使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

gnli

单独跑到节点上投任务，也是同样的报错：工作目录下找不到xtbopt.xyz文件
                         *** Configuration     1  ***
Current date: 2022-10-28   Time: 21:41:20
Loading geometry         1 from the inputted trajectory file
Generating xtb.xyz file...
Deleting xtbrestart
Running xtb: xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Extracting energy and geometry from xtbopt.xyz
forrtl: No such file or directory
forrtl: severe (29): file not found, unit 10, file /home/gliwur/CCLEAN/chelates/molclus_xtb_md/C12H_conf/step2_xtb_opt/xtbopt.xyz
Image              PC                Routine            Line        Source            
molclus            000000000041D3BB  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000437BB0  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            000000000040A0EA  Unknown               Unknown  Unknown
molclus            0000000000404422  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B7A56EAA555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
molclus            0000000000404329  Unknown               Unknown  Unknown

sobereva

gnli 发表于 2022-10-29 03:46
单独跑到节点上投任务，也是同样的报错：工作目录下找不到xtbopt.xyz文件
                         ***  ...

运行的命令在molclus提示里写明了xtb xtb.xyz  --opt --gfn 0 --chrg 0 --uhf 0 > xtb.out
自己确保能手动运行这种命令成功计算再说molclus调用的事。如果不成功，自行看xtb输出文件内容判断原因。当前机子能否正常运行xtb跟molclus完全是两码事

wangyueda

有个小问题请教下卢老师，就是isomer进行能量排序的时候，这个能量去重阈值（默认0.5 kcal/mol）需要根据不同的体系来考虑吗？有没有什么设置的规则？

sobereva

wangyueda 发表于 2022-11-2 00:13
有个小问题请教下卢老师，就是isomer进行能量排序的时候，这个能量去重阈值（默认0.5 kcal/mol）需要根据不 ...

跟体系没直接关系，和优化的收敛精度有关系。收敛精度很高就可以用比较小的阈值，收敛限比较糙的话就应该用大点，否则会把优化出来的两个其实是相同的构型判断成不同构型而都被保留出来

wangyueda

sobereva 发表于 2022-11-2 08:31
跟体系没直接关系，和优化的收敛精度有关系。收敛精度很高就可以用比较小的阈值，收敛限比较糙的话就应该 ...

好的老师，那利用Molclus调用xtb和Gaussian做优化时，就用xtb和Gaussian的默认收敛精度，那么isomer的能量去重阈值就使用默认0.5 kcal/mol就可以了是吧？还是说用xtb和Gaussian的做完优化后，isomer的能量去重阈值得分别设置不同的值？

sobereva

wangyueda 发表于 2022-11-2 09:55
好的老师，那利用Molclus调用xtb和Gaussian做优化时，就用xtb和Gaussian的默认收敛精度，那么isomer的能 ...

一般用默认即可
如果发现有的筛出来的结构之间差异太小，再加大阈值

wangyueda

sobereva 发表于 2022-11-3 08:36
一般用默认即可
如果发现有的筛出来的结构之间差异太小，再加大阈值

好的 谢谢卢老师

wangyueda

卢老师，xtb做优化得到的能量是原子单位吧？

sobereva

wangyueda 发表于 2022-11-4 20:30
卢老师，xtb做优化得到的能量是原子单位吧？

几乎所有量化程序，凡是给出的能量没说单位的地方，一律默认是原子单位

Lym

想请教一下老师，如果设定跑的帧数应该是2000帧，但是只跑了几百帧之后就提示“ Normal termination of xtb " 为什么会出现这样的情况呢？ 遇到这样的情况，还应该用mdrestart接着继续跑呢？还是重新设定参数，比如温度？时常然后重新跑嘛？

sobereva

Lym 发表于 2022-11-8 08:42
想请教一下老师，如果设定跑的帧数应该是2000帧，但是只跑了几百帧之后就提示“ Normal termination of xtb ...

如果用的windows版，用linux版再试
如果本来用的就是Linux版，仔细看输出信息判断原因，如果觉得是程序bug的话报告给开发者

Lym

sobereva 发表于 2022-11-8 10:21
如果用的windows版，用linux版再试
如果本来用的就是Linux版，仔细看输出信息判断原因，如果觉得是程序b ...

谢谢卢老师耐心的回答
我用的是linux系统，
刚才我看到提示:"shake did not converged! MD is unstable"  是不是有可能是因为我在一个体系有机物和碱土金属周围放的DMSO溶剂分子的位置不合适导致的嘛？

sobereva

Lym 发表于 2022-11-8 11:00
谢谢卢老师耐心的回答
我用的是linux系统，
刚才我看到提示:"shake did not converged! MD is unstable ...

把SHAKE关了

Lym

sobereva 发表于 2022-11-8 11:44
把SHAKE关了

卢老师，我把shake关了之后，仍然报错了，报错信息如下：
MD is unstable, emergency exit
but still taking it as converged!
average properties
Epot               :  -564.841853791450     
Epot (accurate SCC):  -564.929305191690     
Ekin               :  0.742441170246395     
Etot               :  -564.099412621203     
T                  :   412.391556602045     
thermostating problem
normal exit of md()
当前我的温度设置是400K，是不是温度设置不合理呢？

sobereva

Lym 发表于 2022-11-10 23:27
卢老师，我把shake关了之后，仍然报错了，报错信息如下：
MD is unstable, emergency exit
but stil ...

跟温度没必然关系
把步长减小到1/2乃至1/4再试
温度越高，通常应当用越小步长保证动力学稳定性