使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

chrischen1128

大神，请收下我的膝盖

ChemiAndy

habigale 发表于 2015-3-18 14:15
例如将当前目录下包括任意级子目录下的.gjf中的M062X替换为B3LYP，执行：sed -i "s/M062X/B3LYP/g" `grep M ...

可能是因为你的13个gjf文件中都没有pbe1pbe这个关键词，或者大小写不匹配。所以··中的grep命令返回了空的文件列表，导致sed提示无输入文件。

habigale

有没有提取计算结果中freq计算结果的脚本，例如将zero-point correction，Thermal correction to Energy， Thermal Correction to enthalpy，Thermal correction to Gibbis Free Energy的相应的值输出到文件中的方法。谢谢！

sobereva

habigale 发表于 2015-7-15 23:09
有没有提取计算结果中freq计算结果的脚本，例如将zero-point correction，Thermal correction to Energy，  ...

用grep命令加上重定向符号>就行了。

hlmkh

tanks for sharing

brothers

批处理的shell脚本，如何避免SSH连接hangup导致任务中断呢？

sobereva

brothers 发表于 2015-10-20 20:36
批处理的shell脚本，如何避免SSH连接hangup导致任务中断呢？

nohup ./runall.sh &
然后exit登出，就没问题了

或者用setsid代替nohup，这样连接断了应该也没关系

brothers

sobereva 发表于 2015-10-20 21:42
nohup ./runall.sh &
然后exit登出，就没问题了

谢谢老师，明天试试。
我今天用的是sh filename.sh来运行的，加上nohup没用，不知道是不是没加&的原因
前述脚本可以很方便地组合一下，依次运行所有子文件夹中的gjf，然后将chk文件转化为fchk。老师有时间可以更新一下~

lsbp010

学习学习

milkxx

如果不想有额外的list文件的话 ls *.chk|xargs -I @ echo "formchk  @"  >list;sh list；rm list

hxd_yi

这个脚本可以用以显示计算结果，包括最小的频率，homo，lomo，电子能量，热力学校正数值。提醒：执行方式为：./a.sh b.com，后面参数可以更换成其他需要抓取数据的文件。
#!/bin/bash
for inf in $@; do
if ! [ -f $inf ]; then
   continue
fi
echo ' '$inf':'
echo ' -----------------------------'
if [ -z "$(head -n 1 $inf | grep 'Entering Gaussian System,')" ]; then
    echo " This File Is Not a Gaussian Log File."
    echo ''
    continue
fi
if [ -z "`tail -n 1 $inf| grep 'Normal termination of Gaussian 09'`" ]; then
   echo ' This Job Do Not Normally terminate.'
   echo ''
   tail $inf
   echo ''
   continue
fi
nf=`grep 'imaginary frequencies (negative Signs)' $inf | awk '{print $2}'`
if [ -z $nf ]; then
    nf=0
fi
# echo $nf
if [ $nf -gt 1 ]; then
    echo ' grep '$nf' imaginary frequencies'
    echo -n -e ' Max imaginary frequency is:\t'
    grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{print $3}'
elif [ $nf -gt 0 ]; then
    echo ' grep '$nf' imaginary frequency'
    echo -n -e " Max imaginary frequency is:\t"
    grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{print $3}'
fi
if [ $nf -eq 0 ]; then
#     echo ' no imaginary frequency'
    echo -ne " Min Frequency is:\t"
    grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{print $3}'
fi
echo -ne "\n"
# str=`grep -e "Freq
# grep -e "^ Alpha  occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1 | awk '{print "HOMO of Alpha:\t" $NF}'
# grep -e "^ Alpha virt. eigenvalues" $inf | head -n 1 | awk '{print "LUMO of Alpha:\t" $5}'
grep " SCF Done" $inf | tail -n 1 | awk '{print " SCF Energy:\t" $5}'
a=`grep -n 'Zero-point correction' $inf | cut -d ':' -f 1`
b=`expr $a + 7`
if [ -n "$a" ]; then
  sed -n -e "$a,$b"p $inf
else
  echo 'No Energy corrections Greppd!'
fi

str=`grep -e "Alpha  occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
    echo "$str" | awk '{print " HOMO of Alpha:\t" $NF}'
fi

str=`grep -e "Alpha virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
    echo "$str" | awk '{print " LUMO of Alpha:\t" $5}'
fi

str=`grep -e "Beta  occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
    echo "$str" | awk '{print " HOMO of Beta:\t" $NF}'
fi

str=`grep -e "Beta virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
if [ ! -z "$str" ]; then
    echo "$str" | awk '{print " LUMO of Beta:\t" $5}'
fi
echo ''
done

