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楼主 Author: sobereva
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[CP2K] CP2K第一性原理程序在Linux中的安装方法

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发表于 Post on 2021-7-9 15:20:01 | 只看该作者 Only view this author
社长好,我按照您的方法编译完成以后,跑一些输入文件时(popt版本),用命令“mpirun -np 4 cp2k.popt test.inp |tee test.out ”时,总是出程序停止的问题。改成不加‘mpirun -np 4’,只写'cp2k.popt test.inp |tee test.out',就能运行的很顺利,想请问一下这两者的区别在哪。
如果因为上述操作没有造成计算效率的严重下降,我也就不细究出问题的原因了,如果会造成,还得请教一下改善的方法。
非常感谢!
半痴半傻半疯癫,半人半鬼半神仙。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-10 09:41:44 | 只看该作者 Only view this author
Akaiconan 发表于 2021-7-9 15:20
社长好,我按照您的方法编译完成以后,跑一些输入文件时(popt版本),用命令“mpirun -np 4 cp2k.popt tes ...

不写mpirun -np x相当于串行运行CP2K
mpirun -np 4老出现问题而且和不写的时候速度差不多,大概率是根本没有正常并行运行,四个进程没有协同工作而是相当于单独算了四个串行进程。仔细检查MPI库,确保当前激活的MPI和编译时用的MPI是同一个
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-7-30 16:13:13 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 alonewolfyang 于 2021-7-31 09:34 编辑
sobereva 发表于 2021-7-10 09:41
不写mpirun -np x相当于串行运行CP2K
mpirun -np 4老出现问题而且和不写的时候速度差不多,大概率是根本 ...

请教老师,我在CentOS 7 上编译了CP2K 7.1,也产生了四个版本的CP2K,在使用您给的例子test.inp的时候提示root权限下mpi不能用,这和ORCA的编译那好像一样,我用root权限做的,怎么能改改呀,没看懂系统给的解决办法,是直接把这两行玩意加到bashrc里面还是咋回事,后来改了也不行

Snipaste_2021-07-30_16-03-03.jpg (77.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 118)

Snipaste_2021-07-30_16-03-03.jpg

Snipaste_2021-07-31_09-32-56.jpg (8.52 KB, 下载次数 Times of downloads: 110)

Snipaste_2021-07-31_09-32-56.jpg
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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发表于 Post on 2021-7-31 16:34:39 | 只看该作者 Only view this author
alonewolfyang 发表于 2021-7-30 16:13
请教老师,我在CentOS 7 上编译了CP2K 7.1,也产生了四个版本的CP2K,在使用您给的例子test.inp的时候提 ...

结合本帖子和其他资源,问题已解决
用心去观察这纷纷扰扰的红尘

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发表于 Post on 2021-9-29 22:28:25 | 只看该作者 Only view this author
啦啦黑还黑 发表于 2021-2-18 14:22
8.1的toolchain安装支持intel mpi了,就别用openmpi了。
cp2k用intel可以比openmpi快30%
之前7.1版本tool ...

请问刘博用Intel编译器编译的CP2K-8.2/1有popt版本么,还是只有一个ssmp版本的?如果有的话还请老师指点下编译过程
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发表于 Post on 2021-10-11 13:57:13 | 只看该作者 Only view this author
社长您好,我是非管理员用户,能否用toolchain脚本进行cp2k的安装呢? 我等了好久 他都安不起

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-11 19:54:56 | 只看该作者 Only view this author
陪锂到天边 发表于 2021-10-11 13:57
社长您好,我是非管理员用户,能否用toolchain脚本进行cp2k的安装呢? 我等了好久 他都安不起

可以
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发表于 Post on 2021-12-15 13:38:37 | 只看该作者 Only view this author
求助,我根据您的方法安装的,用openmpi和mkl,到了编译elpa库的时候一直错误,toolchain/build目录下库中也没有编译过程输出的log文件,想知道该怎么解决

1639546248(1).png (71.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 114)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 07:34:54 | 只看该作者 Only view this author
yzy1995123 发表于 2021-12-15 13:38
求助,我根据您的方法安装的,用openmpi和mkl,到了编译elpa库的时候一直错误,toolchain/build目录下库中 ...

把patch装上再试
yum install patch
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发表于 Post on 2021-12-16 12:26:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 07:34
把patch装上再试
yum install patch

还是不太行,同样的错误,line 67变成了line 100

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 14:48:51 | 只看该作者 Only view this author
yzy1995123 发表于 2021-12-16 12:26
还是不太行,同样的错误,line 67变成了line 100

看报错随机应变
不可能同样的错误,只可能是依然有错误。patch命令都能用了怎么还可能提示没有。交代问题时候注意语言表达准确
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发表于 Post on 2021-12-16 16:24:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 14:48
看报错随机应变
不可能同样的错误,只可能是依然有错误。patch命令都能用了怎么还可能提示没有。交代问 ...

不好意思老师,可能我表述的不够准确,现在报错是这样的

1639642840(1).png (64.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 114)

1639642840(1).png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-16 16:57:06 | 只看该作者 Only view this author
yzy1995123 发表于 2021-12-16 16:24
不好意思老师,可能我表述的不够准确,现在报错是这样的

仔细看ELPA部分安装过程的日志
要么干脆别装ELPA,对绝大多数情况没什么用处
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发表于 Post on 2021-12-16 18:58:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-16 16:57
仔细看ELPA部分安装过程的日志
要么干脆别装ELPA,对绝大多数情况没什么用处

好的,感谢老师

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发表于 Post on 2022-1-1 11:36:41 | 只看该作者 Only view this author
社长,想请教一下,我按照帖子方法编译的CP2K 8.2,Centos系统是8.5。安装完后进行简单例子测试的时候没有问题。后续在计算实际例子以及CP2K官网的算例时,发现总会卡住。提交命令是nohup mpirun -np 4 cp2k.popt xxx.inp |tee xxx.out &。卡壳的地方如下图所示,不知道这个是什么原因造成的。查看的时候,发现cp2k一直在运行。运行一段时间后会自行终止。

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