使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件

sobereva

djjj148 发表于 2021-2-28 15:35
CP2K有做激发态计算的TDDFPT的section，不知卢老师是否会考虑将其相关的预/后处理纳入到Multiwfn中呢？

这在计划之内，以后会考虑加入

adong

sobereva 发表于 2021-2-28 16:07
你的网有问题（大概率是老版本文件被网络服务商的服务器缓存了）。用手机流量下载，或者让使用其他网络的 ...

好的，谢谢老师

djjj148

adong 发表于 2021-2-28 15:58
sob老师，我从Multiwfn官网上面下载最新的软件，下载的是Development version: 3.8　　Last update: 2021-F ...

我之前也遇到了，用手机流量进入Multiwfn主页进行下载。

Dr.Kean

量化小菜鸡 发表于 2021-2-24 13:30
请问对于CP2K输出有没有什么好的GUI来看？比如想看优化过程中结构的变化。

VMD就可以了，和orca一样的xyz文件，其他的如电荷密度之类的我更喜欢用VESTA

dfterok

Multiwfn越来越棒了！

jiangning198511

jitou11 发表于 2021-3-1 11:01
sob老师您好，我有个问题。
在Cp2k中使用全电子基组的时候貌似也必须要提供一个被称为ALL赝势，这个可以在 ...

全电子就表明没有用赝势，所以没有什么参数要设置，你可以试试生成个简单的输入例子看看如何定义

sobereva

jitou11 发表于 2021-3-1 11:01
sob老师您好，我有个问题。
在Cp2k中使用全电子基组的时候貌似也必须要提供一个被称为ALL赝势，这个可以在 ...

没有需要再提供其它文件的地方。Multiwfn产生的GAPW输入文件本身就已经明确指定了相应的全核势对应的文件，不需要用户操心，初学者也不会因为事先不知道这点而犯错误：

...略
    &KIND H
      ELEMENT H
      BASIS_SET 6-31G*
      POTENTIAL ALL
    &END KIND
  &END SUBSYS
  &DFT
    BASIS_SET_FILE_NAME  EMSL_BASIS_SETS
    POTENTIAL_FILE_NAME  POTENTIAL
...略

sobereva

jitou11 发表于 2021-3-1 16:58
感谢回复。
POTENTIAL这个文件我读过，但正如我前面写过的，它不包含所有元素的ALL势。实际上ALL只包含 ...

怎么合理安装CP2K在下文已经明确说了，以这样方式安装的用户用预编译版就不会遇到没有data文件夹的问题，所以不需要提醒用户什么
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

其它元素用赝势基组做GPW计算就完了。全核势没相应元素定义的时候CP2K会直接报错，不会在不正确的情况下错误地计算，所以也不需要刻意提醒用户。

jiangning198511

jitou11 发表于 2021-3-2 09:30
您好，根据Cp2k的手册，GPW是不能用全电子基组的。而在http://sobereva.com/336中您提到了：
显然，在这 ...

你可以去CP2K的官方论坛里面咨询一下，不过一般第五周期以后的元素通常都是结合赝势来计算的

wuzhiyi

想问题下sob老师，cp2k的基组文件里说https://github.com/misteliy/cp2k ... sts/QS/BASIS_MOLOPT
# Usage hint : 'NGRIDS 5' (section &MGRID) will deal more efficiently (2x speedup) with the diffuse nature of the basis.
但我用Multiwfn生成使用BLYP-D3(BJ)/DZVP-MOLOPT-SR-GTH的输入文件的时候，发现NGRIDS并不会被定义。
我的理解是这种情况NGRIDS会取默认值4
https://manual.cp2k.org/trunk/CP ... ID.html#list_NGRIDS
想问一下，sob老师的意见。

sobereva

wuzhiyi 发表于 2021-3-3 21:56
想问题下sob老师，cp2k的基组文件里说https://github.com/misteliy/cp2k/blob/master/tests/QS/BASIS_MOLOP ...

那个说的是不带SR的情况，带SR版的基组弥散程度低多了，没必要用这个

我已经更新了Multiwfn，把使用不带SR情况的MOLOPT基组自动加上了NGRID=5设置。

Penson

请问社长，我用Multiwfn创建输入文件，计算金属锌切面的单点能，加入隐式溶剂模型计算（SCCS），选用pob-TZVP基组，但还是完全没法收敛，应该如何进一步调整呢？

wuzhiyi

不知道是不是我输入文件的问题，我想开启压浴，然后选项是这样的。
-7 Set direction(s) of applying periodic boundary condition, current: XYZ
-6 Set frequency of writing molecular dynamics trajectory, current:     1
-5 Choose molecular dynamics format, current: xyz
-4 Calculate atomic charges, current: None
-3 Set exporting cube file, current: None
-2 Toggle exporting .molden file for Multiwfn, current: No
-1 Choose task, current: Molecular dynamics
  0 Generate input file now!
  1 Choose theoretical method, current: PBE
  2 Choose basis set and pseudopotential, current: DZVP-MOLOPT-SR-GTH
  3 Set dispersion correction, current: DFT-D3(BJ)
  4 Switching between diagonalization and OT, current: OT
  7 Toggle using self-consistent continuum solvation (SCCS), current: No
  8 Set k-points, current: GAMMA only
  9 Set atom position constraint, current: None
10 Set thermostat, current: Canonical sampling through velocity rescaling
11 Set region for the thermostat, current: All atoms
12 Set barostat, current: Yes, flexible cell

但是发现barostat那一块是这样的
    &BAROSTAT
      PRESSURE 0.0 #Initial and maintained pressure (bar)
      VIRIAL XYZ #Relax the cell along which cartesian axes
    &END BAROSTAT
想问一下是不是用一个大气压就把这里设置成PRESSURE 1.0？
以及是不是默认值就写1.0比较好？

sobereva

wuzhiyi 发表于 2021-3-5 01:48
不知道是不是我输入文件的问题，我想开启压浴，然后选项是这样的。
-7 Set direction(s) of applying per ...

下次更新时会改成1.01325（即1 atm，常压）

djjj148

Penson 发表于 2021-3-5 00:54
请问社长，我用Multiwfn创建输入文件，计算金属锌切面的单点能，加入隐式溶剂模型计算（SCCS），选用pob-TZ ...

我也是，试了好几个体系，直接跑SCCS的单点收敛极慢，慢到都几乎看不出有收敛趋势的那种。不过尝试先不加SCCS得到收敛的波函数做初猜，再跑的话就可以一步收敛，如果不能一步收敛后面基本就又落入"收敛极慢"的死循环了，此时只能把不加SCCS时的收敛限进一步设严(如1E-7)，给SCCS做初猜并把收敛限降低一点(如1E-6)，基本就可以了。
上述只是自己的尝试经验，按照这个经验来看CP2K无法在SCCS下做优化，只能算单点，否则按照这个scf收敛速度，跑一个离子步得几天。