使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

wzkchem5

Lym 发表于 2022-7-21 06:36
老师，您好，我在linux上通过Molclus调用xtb进行预优化的时候出现：
forrtl: severe (38): error during w ...

但凡遇到报错，必须上传完整的输入输出文件，只上传屏幕上的报错输出是不够的

sobereva

Lym 发表于 2022-7-21 13:36
老师，您好，我在linux上通过Molclus调用xtb进行预优化的时候出现：
forrtl: severe (38): error during w ...

没法往提示的/home/Lym/molclus_1.9.9.9_Linux/isomers.xyz文件进行写入。检查此目录下是否有读写权限，此文件是否正在被占用（诸如此目录下的molclus当前在运行副本），剩余硬盘空间是否够

Lym

老师，我在使用xtb跑动力学的时候，使用老师例子能够正常跑MD，但是使用我自己的体系的时候就不知道为什么不能计算，没有报错提示，也没有输出文件。
命令如下：
屏幕显示，以及相关文件如下：

sobereva

Lym 发表于 2022-8-3 10:48
老师，我在使用xtb跑动力学的时候，使用老师例子能够正常跑MD，但是使用我自己的体系的时候就不知道为什么 ...

别用windows版，毛病多

niwaf

sob老师您好，想请问一下在修改gbsa 的溶剂的时候，允许出现哪些溶剂呢，谢谢！

sobereva

niwaf 发表于 2022-8-19 12:21
sob老师您好，想请问一下在修改gbsa 的溶剂的时候，允许出现哪些溶剂呢，谢谢！

不限
有静态介电常数即可

niwaf

sobereva 发表于 2022-8-19 12:29
不限
有静态介电常数即可

谢谢老师！

gnli

卢老师好，我做到第四部opt+freq的时候，高斯计算完第一个结构后程序就停了，说Shermo.txt 文件找不到。我看我下载的例子里面也没有Shermo.txt文件。请问这个文件怎么写？

sobereva

gnli 发表于 2022-9-15 20:11
卢老师好，我做到第四部opt+freq的时候，高斯计算完第一个结构后程序就停了，说Shermo.txt 文件找不到。我 ...

调用Shermo计算热力学量时才会产生Shermo.txt临时文件。并且仔细看屏幕上的提示
此文里搜Shermo
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

anlancx

社长大大，找不到crest怎么办

sobereva

anlancx 发表于 2022-10-18 15:04
社长大大，找不到crest怎么办

把问题交代清楚

anlancx

sobereva 发表于 2022-10-18 16:06
把问题交代清楚

xtb的GitHub里已经搜不到crest了

gnli

卢老师，又碰到个问题，请指教：做到第二步骤对md跑的所有结构进行批量优化时，程序怎么都不跑，第一个结构都没有优化就死掉。如果把traj.xyz中的每一帧单独拿出来优化就没毛病。请卢老师帮忙看一下问题出在哪儿。谢谢！全部输入文件在附件，报错信息如下：说xtbopt.xyz找不到。做了一系列不同的分子，其他分子都正常结束，就这个分子跑不了
cpu-bind=MASK - li03, task  0  0 [87537]: mask 0x3c0ffff set
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /home/gliwur/CCLEAN/chelates/molclus_xtb_md/C12H_conf/step2_xtb_opt/xtbopt.xyz
Image              PC                Routine            Line        Source            
molclus            000000000041D3BB  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000437BB0  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            000000000040A0EA  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B693C2C1555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown

sobereva

gnli 发表于 2022-10-27 18:34
卢老师，又碰到个问题，请指教：做到第二步骤对md跑的所有结构进行批量优化时，程序怎么都不跑，第一个结构 ...

貌似你是用队列系统提交方式运行的，这我不清楚，没法帮你
先尝试在自己的机子上以最普通方式运行molclus

gnli

sobereva 发表于 2022-10-28 06:26
貌似你是用队列系统提交方式运行的，这我不清楚，没法帮你
先尝试在自己的机子上以最普通方式运行molclu ...

卢老师 我单独跑节点上投了任务，跑了200多步之后又停了。请您看一下报错：

                         *** Configuration   220  ***
Current date: 2022-10-28   Time: 11:55:19
Loading geometry       220 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

Stack trace terminated abnormally.
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred

Stack trace terminated abnormally.
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred