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楼主 Author: sobereva
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[PSI4] 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-1-15 23:34:25 | 只看该作者 Only view this author
hunterpyj 发表于 2020-1-15 09:17
PSI4还支持其开发者搞的原子SAPT(A-SAPT)、官能团SAPT(F-SAPT)以及I-SAPT,它们底层都是基于SAPT0的。 ...

官网有例子。
短期内没有写的打算。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-1-16 11:20:28 | 只看该作者 Only view this author
看到官网的例子了,不知那个.py 咋用

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发表于 Post on 2020-2-13 16:28:49 | 只看该作者 Only view this author
感谢大神的分享,受益匪浅。
参照老师帖子里的介绍,利用PSI4在sapt2+/lanl2dz水平下对惰性气体Xe与MOF中的金属簇进行能量分解分析,得出的相互作用能达到-143KJ/mol.
存在一些疑问
1:sapt2+/aug-cc-PVDZ中由于存在Xe,将基组改为lan2dz,这种做法合理吗?(尝试过def2-QZVP,一直不收敛)
2:弱相互作用能量达到-143KJ/mol,合理吗?请教弱相互作用的结合能通常在什么范围内。
感谢指导!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-13 17:33:24 | 只看该作者 Only view this author
Andie 发表于 2020-2-13 16:28
感谢大神的分享,受益匪浅。
参照老师帖子里的介绍,利用PSI4在sapt2+/lanl2dz水平下对惰性气体Xe与MOF中 ...

用lan2dz这种又烂又不带弥散函数的基组结果属于搞笑
明显不合理,高了一个数量级。建议你先用一般的量子化学方法算算看大概是多少。对这个做能量分解也完全没什么意思,凭直觉就知道主导因素肯定是色散作用。
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发表于 Post on 2020-2-13 22:00:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-13 17:33
用lan2dz这种又烂又不带弥散函数的基组结果属于搞笑
明显不合理,高了一个数量级。建议你先用一般的量子 ...

感谢大神指导,我换成自定义基组,其中对Xe采用aug-cc-PVDZ-PP,其他元素采用aug-cc-PVDZ,计算结果只有-5.2KJ/mol,这个结果又太小了,是不是表明几乎没有作用?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-2-14 11:32:45 | 只看该作者 Only view this author
Andie 发表于 2020-2-13 22:00
感谢大神指导,我换成自定义基组,其中对Xe采用aug-cc-PVDZ-PP,其他元素采用aug-cc-PVDZ,计算结果只有-5 ...

Xe用DZ级别太小,还不足以得到准确作用能
这种大小再正常不过。区区一个原子,还是色散吸引作用占主导,能有多大?
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发表于 Post on 2020-2-14 22:27:26 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-14 11:32
Xe用DZ级别太小,还不足以得到准确作用能
这种大小再正常不过。区区一个原子,还是色散吸引作用占主导, ...

好的,谢谢大神指导!

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发表于 Post on 2020-3-12 23:14:50 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lich502 于 2020-3-16 08:08 编辑

参照老师帖子里的介绍,用老师的例子能算成功,换成自己的体系。出现错误,请问出现这种情况是什么原因?上传了输入和输出文件。麻烦帮忙看看

psi4.png (51.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 134)

psi4.png

5a2-21.inp

6.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 5

5a2-21.out

196.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

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发表于 Post on 2020-3-12 23:25:50 | 只看该作者 Only view this author
lich502 发表于 2020-3-12 23:14
参照老师帖子里的介绍,用老师的例子能算成功,换成自己的体系。出现错误,请问出现这种情况是什么原因?

不贴输入文件谁能猜到...

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发表于 Post on 2020-3-12 23:27:39 | 只看该作者 Only view this author
想请问老师一下,金银铜三个级别在比如四核机器上大概分别能算动多少个原子,含有MP2的方法内存消耗和MP2大概是一个级别么?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 04:51:18 | 只看该作者 Only view this author
lich502 发表于 2020-3-12 23:14
参照老师帖子里的介绍,用老师的例子能算成功,换成自己的体系。出现错误,请问出现这种情况是什么原因?

凡是遇到报错,光贴终端显示的信息毫无用处,必须看输出文件判断
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-13 04:52:41 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-12 23:27
想请问老师一下,金银铜三个级别在比如四核机器上大概分别能算动多少个原子,含有MP2的方法内存消耗和MP2大 ...

SAPT的代码和MP2的代码消耗内存没有明显可比性

铜的话算几十个应该也可以,金的话两位数都悬,我没怎么在四核机子上专门测过。
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发表于 Post on 2020-3-13 08:47:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-13 04:52
SAPT的代码和MP2的代码消耗内存没有明显可比性

铜的话算几十个应该也可以,金的话两位数都悬,我没怎 ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-4-21 11:47:49 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,对于主客体复合物体系,使用PSI4分解结合自由能时,按以下步骤进行是否可以:
1. 使用G09在M06-2X-D3/6-311G**水平下优化基态分子结构
2. 使用PSI4在SAPT0水平下使用jun-cc-pVDZ基组分解结合自由能
该过程是否合理?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-22 04:22:28 | 只看该作者 Only view this author
xiaos 发表于 2020-4-21 11:47
老师您好,对于主客体复合物体系,使用PSI4分解结合自由能时,按以下步骤进行是否可以:
1. 使用G09在M06- ...

基本合理
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