和下一个不同的是，下一个脚本抓取的结果输出为表格格式（用\t分隔数据），结果可以直接复制到excel中。

hxd_yi

habigale 发表于 2015-7-15 23:09
有没有提取计算结果中freq计算结果的脚本，例如将zero-point correction，Thermal correction to Energy，  ...

这个脚本可以帮你，使用方法：脚本保存为gt.sh，然后执行./gt.sh *.out，就可以把out文件中结果提取出来了，也可以换成其他文件。
#!/bin/bash
echo -e "filename\tnumber of imaginary frequencies\tmin freq\tElectronic energy\t\
Zero-point correction\t\
Thermal correction to Energy\t\
Thermal correction to Enthalpy\t\
Thermal correction to Gibbs Free Energy"
for inf in $@; do
    if ! [ -f $inf ] ; then
        continue
    fi
    if [ -z "$(head -n 1 $inf | grep 'Entering Gaussian System,')" ]; then
        continue
    fi
    echo -ne $inf'\t'
    tf=`tail -n 1 $inf| grep 'Normal termination of Gaussian 09'`
    if [ -z "$tf" ]; then
        echo 'Error'
        continue
    fi
    nf=`grep 'imaginary frequencies (negative Signs)' $inf | awk '{print $2}'`
    if [ -z $nf ]; then
        nf=0
    fi
    echo -ne $nf'\t'
    grep 'Frequencies --' $inf | head -n 1 | awk '{printf("%s\t",$3);}'
    grep "SCF Done" $inf | tail -n 1 | awk '{printf("%s\t",$5);}'
    # a=`grep -n 'Zero-point correction' $inf | cut -d ':' -f 1`
    # b=`expr $a + 7`
    # sed -n -e "$a,$b"p $inf
    grep 'Zero-point correction' $inf | awk '{printf("%s\t",$3);}'
    grep 'Thermal correction to Energy' $inf | awk '{printf("%s\t",$NF);}'
    grep 'Thermal correction to Enthalpy' $inf | awk '{printf("%s\t",$NF);}'
    grep 'Thermal correction to Gibbs Free Energy' $inf | awk '{printf("%s",$NF);}'
    echo -e ""
###############################################################
#    str=`grep -e "Alpha  occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
#    if [ ! -z "$str" ]; then
#        echo "$str" | awk '{print " HOMO of Alpha:\t" $NF}'
#    fi
#
#    str=`grep -e "Alpha virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
#    if [ ! -z "$str" ]; then
#        echo "$str" | awk '{print " LUMO of Alpha:\t" $5}'
#    fi
#
#    str=`grep -e "Beta  occ. eigenvalues" $inf | tail -n 1`
#    if [ ! -z "$str" ]; then
#        echo "$str" | awk '{print " HOMO of Beta:\t" $NF}'
#    fi
#
#    str=`grep -e "Beta virt. eigenvalues" $inf | head -n 1`
#    if [ ! -z "$str" ]; then
#        echo "$str" | awk '{print " LUMO of Beta:\t" $5}'
#    fi
##############################################################
done

mol

期待sob老师写个《使用GMX时的几个实用脚本和命令》
譬如：计算PMF时依次执行多个计算

1. #!/bin/bash
   
2. for i in 0 1 2 3 4
   
3. do
   
4. grompp -f md_umbrella.mdp -c conf$i.pdb -p out.top -n index.ndx -o umbrella$i.tpr
   
5. mdrun -np 10 -s umbrella$i.tpr -deffnm umbrella$i -pf pullf-umbrella$i.xvg -px pullx-umbrella$i.xvg </dev/null
   
6. done

复制代码

linuxprobe

真爱粉~~简直不要太厉害

一直在路上

hxd_yi 发表于 2016-1-8 15:53
这个脚本可以用以显示计算结果，包括最小的频率，homo，lomo，电子能量，热力学校正数值。提醒：执行方式为 ...

试了一下，两个都没有输出为表格格式，都是在屏幕上直接显示啊？