CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

ball2006 · 发表于 Post on 2021-4-22 16:20:43

abin 发表于 2021-3-30 20:14
回复需要审核，

所以再写一份给你，以免一会就忘记了。

感谢大佬的提醒，已经找别的方法越过去了。

Penson · 发表于 Post on 2021-5-12 23:17:05

我想在超算上自己尝试编译gcc版本的cp2k 8.1，重新安装并修改了默认的gcc，g++和gfortran版本都为8.3，但是用toolchain安装cmake的时候还是出现非零值错误，估计是和系统原来的cmake冲突了，查了一下是2.8版本的，远低于要求的版本。请问有什么合适的解决办法呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-13 07:19:51

Penson 发表于 2021-5-12 23:17
我想在超算上自己尝试编译gcc版本的cp2k 8.1，重新安装并修改了默认的gcc，g++和gfortran版本都为8.3，但是 ...

toolchain安装cmake的时候出错和系统里的cmake冲突应该没关系，看看log文件里具体报错提示

Penson · 发表于 Post on 2021-5-13 08:52:11

本帖最后由 Penson 于 2021-5-13 14:01 编辑

sobereva 发表于 2021-5-13 07:19
toolchain安装cmake的时候出错和系统里的cmake冲突应该没关系，看看log文件里具体报错提示

好的，社长。我看了log，是写着bootstrapping CMake时，运行初始的CMAKE的出错了

sobereva · 发表于 Post on 2021-5-13 19:06:20

Penson 发表于 2021-5-13 08:52
好的，社长。我看了log，是写着bootstrapping CMake时，运行初始的CMAKE的出错了

系统太老，找不到相应的GLIBCXX库
尝试自行编译cmake，然后把cmake可执行文件的目录加到PATH环境变量最前面使其优先级高于超算的cmake，然后让toolchain使用自己机子上的cmake。

Penson · 发表于 Post on 2021-5-13 19:18:38

sobereva 发表于 2021-5-13 19:06
系统太老，找不到相应的GLIBCXX库
尝试自行编译cmake，然后把cmake可执行文件的目录加到PATH环境变量最 ...

好的，我尝试过自己编译cmake，好像也得经历./bootstrap这一步，然后也是在这一步出错

abin · 发表于 Post on 2021-5-13 19:32:20

Penson 发表于 2021-5-13 19:18
好的，我尝试过自己编译cmake，好像也得经历./bootstrap这一步，然后也是在这一步出错

什么系统？

Penson · 发表于 Post on 2021-5-14 00:03:48

abin 发表于 2021-5-13 19:32
什么系统？

Red Hat Enterprise Linux Server release 6.2 (Santiago)

abin · 发表于 Post on 2021-5-14 07:44:56

Penson 发表于 2021-5-14 00:03
Red Hat Enterprise Linux Server release 6.2 (Santiago)

系统太老了……

Penson · 发表于 Post on 2021-5-14 11:49:43

abin 发表于 2021-5-14 07:44
系统太老了……

没办法，学校的超算，这个没法改

taopan · 发表于 Post on 2021-5-14 12:57:35

本帖最后由 taopan 于 2021-5-14 13:00 编辑

虚拟机中centos7 intel i7 cp2k8.1编译libint有问题

make: *** [src/CR_DerivGaussP0InBra_aB_d001__0__m__1___TwoPRep_s__0__s__1___Ab__up_0.lo] Error 1

复制代码

./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-openmpi=install --with-plumed=install --with-cmake=system
MPI is detected and it appears to be Intel MPI
nvcc not found, disabling CUDA by default
Compiling with 8 processes.
Step gcc took 0.00 seconds.
==================== Getting proc arch info using OpenBLAS tools ====================
OpenBLAS detected LIBCORE = haswell
OpenBLAS detected ARCH = x86_64
==================== Finding CMake from system paths ====================
path to cmake is /usr/local/bin/cmake
Step cmake took 0.00 seconds.
==================== Installing OpenMPI ====================
openmpi-4.0.5 is already installed, skipping it.
Step openmpi took 0.00 seconds.
Step valgrind took 0.00 seconds.
Step reflapack took 0.00 seconds.
==================== Finding MKL from system paths ====================
MKLROOT is found to be /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.0.128/linux/mkl
libm is found in ld search path
libdl is found in ld search path
Using MKL provided ScaLAPACK and BLACS
Step mkl took 0.00 seconds.
==================== Installing FFTW ====================
fftw-3.3.8 is already installed, skipping it.
Step fftw took 0.00 seconds.
==================== Installing LIBINT ====================
libint-v2.6.0-cp2k-lmax-6.tgz is found
Installing from scratch into /taopan/cp2k-8.1/tools/toolchain/install/libint-v2.6.0-cp2k-lmax-6
ERROR: (./scripts/install_libint.sh, line 82) Non-zero exit code detected.

复制代码

make.log (377.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

configure.log (7.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-5-15 21:50:18

啦啦黑还黑发表于 2021-2-18 14:22
8.1的toolchain安装支持intel mpi了，就别用openmpi了。
cp2k用intel可以比openmpi快30%
之前7.1版本tool ...

但是toolchian完了之后local.psmp那几个脚本还是要手改

abin · 发表于 Post on 2021-5-15 21:54:49

喵星大佬发表于 2021-5-15 21:50
但是toolchian完了之后local.psmp那几个脚本还是要手改

是吗？
不是直接可用吗？还改啥呀？

用intel工具套装，那是要修改的。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-5-15 22:59:11

abin 发表于 2021-5-15 21:54
是吗？
不是直接可用吗？还改啥呀？

我就是说toolchian设置了intelmpi的情况

yoghurt117 · 发表于 Post on 2021-6-22 14:31:23

My OS is Mint20. But according to your method ,it shows errors like this:
mint@i5:~/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0$ make -j 4 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"
Discovering programs ...
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: psmp] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: ssmp] Error 2
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: sdbg] Error 2
/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/exts/Makefile.inc:2: *** "No DBCSR submodule available, please run 'git submodule update --init --recursive'".  Stop.
make[1]: *** [/home/mint/sci_soft/cp2k/code/8.2/cp2k-8.2.0/Makefile:126: pdbg] Error 2
make: *** [Makefile:121: all] Error 2

Sorry , My linux Chinese input is not ok, so i have to use English.

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