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楼主 Author: hdhxx123
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[波函数分析求助] 稀土与氧RE-O配位键成键分析求助

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 11:03:12 | 只看该作者 Only view this author

老师,我进行了尝试,实际分析时发现进行IRI分析时原先明显的配位作用在用NAdO.wfn进行IRI分析时均变为范德华作用,即存在明显的相互作用强度降低的情况,图形上也无法用原有的色彩刻度轴合理表示,这是否意味着NAdO的选取对RE-O配位键的强度有较大的损失,即意味着当前体系不适合用NAdO进行分析?
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发表于 Post on 2021-1-23 15:15:28 | 只看该作者 Only view this author
不可能是范德华作用,顶多是静电作用起主要成分,导致轨道相互作用看起来不明显
NAdO对任何体系都是适用的,这是你解释的问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-23 19:02:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-1-23 15:15
不可能是范德华作用,顶多是静电作用起主要成分,导致轨道相互作用看起来不明显
NAdO对任何体系都是适用的 ...

好的,谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-1 12:17:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-2-2 10:15 编辑
sobereva 发表于 2021-1-9 04:26
如果你是对整个体系算ALIE,这和成键强度没有直接关系,对配体单独计算的配位的位点处的分子表面ALIE极小点 ...

老师,我尝试了以上的方法,发现Mayer键级无法体现(键级小于0.05)一些明显存在配位作用的键(柔性力常数相对大即键强较大,IRI分析显示存在配位作用,AIM拓扑分析存在BCP与键径),不知道是不是对当前这种强极性体系不适用,想问下老师有没有别的推荐?
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发表于 Post on 2021-2-1 20:41:47 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-2-1 12:17
老师,我尝试了以上的方法,发现Mayer键级无法体现(键级小于0.05)一些明显存在配位作用的键(柔性力常数 ...

对于强极性键并没什么问题,只不过接近离子键的程度,Mayer键级一般都会很小。Mayer键级本质上体现的是原子间贡献电子对数,近乎离子键的话就没什么贡献电子了。如果你就是要说有没有化学键的话,用IRI,或者Multiwfn中计算原子配位数的功能都可以体现。

Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html

• 基于键长的分析
在《谈谈原子间是否成键的判断问题》(http://sobereva.com/414)中笔者谈到了如何基于共价半径、键长的关系十分粗略地判断是否成键,但这种做法完全依赖于阈值,人为任意性太强。在DFT-D3原文中提出了一种计算原子配位数的方法,笔者将之改造成了基于键长和原子共价半径判断原子连接性的函数I,在Multiwfn里可以用主功能100的子功能9直接计算,见手册3.100.9节的介绍。当原子间距离大致等于或小于两个原子的共价半径和的时候,这个函数接近1.0。当键长进一步增加,此函数会逐渐平滑降低,到距离达到共价半径和两倍时,此函数几乎为0。I函数不能作为键级来用,因为不体现单键、双键之类,但很适合用于考察键的存在性、完整性(或者说被破坏的百分比)。由于这种分析只依赖于几何结构,所以xyz、pdb、mol等任何Multiwfn支持的含有坐标信息的文件都可以当输入文件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-2 10:15:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-1 20:41
对于强极性键并没什么问题,只不过接近离子键的程度,Mayer键级一般都会很小。Mayer键级本质上体现的是原 ...

谢谢老师,我尝试过用100.9的配位数等方法,但是它们会把N-RE也判断成键,而IRI分析发现N-RE间并无配位作用,两个指标存在冲突,因此不知道靠IRI分析、AIM拓扑分析和柔性力常数分析会不会稍显单薄?想听下您的意见
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发表于 Post on 2021-2-3 05:58:12 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-2-2 10:15
谢谢老师,我尝试过用100.9的配位数等方法,但是它们会把N-RE也判断成键,而IRI分析发现N-RE间并无配位作 ...

不给个IRI的具体图像,凭空说说不清楚
不显得单薄。另外还可以加上轨道定域化讨论。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-3 10:38:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-3 05:58
不给个IRI的具体图像,凭空说说不清楚
不显得单薄。另外还可以加上轨道定域化讨论。

好的,谢谢老师,做了AIM拓扑分析后发现N-RE间无键径,可以判定两者无明显相互作用
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发表于 Post on 2021-2-4 03:18:14 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-2-3 10:38
好的,谢谢老师,做了AIM拓扑分析后发现N-RE间无键径,可以判定两者无明显相互作用

如果IRI也没相应的等值面,可以基本这么判定
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-4 21:01:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-4 03:18
如果IRI也没相应的等值面,可以基本这么判定

谢谢老师,IRI无等值面而AIM无键径,二者匹配了,这样看来100.9配位数判定与其相悖了,几何因素判断配位数面对复杂电子结构体系还是会存在较大问题
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 07:26:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-2-4 03:18
如果IRI也没相应的等值面,可以基本这么判定

老师您好,我想对稀土离子水合物(即配体仅有溶剂分子的体系)分析其反应活性,成键也是以离子键为主,想通过AIM拓扑分析的BCP的CP property分析寻找其中最易离去基团,请问输出的CPprop.txt文件中哪几个量来研究是较为推荐的呢?
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发表于 Post on 2021-3-25 07:55:10 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-25 07:26
老师您好,我想对稀土离子水合物(即配体仅有溶剂分子的体系)分析其反应活性,成键也是以离子键为主,想 ...

如果你已经已知离去能力,电子密度、能量密度、eta指数、|V|/G都可以试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-25 08:14:30 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-3-25 08:16 编辑
sobereva 发表于 2021-3-25 07:55
如果你已经已知离去能力,电子密度、能量密度、eta指数、|V|/G都可以试试

老师,我理解为同种配体(即基团)间,可以尝试用这几种指标来比较其离去能力,以对应其反应活性对吗?
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发表于 Post on 2021-3-25 17:26:12 | 只看该作者 Only view this author
hdhxx123 发表于 2021-3-25 08:14
老师,我理解为同种配体(即基团)间,可以尝试用这几种指标来比较其离去能力,以对应其反应活性对吗?

不一定都有很好的关系,实测发现哪个关系好就拿哪个说事
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sobereva 发表于 2021-3-25 17:26
不一定都有很好的关系,实测发现哪个关系好就拿哪个说事

了解,谢谢老师
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