VASP5.4.4/内存报错+VASPKIT+CentOS7下装Materials Studio 8.0

yuyang7834

你好，请问这个问题怎么解决？我刚接触这方面不是太懂，看帖子也没有太明白。

wypkdhd

yuyang7834 发表于 2023-4-22 15:54
你好，请问这个问题怎么解决？我刚接触这方面不是太懂，看帖子也没有太明白。

你好，这个bfgs.o是VTST算法的编译没整好，你用的5.4.4。建议（1）先输入which mpiexec 和 which ifort，如果都有返回值，（2）继续找到文件夹 cd /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.5.281/linux/mkl/interfaces/fftw3xf，运行make libintel64命令，过一会儿当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。（3）如果你做过了这些。请直接看”VASP+VTST编译安装”部分，将对应vasp5.4.4版本的vtst编译进去，然后再make。

yuyang7834

wypkdhd 发表于 2023-4-23 10:05
你好，这个bfgs.o是VTST算法的编译没整好，你用的5.4.4。建议（1）先输入which mpiexec 和 which ifort， ...

你好，我按照你说的方法走了一遍，make之后还是报错，和之前的错误一样。请问该如何处理？

wypkdhd

yuyang7834 发表于 2023-4-23 15:31
你好，我按照你说的方法走了一遍，make之后还是报错，和之前的错误一样。请问该如何处理？

你好，你确定你把vasp软件包包括VTST软件包也更换为我帖子中的链接里面的了？

yuyang7834

wypkdhd 发表于 2023-4-24 08:53
你好，你确定你把vasp软件包包括VTST软件包也更换为我帖子中的链接里面的了？

你好，请问你有vasp5.4.4的patch补丁吗？如果有，能麻烦你发一份给我吗？我的邮箱：2408622677@qq.com。谢谢！

wypkdhd

yuyang7834 发表于 2023-4-24 16:22
你好，请问你有vasp5.4.4的patch补丁吗？如果有，能麻烦你发一份给我吗？我的邮箱：。谢谢！

我帖子里vasp安装部分放了一个百度网盘，你看链接去。那一整行圈住你能看到提取码

yuyang7834

wypkdhd 发表于 2023-4-24 17:44
我帖子里vasp安装部分放了一个百度网盘，你看链接去。那一整行圈住你能看到提取码

万分感谢！

skl

楼主你好，我在超算上按照非root的方式安装了mpi2015，在提交脚本中source了mpi(因为module load VASP的时候默认回load新版本的mpi)，但是依然会内存溢出，应该如何解决？

wypkdhd

skl 发表于 2023-9-7 11:11
楼主你好，我在超算上按照非root的方式安装了mpi2015，在提交脚本中source了mpi(因为module load VASP的时 ...

你好，内存溢出值得是任务进行了几个电子步后，在top内查看内存占用率一直增加，最后导致任务死掉。如果你是那种，提任务直接就死了，大概率是内存不够。
另外，如果你用的是intel oneapi，好像确实会覆盖2015，所以你可以把你脚本贴出来看看。

skl

wypkdhd 发表于 2023-9-7 15:09
你好，内存溢出值得是任务进行了几个电子步后，在top内查看内存占用率一直增加，最后导致任务死掉。如果 ...

是任务进行一段时间后被杀，服务器用的是intel oneapi，不过我用mpi2015覆盖了自动加载的mpi，提交脚本和输出结果附上

1. #!/bin/bash
   
2. #SBATCH -n 32
   
3. #SBATCH -p standard
   
4. #SBATCH -N 1
   
5. ulimit -s unlimited
   
6. # 打印任务信息
   
7. echo "Starting job $SLURM_JOB_ID at " `date`
   
8. echo "SLURM_SUBMIT_DIR is $SLURM_SUBMIT_DIR"
   
9. echo "Running on nodes: $SLURM_NODELIST"
   
10. # 执行任务
    
11. ## 载入vasp
    
12. module load VASP
    
13. source /home/sunkailei/soft/soft-hpc/profile.d/mpi_intelmpi-5.0.2.044.sh intel64
    
14. echo `which mpiexec`
    
15. mpirun vasp_std > vasp.out 2>vasp.err
    
16. echo `which mpiexec`
    
17. # 任务结束
    
18. echo "Job $SLURM_JOB_ID done at " `date`
    
19. 
    

复制代码

1. Starting job 363 at  Thu Sep 7 11:21:05 CST 2023
   
2. SLURM_SUBMIT_DIR is /home/sunkailei/vasp/Sm-Fe
   
3. Running on nodes: cn1

复制代码

skl

wypkdhd 发表于 2023-9-7 15:09
你好，内存溢出值得是任务进行了几个电子步后，在top内查看内存占用率一直增加，最后导致任务死掉。如果 ...

上一个结果不全，我重新贴一下

1. Starting job 363 at  Thu Sep 7 11:21:05 CST 2023
   
2. SLURM_SUBMIT_DIR is /home/sunkailei/vasp/Sm-Fe
   
3. Running on nodes: cn1
   
4. Loading compiler version 2023.1.0
   
5. Loading tbb version 2021.10.0
   
6. Loading compiler-rt version 2023.1.0
   
7. Loading oclfpga version 2023.2.0
   
8.   Load "debugger" to debug DPC++ applications with the gdb-oneapi debugger.
   
9.   Load "dpl" for additional DPC++ APIs: https://github.com/oneapi-src/oneDPL
   
10. Loading mkl version 2023.2.0
    
11. Loading mpi version 2021.9.0
    
12. /home/sunkailei/soft/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpiexec
    
13. /home/sunkailei/soft/soft-hpc/mpi/intelmpi/5.0.2.044/intel64/bin/mpiexec
    
14. Job 363 done at  Thu Sep 7 11:21:05 CST 2023

复制代码

wypkdhd

skl 发表于 2023-9-8 16:06
上一个结果不全，我重新贴一下

我看了，现在只需要关注一个点，就是你提任务这个节点你能否访问，比如你提交32个核，二十分钟任务死了，你如果能访问，就能通过top看命令看内存占用是否增加。如果是每次都是跑到某一个电子步死了，那可以看看out文件有无问题。 按理说，你这里显示用了2015mpi就应该不是内存溢出问题了。

skl

wypkdhd 发表于 2023-9-9 08:46
我看了，现在只需要关注一个点，就是你提任务这个节点你能否访问，比如你提交32个核，二十分钟任务死了， ...

计算节点可以访问，我进去top看内存一直是每个线程0.1%

wypkdhd

skl 发表于 2023-9-9 09:53
计算节点可以访问，我进去top看内存一直是每个线程0.1%

那简单了，这大概率是你构型不合理，跑着跑着任务活不下去了。你out文件里面一直正常？

skl

wypkdhd 发表于 2023-9-9 11:48
那简单了，这大概率是你构型不合理，跑着跑着任务活不下去了。你out文件里面一直正常？

对的 OUTCAR文件都是正常的 而且我的构型是在Materials Project上下载的，还有我在虚拟机上用root装上mpi2015就可以正常计算，在集群上用非root装的mpi2015就不行