稀土与氧RE-O配位键成键分析求助

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-8 15:30:02

老师们好，在阅读了Sob老师的部分博文后，总结出对稀土离子和氧离子成键分析的方法：先用AIM中拓扑分析与IRI作图来共同确定是否成键，再进一步用ALIE的极小值大小对比和PM-Mulliken轨道定域化对成键强度与成键贡献、键极性等进行分析，结构为以水，硝酸根，及一个三齿有机配体为配体的80个原子的体系，Gaussian计算级别为PBE0-D3(BJ)，N O基组为def-TZVP 稀土离子为SDD，不知道以上方法是否合理，想听听老师们的意见。另：是否可以利用ADCH电荷进行原子电荷分析来侧面反映成键强弱？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-9 04:26:12

如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点倒有可能和成键强度能找出一定关系。

原子电荷和成键强弱没必然关系，没有前提条件时没法直接通过原子电荷判断键的强弱。顶多是对于类似物，你或许可以拟合一个键的强度与原子电荷的相关性关系。

别忘了用Mayer键级讨论。另外，柔性键力常数也可以拿来讨论
通过柔性力常数考察键的强度
http://sobereva.com/364（http://bbs.keinsci.com/thread-5175-1-1.html）

计算级别没问题。

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-9 09:18:15

sobereva 发表于 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点 ...

谢谢社长！您说的对比配体结合前与配体结合后ALIE极小点是进行定量比较还是定性比较呢？
另：您能给一些用ALIE极小点来判断成键强度的paper来学习一下吗

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-10 02:22:51

hdhxx123 发表于 2021-1-9 09:18
谢谢社长！您说的对比配体结合前与配体结合后ALIE极小点是进行定量比较还是定性比较呢？
另：您能给一些 ...

对不同的配体，对配体单体（孤立状态下）的ALIE进行对比
也可以用于讨论同一个配体分子不同位点配位的有限级
手头没有相关paper。举个简单例子，为什么CO是用C这边配位而不是氧，从ALIE直接就能得到答案。对配体单体的表面静电势也可以这么讨论

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-10 09:13:06

sobereva 发表于 2021-1-10 02:22
对不同的配体，对配体单体（孤立状态下）的ALIE进行对比
也可以用于讨论同一个配体分子不同位点配位的有 ...

谢谢社长，另外我在IGM的介绍博文中看到您说“δg 函数在某种程度上与 DORI 有相同的价值，即可以体现出体系中任何类型的相互作用，但是 δg 还可以把强度差异体现出来，而 DORI 不反映这一点。"那么IRI分析是不是可以用δg代替呢？想问下您哪个更合适一点

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-11 02:58:27

hdhxx123 发表于 2021-1-10 09:13
谢谢社长，另外我在IGM的介绍博文中看到您说“δg 函数在某种程度上与 DORI 有相同的价值，即可以体现出 ...

δg只是能把强度相差很悬殊的作用差异体现出来，但是对于强度相仿佛的作用，不要指望这个函数能真实地反映强度的差异，毕竟其原理相当粗糙，根本都没考虑真实电子结构。

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-11 09:00:35

sobereva 发表于 2021-1-11 02:58
δg只是能把强度相差很悬殊的作用差异体现出来，但是对于强度相仿佛的作用，不要指望这个函数能真实地反 ...

学习了！谢谢社长！

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-22 17:11:11

sobereva 发表于 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE，这和成键强度没有直接关系，对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点 ...

老师您好，想问一下，稀土配合物体系是否适用于BOD及NAdO分析？

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-22 17:16:38

以及在进行模糊空间分析时您是否有推荐的原子空间划分方式？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-23 06:38:55

hdhxx123 发表于 2021-1-22 17:11
老师您好，想问一下，稀土配合物体系是否适用于BOD及NAdO分析？

可以用。就用默认的Becke或者Hirshfeld
用Hirshfeld-I也可以，原理上更好，不过目前版本的Multiwfn没有自带镧系的径向密度文件，需要自行产生。以后版本可能会加上

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-23 08:45:10

sobereva 发表于 2021-1-23 06:38
可以用。就用默认的Becke或者Hirshfeld
用Hirshfeld-I也可以，原理上更好，不过目前版本的Multiwfn没有 ...

谢谢老师，我已经计算了镧系三价离子的wfn文件，级别是PBE0 SDD，不过不知道是需要计算离子的还是原子的

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-23 08:50:43

因为我的体系中镧系都是三价离子形态存在的，在用Hirshfeld时我提供的是上面附件里的三价离子，但是Hirshfeld-I我不知道是需要哪些文件（体系后续有150个原子，也不知道Hirshfeld-I算不算得动）

hdhxx123 · 发表于 Post on 2021-1-23 08:59:47

另外，对成键部分情况我挑选了中心稀土离子与关注的氧及其完整配位体计算得到NAdO,想问问老师如果我仅对NAdO部分进行 AIM 中拓扑分析、IRI 以及 PM-Mulliken 轨道定域化、Mayer键级等等分析是否具有合理性？

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-23 10:36:05

hdhxx123 发表于 2021-1-23 08:50
因为我的体系中镧系都是三价离子形态存在的，在用Hirshfeld时我提供的是上面附件里的三价离子，但是Hirshfe ...

Multiwfn手册3.9.13节写明了，其中还专门有一小节Manually generate .rad files说了这事

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-23 10:36:40

hdhxx123 发表于 2021-1-23 08:59
另外，对成键部分情况我挑选了中心稀土离子与关注的氧及其完整配位体计算得到NAdO,想问问老师如果我仅对NAd ...

合理

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