使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-5 08:50:57

无敌菠萝派发表于 2022-7-4 23:27
sob老师，我还想请教一个问题，我用gfn0 优化过渡金属络合物看着还挺正常的，就是金属和配体离得有点远， ...

尝试GFN1-xTB
GFN0-xTB无论优化成什么样都不说明问题，毕竟太糙了，更何况还是成键比一般有机体系更复杂的过渡金属配合物

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-5 09:33:07

sobereva 发表于 2022-7-5 08:50
尝试GFN1-xTB
GFN0-xTB无论优化成什么样都不说明问题，毕竟太糙了，更何况还是成键比一般有机体系更复杂 ...

好的，多谢sob老师

夜千 · 发表于 Post on 2022-7-5 17:20:01

老师，请问您一下，目前教程的步骤我单独做下来没有问题，同时我需要多任务并行，参考了您另一个帖子中，说修改setting，用molclus setting.int定义这个设置，用molclus xxx.int xxx.xyz计算，我从这一步开始，就被提示molclus命令不存在，想请问这个怎么解决呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-6 00:38:07

夜千发表于 2022-7-5 10:20
老师，请问您一下，目前教程的步骤我单独做下来没有问题，同时我需要多任务并行，参考了您另一个帖子中，说 ...

检查一下PATH变量里有没有molclus所在目录，如果没有的话加上

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-6 07:29:48

夜千发表于 2022-7-5 17:20
老师，请问您一下，目前教程的步骤我单独做下来没有问题，同时我需要多任务并行，参考了您另一个帖子中，说 ...

http://sobereva.com/ccFAQ#notfound

只有.ini没有.int

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-15 09:44:56

sobereva 发表于 2022-7-5 08:50
尝试GFN1-xTB
GFN0-xTB无论优化成什么样都不说明问题，毕竟太糙了，更何况还是成键比一般有机体系更复杂 ...

sob老师，我试了GFN1-xTB、GFN2-xTB、GFN ff-xTB，发现都会出现配体被金属配位导致分裂的问题，然后我偶然发现，你以前在回复另一个相似问题的时候说用gaussian调UFF力场来优化初始结构，不知道现在这种方法还可行吗？（附上原贴http://bbs.keinsci.com/thread-6291-1-6.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-15 09:53:29

无敌菠萝派发表于 2022-7-15 09:44
sob老师，我试了GFN1-xTB、GFN2-xTB、GFN ff-xTB，发现都会出现配体被金属配位导致分裂的问题，然后我偶 ...

用DFT

无敌菠萝派 · 发表于 Post on 2022-7-15 11:02:14

sobereva 发表于 2022-7-15 09:53
用DFT

是指用DFT的B3LYP来优化结构吗？但是我感觉好像DFT对于这种随手摆的初始构象我查看优化步数的时候形状改变的幅度很有限，而且容易不收敛

adong · 发表于 Post on 2022-7-15 21:33:56

本帖最后由 adong 于 2022-7-15 21:35 编辑

sob老师，在“用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”这一步中，如何保存ORCA算单点的输出结果？settings文件中设置了ibkchk= 2 和 ibkgbw= 2，但是只有chk文件，没有gbw文件

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-16 09:03:27

无敌菠萝派发表于 2022-7-15 11:02
是指用DFT的B3LYP来优化结构吗？但是我感觉好像DFT对于这种随手摆的初始构象我查看优化步数的时候形状改 ...

没这回事
初始结构摆得靠谱、关键词用得得当，对有机体系不可能难收敛（至少极个别不收敛情况也能轻易按照http://sobereva.com/164解决）

“形状改变的幅度很有限” 语义不明。初始结构摆得越接近极小点，当然优化过程看起来结构变化越小。

什么级别优化在本帖的例子中已经体现得很清楚了。

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-16 09:04:46

adong 发表于 2022-7-15 21:33
sob老师，在“用Molclus调用Gaussian和ORCA得到水环境下的高精度自由能”这一步中，如何保存ORCA算单点的输 ...

molclus输出信息直接就有ORCA的单点能
根本不需要保留ORCA的输出文件或者gbw文件

adong · 发表于 Post on 2022-7-16 21:01:33

sobereva 发表于 2022-7-16 09:04
molclus输出信息直接就有ORCA的单点能
根本不需要保留ORCA的输出文件或者gbw文件

sob老师，主要是想用gbw文件顺带着看下HOMO/LUMO

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-17 10:08:56

adong 发表于 2022-7-16 21:01
sob老师，主要是想用gbw文件顺带着看下HOMO/LUMO

就有几何优化留下来的波函数文件就够了
单点计算通常用高级别、大基组。然而，大基组不意味着算HOMO、LUMO就比小基组强。而且，高精度单点通常用双杂化甚至DLPNO-CCSD(T)，然而此时根本没有分子轨道的概念（对于前者，gbw文件里留下的是双杂化泛函中的杂化泛函那部分，轨道质量明显不如普通的杂化泛函；对于后者，gbw里留下的是HF轨道，更不如普通泛函的）

adong · 发表于 Post on 2022-7-18 11:20:44

sobereva 发表于 2022-7-17 10:08
就有几何优化留下来的波函数文件就够了
单点计算通常用高级别、大基组。然而，大基组不意味着算HOMO、LU ...

明白了，谢谢sob老师

Lym · 发表于 Post on 2022-7-21 13:36:54

本帖最后由 Lym 于 2022-7-21 16:08 编辑

老师，您好，我在linux上通过Molclus调用xtb进行预优化的时候出现：
forrtl: severe (38): error during write, unit 100, file /home/Lym/molclus_1.9.9.9_Linux/isomers.xyz
Image             PC             Routine          Line       Source
molclus          000000000041D3BB  Unknown             Unknown  Unknown
molclus          0000000000437BB0  Unknown             Unknown  Unknown
molclus          0000000000406A71  Unknown             Unknown  Unknown
molclus          0000000000404422  Unknown             Unknown  Unknown
libc-2.28.so    000014D57B0267B3  __libc_start_main    Unknown  Unknown
molclus          0000000000404329  Unknown             Unknown  Unknown
是不是代表当前我在bashrc里面的路径没有设置对呢？如下是我的输入，输出文件：

settings.ini (3.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

isomers.xyz (10.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
在~./bashrc里面的设置：
export PATH=$PATH:/home/Lym/xtb/bin
export XTBPATH=/home/Lym/xtb/share/xtb
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=1000m
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