求交流：构建过渡态的结构初猜有何经验、技巧

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-1 23:15:01

kevin 发表于 2015-12-1 22:15
请问什么叫“对应的那个虚频”这种不稳定点计算频率可能会得到很多虚频，怎么判断那个虚频是需要的，根据 ...

看一下对应频率的震动情况就知道了。如集中于某键的伸缩，而反应是这根键断裂，基本就可以确定了。另外出现了“很多虚频”的话可能初猜需要调整一下。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-1 23:17:06

hcxytpp@163.com 发表于 2015-12-1 17:13
为嘛小的感觉找过渡态都是在耗费生命

人类发展的过程是先发展科技节省时间，再发展另外的一些科技将节省出来的时间浪费掉。

Shannon · 发表于 Post on 2015-12-2 00:09:53

kevin 发表于 2015-12-1 22:15
请问什么叫“对应的那个虚频”这种不稳定点计算频率可能会得到很多虚频，怎么判断那个虚频是需要的，根据 ...

用gview看不稳定点各条虚频对应的方向，如果某条虚频和曾经找到过的类似的过渡态的方向类似差不多，基本，可能就是那个了。然后IOP(1/130=N)选择之。这种方法只是为了对付不稳定点虚频太多太大以至于最大虚频不对应过渡态以致于将此不稳定点直接当成初猜输入找不到TS 的情况。
IOP(1/130)意思是
IOp(1/130)
Eigenvector number to be followed during coordinate driving jobs [IOp(1/19=10)].
0 Default (1).
N Follow input structure Hessian eigenvector number N.

kevin · 发表于 Post on 2015-12-2 08:48:22

liyuanhe211 发表于 2015-12-1 23:15
看一下对应频率的震动情况就知道了。如集中于某键的伸缩，而反应是这根键断裂，基本就可以确定了。另外出 ...

恩恩，谢谢li老师

kevin · 发表于 Post on 2015-12-2 08:49:44

Shannon 发表于 2015-12-2 00:09
用gview看不稳定点各条虚频对应的方向，如果某条虚频和曾经找到过的类似的过渡态的方向类似差不多， ...

恩，谢谢shannon老师的解释

kevin · 发表于 Post on 2015-12-3 21:09:08

smutao 发表于 2015-11-30 01:35
可以参考这篇博文

http://www.bccg.org:8888/wordpress/2015/06/18/reactiontips/

老师，我看了您的帖子，其中我尝试学习柔性扫描法寻找过渡态，尝试了多次但是遇到了问题，计算并没有按照我想要的结果来，我设置了20步，结果只优化了13步，并且优化步长明显比我设置要小。以下是我的输入文件，还麻烦老师指点一下

%mem=400MW
%nprocshared=4
#p opt=modredundant b3lyp/6-31+g(d,p)

Title Card Required

0 1
C                -0.49913700 1.59776300 -0.17442300
C                -1.95159000 -0.27732100 -0.24923300
C                -0.88680000 -1.18545000 0.38371500
C                0.52844700 -0.66681700 0.09069500
C                0.64434600 0.80883300 0.47024700
H                -0.40908300 1.55992900 -1.27533000
H                -1.02881800 -1.18672900 1.47583100
H                0.71844900 -0.77176000 -0.98841000
H                -1.84073600 -0.31394700 -1.34646200
O                -1.74849900 1.06386300 0.21331400
O                -1.04805300 -2.49716300 -0.13659300
H                -0.29937200 -3.02289400 0.18294200
O                1.90402400 1.32140000 0.00608300
H                1.94606800 2.26440700 0.22471500
C                -3.37299700 -0.68985100 0.12383500
H                -3.45939900 -1.77815900 0.02844400
H                -3.55475600 -0.41498600 1.16722100
O                -0.39874400 2.91349500 0.28975500
H                -1.12052300 3.43698000 -0.08619900
O                -4.36593900 -0.01591000 -0.64339200
H                -4.44210200 -0.44438200 -1.50536900
H                0.57336800 0.91984400 1.55935900
O                1.40804000 -1.50944600 0.82820700
H                2.30900600 -1.45103000 0.47415200
Cl                4.37812300 -0.41062800 -0.46888000
H                3.39955700 0.45055100 -0.26794700

5 13 1.43 S 20 0.05
13 25 1.75 S 20 -0.05
24 25 2.5 S 20 -0.05

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-3 23:25:21

kevin 发表于 2015-12-3 21:09
老师，我看了您的帖子，其中我尝试学习柔性扫描法寻找过渡态，尝试了多次但是遇到了问题，计算并没有按 ...

