16orca.pbs脚本是指在精算阶段用高斯优化结构，并计算自由能矫正量 ...

所以这个脚本是代替molclus_g16.pbs和molclus_oraca.pbs这两个的？还是说在molclus_g16.pbs和molclus_oraca.pbs这两个运行完之后再运行molclus_g16orca.pbs？

冰释之川 · 发表于 Post on 2023-6-30 11:31:05

farrah 发表于 2023-6-30 10:01
所以这个脚本是代替molclus_g16.pbs和molclus_oraca.pbs这两个的？还是说在molclus_g16.pbs和molclus_ora ...

可以说是替代，主要看你需不需要精算单点能

farrah · 发表于 Post on 2023-6-30 17:39:44

冰释之川发表于 2023-6-30 11:31
可以说是替代，主要看你需不需要精算单点能

哦哦，明白了，谢谢您！

for_you · 发表于 Post on 2023-9-28 18:34:52

本帖最后由 for_you 于 2023-9-28 20:19 编辑

冰释之川发表于 2020-11-13 10:43
首先你得确定你们服务器用的是不是PBS作业管理系统
如果是就把包含结构信息的输入文件(*.xyz)放置于genm ...

老师，我把您的压缩包从Win笔记本里解压，将解压后的文件夹复制到超算系统之中，输入./molclus后显示
Trajectory file traj.xyz cannot be found
Input the path of trajectory file, e.g. /K-ON/Akiyama_MIO.xyz
这样的提示，是因为没有安装好吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-9-28 21:36:33

for_you 发表于 2023-9-28 11:34
老师，我把您的压缩包从Win笔记本里解压，将解压后的文件夹复制到超算系统之中，输入./molclus后显示[/ba ...

程序输出已经告诉你应该怎么做了，“Input the path of trajectory file”，照这句话做

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-11-20 15:34:14

snljty 发表于 2020-5-23 14:06
冰冰姐，我想请教一下。
现在用的是slurm的作业系统，里面要用#SBATCH -N指定节点数，-n指定进程数，-c指 ...

请问你slurm能正常使用吗

edcchens · 发表于 Post on 2023-11-21 16:20:18

Gaussian-Caio 发表于 2023-11-20 15:34
请问你slurm能正常使用吗

我也整尝试解决这个问题，可以聊下怎么解决吗，slurm系统

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-11-21 17:06:29

edcchens 发表于 2023-11-21 16:20
我也整尝试解决这个问题，可以聊下怎么解决吗，slurm系统

我已解决，里面计算参数改成slurm提交脚本的参数，直接sbatch提交sh文件就行了

Gaussian-Caio · 发表于 Post on 2023-11-21 17:11:33

Gaussian-Caio 发表于 2023-11-21 17:06
我已解决，里面计算参数改成slurm提交脚本的参数，直接sbatch提交sh文件就行了

可以参考下

edcchens · 发表于 Post on 2023-11-21 18:41:34

Gaussian-Caio 发表于 2023-11-21 17:06
我已解决，里面计算参数改成slurm提交脚本的参数，直接sbatch提交sh文件就行了

是的，我也解决了

snljty · 发表于 Post on 2023-12-12 15:13:20

Gaussian-Caio 发表于 2023-11-20 15:34
请问你slurm能正常使用吗

没问题。

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