使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-4-6 13:38:35

coolrainbow 发表于 2021-4-6 12:41
CP2K的固体计算功能十分强大，但是由于历史原因其输入文件十分的恶心。要是能简化输入过程的话那可就太好了 ...

pymol？pyscf？我印象中pyscf算PBC不是纯GTO的框架。纯PBC的程序是Crystal和Turbomol。
AO+平面波的程序倒是不止CP2K一个，例如SIESTA和OpenMX、GPAW以及ABACUS的LCAO基本上也是这样的框架。SIESTA测试下来速度也不错，遗憾的是赝势和基组太糟糕，功能也偏弱一些。计算有时候也不能光看速度，赝势基组的可靠性也是不容忽视的问题。PLATO那个组他们的文献还是提到，一般还是球型的积分网格可能会更快点，我不是很看好FFT解Poisson方程这样的框架。

renj864878110 · 发表于 Post on 2021-4-9 15:50:24

to USE the blacs environment you need the blacs/scalapack library : recompile with -D__SCALAPACK (and link scalapack and blacs)； sobereva老师，我在提交一个任务时出现这个错误，该怎么处理呢？谢谢！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-4-9 16:37:23

本帖最后由喵星大佬于 2021-4-9 18:49 编辑

卡开发发发表于 2021-4-6 13:38
pymol？pyscf？我印象中pyscf算PBC不是纯GTO的框架。纯PBC的程序是Crystal和Turbomol。
AO+平面波的程序 ...

纯PBC的程序是Crystal和Turbomol。

是纯GTO吧。。。。。。当然还有高斯emmmmm

Crystal和Turbomol应该都是0-3维周期性都可以的

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-4-9 19:25:37

喵星大佬发表于 2021-4-9 16:37
是纯GTO吧。。。。。。当然还有高斯emmmmm
Crystal和Turbomol应该都是0-3维周期性都可以的

瞥了一下手册，有FFTDF、AFTDF的框架，需要给定kinetic energy cutoff；GDF应该是纯GTO的框架。
Crystal和Turbomol都可以。Gaussian计算PBC这件事大概还是忘记他比较好

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-4-9 19:42:52

卡开发发发表于 2021-4-9 19:25
瞥了一下手册，有FFTDF、AFTDF的框架，需要给定kinetic energy cutoff；GDF应该是纯GTO的框架。
Crystal ...

我的意思是字打错了

纯PBC(纯GTO)

renj864878110 · 发表于 Post on 2021-4-10 18:07:30

弱弱的问一下，我输入的结构是周期性的222模型，优化后是xyz文件（没有了周期性），这该怎么办？

djjj148 · 发表于 Post on 2021-4-10 18:22:25

renj864878110 发表于 2021-4-10 18:07
弱弱的问一下，我输入的结构是周期性的222模型，优化后是xyz文件（没有了周期性），这该怎么办？

用Multiwfn把cp2k-1.restart转换成cif文件即可，具体看sob老师帖子中的说明。

renj864878110 · 发表于 Post on 2021-4-10 19:10:39

djjj148 发表于 2021-4-10 18:22
用Multiwfn把cp2k-1.restart转换成cif文件即可，具体看sob老师帖子中的说明。

谢谢！刚开始用它！

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-12 08:33:34

renj864878110 发表于 2021-4-9 15:50
to USE the blacs environment you need the blacs/scalapack library : recompile with -D__SCALAPACK ( ...

编译的问题
严格照下文编译，不会出现这种问题
CP2K第一性原理程序在CentOS中的简易安装方法
http://sobereva.com/586（http://bbs.keinsci.com/thread-21608-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-12 08:35:05

renj864878110 发表于 2021-4-10 18:07
弱弱的问一下，我输入的结构是周期性的222模型，优化后是xyz文件（没有了周期性），这该怎么办？

我不清楚你的目的是什么
原本的xyz格式并不记录盒子信息
Multiwfn载入restart文件后导出的xyz文件是包含盒子信息的（在注释行）

ShuangfeiZhu · 发表于 Post on 2021-4-13 16:34:51

老师我想请问下，用CP2K做有机固体的AIMD计算，1000个原子的体系算的了么？我用gfn0-xtb发现算的不准确。用PBE/SZV-MOLOPT-SR-GTH?

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-4-13 19:13:37

ShuangfeiZhu 发表于 2021-4-13 16:34
老师我想请问下，用CP2K做有机固体的AIMD计算，1000个原子的体系算的了么？我用gfn0-xtb发现算的不准确。用 ...

一般来说算不动。。。。

gfn1-xtb应该可以，用纯泛函算有机体系也不是啥好选择，但是杂化泛函更算不动

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-14 07:20:10

ShuangfeiZhu 发表于 2021-4-13 16:34
老师我想请问下，用CP2K做有机固体的AIMD计算，1000个原子的体系算的了么？我用gfn0-xtb发现算的不准确。用 ...

你算一步单点看看耗时，乘以你要跑的步数便知

liqhua · 发表于 Post on 2021-4-27 23:53:48

sob老师，我用CP2K跑spc216.gro会有警告，警告内容是【WARNING in qs_kind_types.F:2026 :: Information provided in the input file regarding BASIS for KIND <H> will be ignored! 】。我用GFN1-xTB方法跑其他体系也会有这种警告。请问老师这是什么意思？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-28 00:14:02

liqhua 发表于 2021-4-27 23:53
sob老师，我用CP2K跑spc216.gro会有警告，警告内容是【WARNING in qs_kind_types.F:2026 :: Information pr ...

不用管，无害

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