VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0

wypkdhd

• 2020.2.16更新关于各种报错，内存溢出报错（任务跑了一段时间自动停止）等一些列有关mpi不兼容的问题。更新提任务后后台任务stopped的问题。
  

• 2020.4.26针对目前的戴尔R740服务器，以及centos6.9的系统，Intel® Parallel Studio XE 2020 最低支持centos7，故经过测试，vasp5.4.4使用XE2018的时候，会产生Intel MKL的错误Intel MKL ERROR: Parameter 4 was incorrect on entry to DSTEIN2。且这个问题只能更新XE解决，故最后采用XE2019 update5，采用2013版本的opemmpi1.6.5不太方便，根据上传的soft-hpc为2015版XE，可以直接单独安装里面的mpi2015，和2019不冲突，只需加入bashrc无需其他操作。
• 2020.11.22针对于曙光I620-G30服务器，centos7.6系统，同样采用intel XE的2019.5.281版本，在编译完成后，同样采用intel2015的mpi，测试完成后正常使用。
• 2021.7.2维护修改了细节，补充了各种所需文件的获取，单机任务号的确定，制作了目录，精简了安装过程。
• 2021.7.8补充在没有网络情况下离线centos7.6安装过程。
• 2021.12.14针对Dell的R750双路Gold6342cpu测试，已正常编译。针对VTST新版本184，区分了vasp6和6之前的版本，修订vasp安装部分的vtst部分。
• 2022.3.5 新年过后发现新的戴尔R750采用的都是H755阵列卡，根据官方文件RHEL_Support_Matrix发现新的H755阵列卡最低支持Centos7.8，后因课题组当年购买的为Materials Studio 2014 即为 MS 8.0，故补充并精简系统安装过程，更新Centos 7.9 系统的MS 8.0安装，防火墙设置以及gateway相关问题。近期将测试 Materials Studio 202x版本看看能否可行。
• 2022.10.20 针对mpi2015在超算等未拥有root条件的机器的安装，进行增补修改。
• 2023.4.18 目前课题组内安装系统已更换为Ventoy工具，故更新系统安装部分，简化系统安装的操作。
• 2023.4.26 针对dellR750的AMD zen3 7543 处理器配置，在vasp安装部分完成后，在bashrc中加入两行export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5和export MKL_CBWR=AVX2即可正常使用并拥有合理计算速度，具体测试有兴趣可查看EPYC 7543和Platinum 8358对比测试。此外，对于Zen 4处理器，EPYC 9654、EPYC 9554、EPYC 9374F等，支持AVX-512，估计只需要export MKL_DEBUG_CPU_TYPE=5加入bashrc即可。
  

本文参考的教程有：正确使用超算中心，5分钟搞定vasp5.4.4编译
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 11111&fromuid=16471
(出处: 计算化学公社)
VASP的最简单的安装方法（含全程视频演示）
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 11812&fromuid=16471
(出处: 计算化学公社)
vasp.6.1.0 更新介绍/安装/测试
http://bbs.keinsci.com/thread-16191-1-1.html(出处: 计算化学公社)
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VASP+VTST编译安装_vtst编译安装,vtstscripts,vasp安装_lwl_666的博客-CSDN博客
(出处: CSDN)
U盘安装CentOS7
(出处: CSDN)
U盘安装centos7.6步骤详细方案(图文教程)
(出处: CSDN)

特别感谢VASPKIT的各位开发者。
VASPKIT: A User-Friendly Interface Facilitating High-Throughput Computing and Analysis Using VASP Code

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fineren

学习了，打算什么时候试试安装

wypkdhd

会尽快更新XE2020的相关测试。

dingniu2

你好，请问
“23行
MKLROOT    =/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl
30行
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.offtw3d.o \
/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a”
“VASP的最简单的安装方法”里没有这两步，请问这两步起到什么作用？谢谢！

wolfpro

解压软件linux下面可以使用p7zip

wypkdhd

dingniu2 发表于 2020-1-18 23:59
你好，请问
“23行
MKLROOT    =/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl

加载vasp必要的库

wypkdhd

wolfpro 发表于 2020-1-20 11:30
解压软件linux下面可以使用p7zip

谢谢，学到了。

noraa

学习了！

shenlan

楼主您好，我按照步骤安装了XE2020和vasp5.4.4，在测试的时候失败了，显示ERROR no remote registered memory access transport to <no debug data>: self/self - Destination is unreachable，请问这是XE版本的问题吗，我需要换成2019版试试吗

wypkdhd

shenlan 发表于 2020-3-5 21:41
楼主您好，我按照步骤安装了XE2020和vasp5.4.4，在测试的时候失败了，显示ERROR no remote registered memo ...

我没遇到过这个问题。你这个翻译说是远程内存错误之类的。你的意思是测试任务？你正常编译成功了否？如果正常编译了，那就是XE问题。

lvweiqiang111

修改 main.F 时CALLCHAIN应该为CALL CHAIN。不然编译不过。

wypkdhd

lvweiqiang111 发表于 2020-3-24 02:53
修改 main.F 时CALLCHAIN应该为CALL CHAIN。不然编译不过。

我的源文件有空格，这里灭有了，谢谢已经修改。

xiaoxiaodiyi

OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.offtw3d.o \
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o \
注意这里有个空格，谢谢楼主编译成功~然后想问下楼主intel mpi2015可以有了嘛？总是内存溢出。。

xiaoxiaodiyi

另外
http://scc.ustc.edu.cn/zlsc/jsrj/201703/t20170330_273337.html
提供了/libfftw3xf_intel.a获取方法

wypkdhd

xiaoxiaodiyi 发表于 2020-3-29 20:42
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.offtw3d.o \
OBJECTS    = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dl ...

已经有了，我一直没放上来。你给个邮箱，我发给你。