VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

lonicera

感觉

1. display distance -8.0

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提到的问题可以用

1. display projection orthographic

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解决, 似乎是透视模式导致的边缘畸变. 改成正交模式后就没有畸变了.

sobereva

lonicera 发表于 2021-12-24 23:43
感觉
提到的问题可以用
解决, 似乎是透视模式导致的边缘畸变. 改成正交模式后就没有畸变了.

正交模式通常太丑，违背近大远小的视觉习俗，所以一般我是不用的。仅对于观看诸如磷脂膜等体系需要远近一样大使得观看不容易有视觉判断误差的时候我才用。正交视角可以视为距离屏幕无限远时候的透视情况的极限。

丁越

vmd.rc中还可以加入下面的命令来批量渲染用于制作MD轨迹动画的图片，movier定义了三个参数，所要渲染的图片数目、起始帧(默认第一帧)、结束帧(默认最后一帧)。假如你想在300~1000帧的范围内渲染出30张图片用于制作轨迹动画，那么就输入 movier 30 300 1000，所有渲染完的图片都被放在了rendered_pictures目录下。动画制作用ffmpeg合成就行。

1. proc movier {Num {beg 0} {end -1}} {
   
2.         file mkdir rendered_pictures
   
3.         cd rendered_pictures
   
4.         if { $end == -1 } {
   
5.                 set end [molinfo top get numframes]
   
6.         }
   
7.         set tau_frame [expr int([expr floor([expr 1.0*($end - $beg)/($Num-1)])])]
   
8.         for {set i 1} {$i <= $Num} {incr i} {
   
9.                 set iframe [expr ($i-1)*${tau_frame}+$beg]
   
10.                 animate goto $iframe
    
11.                 puts "Now is rendering ${iframe}_th frame...."
    
12.                 rd [format %05i $i]
    
13.         }
    
14.         cd ..
    
15. }

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1. proc rd {{graph_name vmdscene}} {
   
2.     render Tachyon ${graph_name}.dat \
   
3.     tachyon_WIN64.exe ${graph_name}.dat -format BMP -o ${graph_name}.bmp \
   
4.     -trans_raster3d -res 2400 1500  -aasamples 24 -numthreads 4
   
5.         file delete ${graph_name}.dat
   
6. }

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bxc

如果有人跟我一样使用了设置文件后vmd main就没了的话，就在设置文件里开头加一句menu main on即可

牧生

snljty 发表于 2020-4-1 10:27
我的rc里面加了这样几个内容。
从Multiwfn里面提供的Tachyon渲染高质量图片的命令直接加到了vmd里。
比如 ...

非常非常好用的脚本，但有一个需要请教的地方，如果我载入一个有1000帧的gro文件，有什么办法去实现每一帧进行一次Tach_MidShad呢？

是我疏忽了，原来18楼已经给出了方法。讲义里面也都有，，看来我还是太懒了
补充一下，在18楼里面，针对VMD1.9.3, win下，“tachyon_WIN64.exe”应该为“tachyon_WIN32.exe”  


以前都是播放轨迹时，用软件录屏，质量一般。今天按照18楼的做法搞了一天，终于可以做出清晰度很高的视频了，数千帧的轨迹，截出来的图片文件夹总共都有10多G。

yjb

老师，我用的Linux下的1.9.3版本的vmd，进行初始化文件里的设置，修改完之后会发现只有可视化界面，其它两个窗口不弹出来的情况。请问这个应该如何解决呢？

牧生

yjb 发表于 2022-9-1 20:28
老师，我用的Linux下的1.9.3版本的vmd，进行初始化文件里的设置，修改完之后会发现只有可视化界面，其它两 ...

第19楼

1. 
   
2. 如果有人跟我一样使用了设置文件后vmd main就没了的话，就在设置文件里开头加一句menu main on即可

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yjb

牧生 发表于 2022-9-1 20:59
第19楼

谢谢老师

护卫天使

老师好，请问mol default style能更改为 {CPK}吗？我只是加入了这个命令mol default style{CPK}，并不可以。

牧生

护卫天使 发表于 2022-9-23 10:12
老师好，请问mol default style能更改为 {CPK}吗？我只是加入了这个命令mol default style{CPK}，并不可以 ...

mol default style[空格]{CPK}    试试这个呢

护卫天使

牧生 发表于 2022-9-23 10:33
mol default style[空格]{CPK}    试试这个呢

谢谢。还是不可以。

sobereva

护卫天使 发表于 2022-9-23 10:12
老师好，请问mol default style能更改为 {CPK}吗？我只是加入了这个命令mol default style{CPK}，并不可以 ...

mol default style CPK

丁越

牧生 发表于 2022-8-28 21:31
非常非常好用的脚本，但有一个需要请教的地方，如果我载入一个有1000帧的gro文件，有什么办法去实现每一 ...

论坛里有64位的VMD，我是用的那个。如果是Linux下渲染的话把rd命令中改成这样：
/opt/vmd/lib/vmd/tachyon_LINUXAMD64 ${graph_name}.dat -format BMP -o ${graph_name}.bmp \
    -mediumshade -res 2000 1500 -aasamples 24 -numthreads 6
把tachyon_LINUXAMD64的位置改成自己机子的实际路径。如果最终得到的渲染图片太大的话可以降低图片的分辨率，2000 1500 可以改低一点。

huhq

gcsun 发表于 2021-2-11 14:48
1.9.4也是有效的，我用着没问题
仔细读“对于Linux版来说，这个文件叫.vmdrc，VMD会先在当前目录下搜索 ...

您好，我在台式机上用1.9.4没有问题，但笔记本上不行。请问，笔记本上需要特别设置吗？

牧生

proc bb {} {color Display Background black}

这个命令可以将VMD的背景变成黑色，我将 black改成yellow，那么可以把背景色变成黄色。

那如果我要改成别的任意颜色，不是corlorID中的那32种颜色，比如浅灰色，或者浅蓝色，或者[191,166,166]这样的数值表示的颜色，我该怎么弄呢