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楼主 Author: sobereva
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[PSI4] 使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算

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发表于 Post on 2020-4-22 08:13:17 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师

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发表于 Post on 2020-6-19 15:28:44 | 只看该作者 Only view this author
请问大神,关于文末SAPT Charge Transfer的例子,
文中提到“此任务输出的诱导作用能是-16.04 kJ/mol”,这应该是Monomer Basis SAPT计算里的结果,
我认为严格来说此任务的诱导能应该读取的是Dimer Basis SAPT计算的结果,即-17.60 kJ/mol,虽然二者相差也不大。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-21 03:05:28 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2020-6-19 15:28
请问大神,关于文末SAPT Charge Transfer的例子,
文中提到“此任务输出的诱导作用能是-16.04 kJ/mol”, ...

是,笔误已改
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-6-21 08:18:18 | 只看该作者 Only view this author

谢大神指导!
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发表于 Post on 2020-9-18 15:35:00 | 只看该作者 Only view this author
请问大神,
使用SAPT-CT方法计算的两个片段的SAPT Charge Transfer 为很小的正值(0.1 kcal/mol),
这是否说明电荷转移作用对于二者的结合起不利作用?
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-19 09:12:53 | 只看该作者 Only view this author
captain 发表于 2020-9-18 15:35
请问大神,
使用SAPT-CT方法计算的两个片段的SAPT Charge Transfer 为很小的正值(0.1 kcal/mol),
这是 ...

原理上是如此。
不过数值这么小,算法问题、数值误差之类的因素也可能产生这样数量级的大小,我建议不要过度解释
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-9-19 09:47:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-19 09:12
原理上是如此。
不过数值这么小,算法问题、数值误差之类的因素也可能产生这样数量级的大小,我建议不要 ...

好的,大神,谢谢,
我也怀疑可能是方法的精度问题。
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发表于 Post on 2021-6-26 15:29:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2021-6-26 15:34 编辑
sobereva 发表于 2019-12-25 12:06
出行之前文件把windows版文件传错了,等1月2号回北京后我再上传。可以先用linux版

老师,使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算有两个问题想请教老师:1. 进行SAPT分解前是需要对分子先优化吗,从晶体中直接选取的结构可以不进行优化直接使用吗?
2. 老师,我想探究的是两个分子间的相互作用,但是每个分子大约80个原子,这个体系算大体系吗,使用该方法是否适合?

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发表于 Post on 2021-6-26 15:32:36 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-6-26 15:29
老师,使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算时,是需要对分子先优化吗?从晶体中直接选取的结构 ...

如果研究问题就是尽可能与晶体结构接近,模拟晶体环境,那么可以不优化总体的结构(SAPT不要求力为零),但是H原子的位置必须优化。
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发表于 Post on 2021-6-26 15:36:39 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-6-26 15:32
如果研究问题就是尽可能与晶体结构接近,模拟晶体环境,那么可以不优化总体的结构(SAPT不要求力为零), ...

知道了,老师,还有一个问题是我探究的是两个分子间相互作用,每个分子大约有80个原子,用这种方法可以计算吗,是否算大体系啦

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发表于 Post on 2021-6-26 15:50:28 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-6-26 15:36
知道了,老师,还有一个问题是我探究的是两个分子间相互作用,每个分子大约有80个原子,用这种方法可以计 ...

是大体系,你可以用文中的SAPT0试试,搞台大内存机器。实在算不动的话,你只能换用另一种能量分解方法GKS-EDA了。
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发表于 Post on 2021-6-26 18:12:03 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-6-26 15:50
是大体系,你可以用文中的SAPT0试试,搞台大内存机器。实在算不动的话,你只能换用另一种能量分解方法GKS ...

Morokuma类型的能量分解及其衍生品种都是算的动单点就算的动的。
包括不限于LMO-EDA,GKS-EDA,ALMO-EDA

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发表于 Post on 2021-6-26 19:15:34 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2021-6-26 15:50
是大体系,你可以用文中的SAPT0试试,搞台大内存机器。实在算不动的话,你只能换用另一种能量分解方法GKS ...

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-26 22:45:31 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-6-26 15:29
老师,使用PSI4做对称匹配微扰理论(SAPT)能量分解计算有两个问题想请教老师:1. 进行SAPT分解前是需要对 ...

通常需要优化氢原子,看
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

对于SAPT来说已经很大了,一般也就用scaled SAPT0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-6-28 15:24:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-26 22:45
通常需要优化氢原子,看
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http:/ ...

收到,谢谢老师

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