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楼主 Author: sobereva
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[Gaussian/gview] 使用Gaussian时的几个实用脚本和命令

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发表于 Post on 2020-3-31 09:30:12 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2020-3-31 00:05
谢谢社长的分享,最近有个小困惑,就是我有好几千个小任务要去做xtb优化,我自己参考您这篇博文和 http:/ ...

这个不难。我有个思路,虽然我不做量化,但是可以实现你的想法,自己修改一下即可。查看博文https://liuyujie714.com/61.html 最后部分。任务太多,直接用&挂后台很危险。

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发表于 Post on 2020-4-4 12:34:15 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,1 依次执行多个指令:是前一个gjf计算完毕后自动开始计算下一个gjf直到命令中所有的gjf文件都计算完是吗?也就是如果我有16核的话每个任务都按照16核计算?谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-4-6 20:31:52 | 只看该作者 Only view this author
zhoutao2011 发表于 2020-4-4 12:34
sob老师,1 依次执行多个指令:是前一个gjf计算完毕后自动开始计算下一个gjf直到命令中所有的gjf文件都计算 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-6-20 17:17:12 | 只看该作者 Only view this author
提取单点能的脚本有吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-6-21 02:37:38 | 只看该作者 Only view this author
quora 发表于 2020-6-20 17:17
提取单点能的脚本有吗

自己用grep提取就完了
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发表于 Post on 2020-7-13 20:24:45 | 只看该作者 Only view this author
长知识了,好文

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发表于 Post on 2020-12-5 19:21:43 | 只看该作者 Only view this author
这个真心实用  谢谢分享

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发表于 Post on 2020-12-11 11:06:14 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,有没有 可以把优化的结构文件.log或者.out里面的所有的坐标都保存下来来的脚本呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-13 04:30:09 | 只看该作者 Only view this author
dengzf 发表于 2020-12-11 11:06
sob老师,有没有 可以把优化的结构文件.log或者.out里面的所有的坐标都保存下来来的脚本呢?

学点awk的知识,以及linux下的grep等命令的使用,自然就懂了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-6-6 18:56:19 | 只看该作者 Only view this author
新加入一个脚本“10 显示当前目录下所有out文件最后一次SCF Done的能量”
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发表于 Post on 2025-7-13 22:11:44 | 只看该作者 Only view this author
各位大佬,使用第二个脚本一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件,编译器是Intel OneAPI 2025.2 ,执行后显示icc++not found, 把脚本中的icc和icc++改成icx,后,又显示 error: no input files Bad substitution,这是要改icc编译器么

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发表于 Post on 2025-7-13 22:55:05 | 只看该作者 Only view this author
Prof.Huang 发表于 2025-7-13 22:11
各位大佬,使用第二个脚本一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件,编译器是Intel OneAPI 2025.2 ,执行 ...

这个跟编译器没啥关系吧。。那个icc纯粹是一个计数器

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某不知名实验组从苞米地里长出来的计算选手

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-14 02:46:46 | 只看该作者 Only view this author
Prof.Huang 发表于 2025-7-13 22:11
各位大佬,使用第二个脚本一次性执行当前目录下所有Gaussian输入文件,编译器是Intel OneAPI 2025.2 ,执行 ...

学点shell脚本编写常识,避免胡思乱想
参考
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html
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发表于 Post on 2025-7-14 10:28:57 | 只看该作者 Only view this author
像icc这样的字符串一看就容易和可执行程序/命令冲突,用在shell脚本里当变量名属实是自找麻烦。

所有写shell脚本的都应该认真研读Bash Pitfalls避免踩坑,并且写完后拿ShellCheck检查语法问题。

考虑到bash的兼容性问题,像((var++))这种语法特性不要也罢。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-7-15 04:18:23 | 只看该作者 Only view this author
对于个人的单一微型脚本的编写,不需要太有洁癖
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