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楼主 Author: sobereva
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[PSI4] 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

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发表于 Post on 2021-7-7 12:40:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2019-12-25 12:08
1 如果都是离子键范畴的作用就不适合了。而且这时候会伴有强烈的电荷转移,不属于原本SAPT框架下能充分考 ...

Sob老师,含贵金属的体系,sSAPT0/def2-TZVPP组合合适吗?还是用SAPT0/def2-TZVPP?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-8 12:27:55 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2021-7-7 12:40
Sob老师,含贵金属的体系,sSAPT0/def2-TZVPP组合合适吗?还是用SAPT0/def2-TZVPP?

应当说清楚体系具体特征,什么元素、多少原子、两个片段间是什么类型的作用,都得说清楚。描述越含糊,越难以得到准确回复
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发表于 Post on 2021-7-9 14:01:05 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Scarlett-ww 于 2021-7-9 14:37 编辑
sobereva 发表于 2021-7-8 12:27
应当说清楚体系具体特征,什么元素、多少原子、两个片段间是什么类型的作用,都得说清楚。描述越含糊,越 ...

体系是炔基银聚集体,一个炔基,Ag=2-4,银的辅助配体为胺基配体。元素有C,H,N,Ag,主要考察C-Ag和Ag-Ag之间的相互作用,前者属于缺电子的sigma配位或pi配位,后者作用比较弱。因为文章中两种作用不方便用多种方法分析,所以用的PSI4,关于Ag-C键再用CDA进一步分析。也会尝试下用EDA-NOCV方法分析一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-10 09:39:43 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2021-7-9 14:01
体系是炔基银聚集体,一个炔基,Ag=2-4,银的辅助配体为胺基配体。元素有C,H,N,Ag,主要考察C-Ag和Ag-Ag ...

SAPT不适合分解化学键程度的作用
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发表于 Post on 2021-7-10 18:48:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-10 09:39
SAPT不适合分解化学键程度的作用

Sob老师,如果想认真的评估Ag-C的作用类型和Ag-Ag之间的作用,是不是分别用EDA和PSI4理论更严谨一些?还是说,有其它更好的能同时分析这两种键型的方法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-11 12:53:07 | 只看该作者 Only view this author
Scarlett-ww 发表于 2021-7-10 18:48
Sob老师,如果想认真的评估Ag-C的作用类型和Ag-Ag之间的作用,是不是分别用EDA和PSI4理论更严谨一些?还 ...

本来PSI4支持的SAPT就不适合这种化学键程度的作用
EDA没有明确指代,把方法名说清楚
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发表于 Post on 2021-7-17 17:53:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zhaoyangwx 于 2021-7-17 17:56 编辑

Sob老师,我在使用psi4时发现大部分时间只有一个核心满载,一核有难多核围观,只有运行到DF-RHF iter时能偶尔跑满。输出文件看起来线程数设置没问题,请问这是正常现象吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-17 18:30:19 | 只看该作者 Only view this author
zhaoyangwx 发表于 2021-7-17 17:53
Sob老师,我在使用psi4时发现大部分时间只有一个核心满载,一核有难多核围观,只有运行到DF-RHF iter时能偶 ...

正常
PSI4好多模块并行效率很差。
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发表于 Post on 2021-10-15 21:03:50 | 只看该作者 Only view this author
想问下,输入文件里的自旋多重度一般怎么确定呢?我一般设置成1来算,大部分和文献吻合的还可以。看手册SAPT对open-shell的原子的计算收敛度也不是很好。。但一直不太清楚这个量在SAPT里的影响有多大

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-16 03:17:50 | 只看该作者 Only view this author
dgwfly 发表于 2021-10-15 21:03
想问下,输入文件里的自旋多重度一般怎么确定呢?我一般设置成1来算,大部分和文献吻合的还可以。看手册SAP ...

显然看你的体系
用什么量子化学程序不得设自旋多重度
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发表于 Post on 2021-11-25 00:53:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-11-25 05:19 编辑

感觉现在距离SAPT(DFT)的提出已经有一定时间了。

想问问sob老师觉得算不动sapt2+/aug-cc-pVDZ时,SAPT(DFT:PBE0)/aug-cc-pVDZ或者SAPT(DFT:PBE0)/jun-cc-pVDZ是不是一个好的替代呢?https://psicode.org/psi4manual/master/sapt.html#sapt-dft

或者因为是基于DFT,所以可以砍掉大量的弥散和高阶角动量,所以用SAPT(DFT:PBE0)/def2-DZVP或者SAPT(DFT:PBE0)/def2-TZVP也不错?我看到这里金银铜都带了弥散,是不是算SAPT就需要加弥散?比如用def2-TZVPD?
系统是CNOH带上一两个F,Cl,Br。

psi4这里默认用了PBE0,我别的部分的计算都是用B3LYP的,想问一下,这里PBE0有啥优势么?还是我之间全用B3LYP就行。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-25 10:16:37 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2021-11-25 00:53
感觉现在距离SAPT(DFT)的提出已经有一定时间了。

想问问sob老师觉得算不动sapt2+/aug-cc-pVDZ时,SAPT ...

因为目前还没有和金银铜级别的SAPT的对比测试,所以我暂时不纳入推荐。虽然原理上来说,大概率能找到一个SAPT(DFT)级别比SAPT金银铜的性价比更高的。

DFT只是起到描述片段自身的作用,片段间相互作用还是依赖于分子间微扰理论,所以高角动量基函数还是不能少。弥散函数依然得有。
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发表于 Post on 2021-11-25 20:49:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-11-25 20:53 编辑
sobereva 发表于 2021-11-25 10:16
因为目前还没有和金银铜级别的SAPT的对比测试,所以我暂时不纳入推荐。虽然原理上来说,大概率能找到一个 ...

谢谢sob老师的指点,发现好像哪怕是DFT,还是算不懂aug-cc-pVTZ,想问一下,aug-cc-pVDZ和def2-TZVPD之间,如何选择呢?对sapt(DFT)是加更多的弥散比较重要还是加到3 zeta比较重要?还是说这个答案只有做对比测试才可以知道?
系统是CNOH带上一两个F,Cl,Br。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-26 10:58:47 | 只看该作者 Only view this author
wuzhiyi 发表于 2021-11-25 20:49
谢谢sob老师的指点,发现好像哪怕是DFT,还是算不懂aug-cc-pVTZ,想问一下,aug-cc-pVDZ和def2-TZVPD之间 ...

这个不一定,有理论方法和基组的误差巧合抵消的问题,不是基组越大一定越好,只能测试,比如和不错的级别以超分子方式算的结合能对照来判断。
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发表于 Post on 2021-11-26 16:16:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-26 10:58
这个不一定,有理论方法和基组的误差巧合抵消的问题,不是基组越大一定越好,只能测试,比如和不错的级别 ...

我也觉得可能要做对比测试才知道,谢谢sob老师。

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