VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置

likejade

太好啦，谢谢分享！

乐平

Sob 老师这句话需要更正

Linux下的.vmdrc文件是事先不存在的，一般都是在用户目录下自行创建。

Linux 下安装 VMD 也是存在 .vmdrc 文件的。

比如，如果是默认安装，那么可以在下面的路径里找到

1. /usr/local/lib/vmd/.vmdrc

复制代码

如果自定了安装路径，比如指定 VMD 安装到  ~/tools/vmd 路径下，那么可以在下面的路径找到

1. ~/tools/vmd/lib/vmd/.vmdrc

复制代码

sobereva

乐平 发表于 2023-4-3 18:53
Sob 老师这句话需要更正

Linux 下安装 VMD 也是存在 .vmdrc 文件的。

改了

乐平

sobereva 发表于 2023-4-4 06:10
改了

赞！

bxc

老师，这些可以直接在hotkeys.tcl里添加吗

sobereva

bxc 发表于 2023-11-25 11:47
老师，这些可以直接在hotkeys.tcl里添加吗

这个文件专门定义快捷键的，快捷键的那些自定义命令可以加入这里

diyimin10234

老师，给绘制出的结构加标尺的时候，它的字体及字号可以改吗？

sobereva

diyimin10234 发表于 2024-3-21 12:01
老师，给绘制出的结构加标尺的时候，它的字体及字号可以改吗？

应该不能

diyimin10234

sobereva 发表于 2024-3-21 21:40
应该不能

好的老师，我决定把这些文字部分都直接p上去了

Uus/pMeC6H4-/キ

sobereva 发表于 2020-4-1 01:47:08
有很多人肯定早已发现画面边缘的物体畸变得特别厉害，很难看。通过display distance -8.0语句可以充分避免。但导致一个问题就是原本在窗口左下方的坐标轴看不到了，需要坐标轴的时候可以选Display - Axes - Origin让坐标轴显示在窗口中央。

最近刚发现透视视角下把坐标轴调回画面内显示的另一个方法，即设置display distance的同时适当调整display height，比如display distance -8.0搭配display height 13.0。

对窗口左下角显示坐标轴的情况，经过尝试感觉可以的(distance, height)的搭配包括(-7.0, 12.0)， (-6.0, 10.8)，(-5.0, 9.4)，(-4.0, 8.0)，(-2.5, 6.0)等，结合鼠标滚轮缩放把边缘显示畸变范围排除出视野。

正交视角下display distance不再影响画面，而display height仍能调节坐标轴（以及体系）显示的大小和位置。

Uus/pMeC6H4-/キ

在设置VMD初始化时，遇到几个关于HBonds的小问题：

1.能否在vmd.rc里写语句，使得每加载一个体系都同时默认产生VDW和HBonds两个显示方式？mol default style只能设置一个显示方式及其参数，如果写了两行mol default style的话第二行会覆盖第一行的。

2.如果不行，能否修改文件，使得Graphical Representations窗口里点Create Rep再切换Drawing Method到HBonds时默认的阈值不是3.0埃和20°？

3.如果不行，还可在vmd.rc里自定义快捷键执行mol addrep top ; mol modstyle rep_number top HBonds 3.5 43.1 2，但此处显示方式的序号rep_number能否通过自定义变量的方式设置，免得查看Graphical Representations窗口？由于mol addrep top并不返回任何东西，像set x [mol addrep top] ; mol modstyle $x top HBonds 3.5 43.1 2这样写并不能管用。

4.上面3.5和43.1两个阈值是从分子动力学与GROMACS培训班的讲义里看到的，讲义介绍氢键D-H··A的统计时说：GROMACS的判据为氢键给体D与受体A之间距离要求小于3.5埃（对应于SPC水O-O rdf第一个极小点）、H-D键和D..A连线夹角小于30°；但VMD用的氢键键角判据为D-H··A的补角，GROMACS默认的键角判据30°对应VMD键角43.1°。但是这个43.1°是如何推导的？
若在一个O-H··O的氢键模型中用上述3.5埃和30°的数据，再取SPC刚性水O-H键长1.0000埃，则用余弦定理计算的H··O距离为d=sqrt(1^2+3.5^2-2*1*3.5*cos(30°))=2.681埃，D-H··A的钝角余弦为(1^2+2.681^2-3.5^2)/(2*1*2.681)=-0.7576，相应于139.3°，这样补角只有40.7°，比43.1°要严一点。

sobereva

Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2024-10-31 13:41
在设置VMD初始化时，遇到几个关于HBonds的小问题：

1.能否在vmd.rc里写语句，使得每加载一个体系都同时 ...

1 没办法

2 不行

3 利用molinfo查询当前的显示设置情况

4 O-H键长取不同的值算出来的不一样

Uus/pMeC6H4-/キ

能否在vmd.rc里写语句，使得每加载一个体系都同时默认产生VDW和HBonds两个显示方式？

今天的VMD-l邮件列表里正好有个解决方案，不过是谷歌的网站，为方便大家而转载如下。这里的关键技巧是利用tcl函数after idle把执行指令的时间推迟到其他事件（比如刚打开VMD时加载vmd.rc/.vmdrc或者刚载入新分子）执行完毕后。

Dr. Axel Kohlmeyer wrote in
VMD Init Script/Custom Actions at Molecule Load:
Occasionally people ask about having performing custom actions, like having a different visualization than the default, whenever a molecule is loaded. Now several defaults can be changed, but the following scheme goes far beyond that and allows adding multiple representations and performing other scripted actions. In order for this to work, we have to put a trace on the variable vmd_initialize_structure, but calling actions right away at that point would not work. We'll rather have to just schedule a call to a script whenever the main event handler is idle again. Here the procedure reset_viz does the work, but rather than calling it directly in the variable trace, we use a proxy function reset_viz_proxy that generates an after idle {} request to call reset_viz with the specific molecule id to operate on as argument. The final line makes sure that this is also applied to molecules loaded from the command line, i.e. which are initialized before the .vmdrc file is processed and thus before the variable trace is defined.

1. proc reset_viz {molid} {
   
2.   # operate only on existing molecules
   
3.   if {[lsearch [molinfo list] $molid] >= 0} {
   
4.     # delete all representations
   
5.     set numrep [molinfo $molid get numreps]
   
6.     for {set i 0} {$i < $numrep} {incr i} {
   
7.       mol delrep $i $molid
   
8.     }
   
9.     # add new representations
   
10.     mol color Name
    
11.     mol representation VDW 0.3 15.0
    
12.     mol selection all
    
13.     mol material Opaque
    
14.     mol addrep $molid
    
15.     mol representation DynamicBonds 1.6 0.3 6.0
    
16.     mol selection {name C}
    
17.     mol addrep $molid
    
18.     mol representation DynamicBonds 1.2 0.3 6.0
    
19.     mol selection {name C H}
    
20.     mol addrep $molid
    
21.   }
    
22. }
    
23. proc reset_viz_proxy {args} {
    
24.   foreach {fname molid rw} $args {}
    
25.   eval "after idle {reset_viz $molid}"
    
26. }
    
27. ## hook up the function.
    
28. trace variable vmd_initialize_structure w reset_viz_proxy
    
29. # take care of molecule loaded at start.
    
30. after idle { reset_viz 0 }

复制代码