你这是优化了8000步吧→_→

smutao · 发表于 Post on 2015-12-4 04:43:13

kevin 发表于 2015-12-1 22:15
请问什么叫“对应的那个虚频”这种不稳定点计算频率可能会得到很多虚频，怎么判断那个虚频是需要的，根据 ...

你的这个可能不是单步反应
试着用chemdraw画画反应机理图看看

kevin · 发表于 Post on 2015-12-4 08:49:08

liyuanhe211 发表于 2015-12-3 23:25
你这是优化了8000步吧→_→

o,对，是8000，可是就只优化了13步就结束了

kevin · 发表于 Post on 2015-12-4 08:49:50

smutao 发表于 2015-12-4 04:43
你的这个可能不是单步反应
试着用chemdraw画画反应机理图看看

恩恩，老师，我试试看

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-4 13:14:02

kevin 发表于 2015-12-3 21:09
老师，我看了您的帖子，其中我尝试学习柔性扫描法寻找过渡态，尝试了多次但是遇到了问题，计算并没有按 ...

你这么弄完全不靠谱。
8000次DFT优化计算量多大，太暴力，有这样的计算时间早就自己凭直觉试出合适的过渡态初猜了。
通过势能面扫描辅助确定过渡态通常只扫描一个变量。
非要扫描次数很多，几百也就到头了，对于有机用半经验方法如PM6粗暴扫描一下也就够了。

kevin · 发表于 Post on 2015-12-5 09:26:58

本帖最后由 kevin 于 2015-12-5 09:30 编辑

sobereva 发表于 2015-12-4 13:14
你这么弄完全不靠谱。
8000次DFT优化计算量多大，太暴力，有这样的计算时间早就自己凭直觉试出合适的 ...

确实这样太浪费时间了，我按经验构造的初猜总是计算出错才想到用这个办法试试。sob老师，针对这个柔性势能面扫面的办法，如果是同时有多个键断裂/成键，也只扫描一个变量么？一个变量的扫面我也试过了并没有得到想象中那总抛物线形，也只优化的18不就结束，最高点是初始点，扫描结果有起伏最后不变（如下图）
输入文件和输出文件也上传了。

sobereva · 发表于 Post on 2015-12-5 13:53:00

kevin 发表于 2015-12-5 09:26
确实这样太浪费时间了，我按经验构造的初猜总是计算出错才想到用这个办法试试。sob老师，针对这个柔性势 ...

具体是什么反应我不清楚，如果涉及变量较少，凭直觉用opt=TS就够；如果涉及变量较多，自己不好调过渡态初猜，可以考虑用QST2。
扫描的做法虽然有用，但不总是很普适，不要期待太高。

kevin · 发表于 Post on 2015-12-5 14:58:50

sobereva 发表于 2015-12-5 13:53
具体是什么反应我不清楚，如果涉及变量较少，凭直觉用opt=TS就够；如果涉及变量较多，自己不好调过渡态初 ...

恩，好的，谢谢sob老师

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2015-12-8 02:21:34

kevin 发表于 2015-12-5 09:26
确实这样太浪费时间了，我按经验构造的初猜总是计算出错才想到用这个办法试试。sob老师，针对这个柔性势 ...

你这根本就不对。

Add virtual bond connecting atoms H26 and O13 Dist= 3.31D+00.
The following ModRedundant input section has been read:
B 5 13 1.4300 B

复制代码

输入里写着读入的冗余坐标是5号和13号原子间的成键B，而不是你想要的扫描S。这是G09 D.01更新的语法（http://bbs.keinsci.com/forum.php ... tid=1575&extra=）。去看手册。

你这显示的曲线是opt的曲线吧，根本就不是scan的曲线，scan的曲线要算完之后在result-scan里看

另外HF/sto-3g的结果毫无意义，算了还不如不算。

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