使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

captain · 发表于 Post on 2019-12-29 21:06:58

还得请问大神
进行Charge-Transfer SAPT扫描计算
最后输出各项能量仿照您的例子

energy('sapt2+(3)-ct')
E_disp = get_variable('SAPT DISP ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_elst = get_variable('SAPT ELST ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_exch = get_variable('SAPT EXCH ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_ind = get_variable('SAPT IND ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_tot = get_variable('SAPT TOTAL ENERGY') * psi_hartree2kcalmol
E_ct = get_variable("SAPT CT ENERGY") * psi_hartree2kcalmol

psi4.print_out("\n")
psi4.print_out(" Summary of SAPT result (kcal/mol)\n")
psi4.print_out(" Distance    E_tot    E_elst    E_exch    E_disp    E_ind    E_ct\n")
psi4.print_out("%s %6.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f %10.3f\n" % ("R=",dimerdist,E_tot,E_elst,E_exch,E_disp,E_ind,E_ct))

Summary of SAPT result (kcal/mol)
Distance    E_tot    E_elst    E_exch    E_disp    E_ind    E_ct
R=  2.000    0.000    0.000    0.000    0.000    0.000 239.376

最后输出结果为中，除了E_ct正常，其它能量项都没有正常输出。
是否在进行Charge-Transfer SAPT计算时，有两种能量，一种是SAPT  (Dimer Basis)，一种是 SAPT  (Monomer Basis)，所以按上面的方式设置输出变量就不合适了？
感谢指点！

sobereva · 发表于 Post on 2019-12-29 23:25:15

captain 发表于 2019-12-29 21:06
还得请问大神
进行Charge-Transfer SAPT扫描计算
最后输出各项能量仿照您的例子

我那个扫描随距离变化的文章的输入文件的写法不适合Charge-Transfer SAPT

captain · 发表于 Post on 2019-12-30 08:27:14

sobereva 发表于 2019-12-29 23:25
我那个扫描随距离变化的文章的输入文件的写法不适合Charge-Transfer SAPT

明白了谢谢大神！

mars936 · 发表于 Post on 2019-12-31 17:50:52

sobereva 发表于 2019-12-25 12:06
出行之前文件把windows版文件传错了，等1月2号回北京后我再上传。可以先用linux版

好的，多谢老师，祝旅途愉快，新年快乐！

wuzhiyi · 发表于 Post on 2020-1-2 03:32:15

挺期待社长什么时候讲一下cp2k的，特别是关于blyp/Aldrich加周期性边界的

任豹 · 发表于 Post on 2020-1-2 10:53:19

社长您好，我现在在VASP里中做小的药剂分子在高岭石表面吸附研究，假如两者之间是弱相互作用

因为看得到文献https://doi.org/10.1021/jp412765t研究的是稀有气体和TiO2（周期性晶胞）的相互作用，这个作者把TiO2构建成团簇模型，并使用SAPT（DFT）的方法分解了稀有气体和TiO2的相互作用。作者是在MOLPRO中进行计算的。

想问一下，PSI4是否能实现上述文献里SAPT（DFT）的功能？

假如可以，我是否也可以把高岭石（周期性晶胞）简化成团簇模型，从而研究高岭石团簇和小分子药剂的相互作用分解？
因为现在看到的PSI4的相关文献都是研究两个有机体之间的相互作用，而且您在上面也说了PSI4的SAPT(DFT)搞得还不成熟。

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 12:03:04

任豹发表于 2020-1-2 10:53
社长您好，我现在在VASP里中做小的药剂分子在高岭石表面吸附研究，假如两者之间是弱相互作用

因为看得到 ...

帖子里说了，PSI4这块还没整好。用常规的SAPT就完了，可以用于这类体系

任豹 · 发表于 Post on 2020-1-3 21:08:27

sobereva 发表于 2020-1-3 12:03
帖子里说了，PSI4这块还没整好。用常规的SAPT就完了，可以用于这类体系

好嘞，谢谢社长。刚开始研究SAPT，您给指明了方向。

alonewolfyang · 发表于 Post on 2020-1-9 22:02:48

请教老师，这程序在M062X/6-311+G**水平能做多大体系的能量分解，我的体系有60个原子，不知耗时多久

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-10 01:59:11

alonewolfyang 发表于 2020-1-9 22:02
请教老师，这程序在M062X/6-311+G**水平能做多大体系的能量分解，我的体系有60个原子，不知耗时多久

文中说了，PSI4的SAPT(DFT)还没整好
别急着算，先把文章仔细看了，搞清楚SAPT的原理

Peter_zhong · 发表于 Post on 2020-1-10 09:42:09

sobereva 发表于 2020-1-10 01:59
文中说了，PSI4的SAPT(DFT)还没整好
别急着算，先把文章仔细看了，搞清楚SAPT的原理

老师新手求助，看了他们的评论我有点蒙。按照您文中的“3.2 例2：尿素晶体中的相邻尿素间的相互作用”例子，我先对某物质7分子团簇进行M062X/6-311G**水平优化，再进行sSAPT0/jun-cc-pVDZ级别下做SAPT能量分解计算，考察相邻分子间的相互作用，1、这样做是对还是不对？还是说优化和能量分解要用相同的级别？ 2、上面评论的那个同学的意思是想把sSAPT0/jun-cc-pVDZ级别换成M062X/6-311+G**水平？

alonewolfyang · 发表于 Post on 2020-1-11 08:29:17

sobereva 发表于 2020-1-10 01:59
文中说了，PSI4的SAPT(DFT)还没整好
别急着算，先把文章仔细看了，搞清楚SAPT的原理

ok，谢谢老师，时刻关注本帖子，我先去把博文和涉及的基本理论学习一下

alonewolfyang · 发表于 Post on 2020-1-11 08:33:24

Peter_zhong 发表于 2020-1-10 09:42
老师新手求助，看了他们的评论我有点蒙。按照您文中的“3.2 例2：尿素晶体中的相邻尿素间的相互作用” ...

我本意是想这做，先用M062X/6-311G** em=gd3下优化出二聚体构型，然后在M062X/6-311+G** em=gd3下做能量分解

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-11 20:40:18

Peter_zhong 发表于 2020-1-10 09:42
老师新手求助，看了他们的评论我有点蒙。按照您文中的“3.2 例2：尿素晶体中的相邻尿素间的相互作用” ...

1 没有问题。显然不需要和优化相同级别

hunterpyj · 发表于 Post on 2020-1-15 09:17:40

PSI4还支持其开发者搞的原子SAPT（A-SAPT）、官能团SAPT（F-SAPT）以及I-SAPT，它们底层都是基于SAPT0的。这些变体不属于本文内容范畴。
sob老师有时间能否简单介绍一下以上几种方法（主要是操作步骤和结果分析），能力有限，自己搞不定

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