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楼主 Author: liyuanhe211
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[综合交流] 求交流:构建过渡态的结构初猜有何经验、技巧

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发表于 Post on 2015-12-8 12:24:50 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-12-8 02:21
你这根本就不对。

问题这么多啊,谢谢老师批评指正,我再好好研究一下
站在宇宙中心呼唤爱

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发表于 Post on 2015-12-22 15:55:25 | 只看该作者 Only view this author
Shannon 发表于 2015-12-2 00:09
用gview看不稳定点 各条虚频对应的方向,如果某条虚频 和曾经找到过的类似的 过渡态的方向类似 差不多, ...

老师您好,我用您说的方法试了一下找过渡态,打破要断的键,然后进行Freq计算,发现第二个虚频的振动模式对应过渡态的振动模式,然后加入了 IOP(1/130=2) 后来计算发现结构发生很大变化,明显偏离过渡态结构,然后 小的想请教一下老师出现这种现象是否是因为小的理解错了老师的意思还是,其他呢?
期待老师有空可以指点一下!谢谢老师!
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发表于 Post on 2015-12-22 16:01:11 | 只看该作者 Only view this author
hcxytpp@163.com 发表于 2015-12-22 15:55
老师您好,我用您说的方法试了一下找过渡态,打破要断的键,然后进行Freq计算,发现第二个虚频的振动模式 ...

另外小的想请教一下,IOP(1/130=N) 就是Sob老师在群里讲的 频率移动的方法么?没怎么接触IOP所以也不太明白,恳请老师指点一下!谢谢老师!
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发表于 Post on 2015-12-22 22:19:20 | 只看该作者 Only view this author
hcxytpp@163.com 发表于 2015-12-22 16:01
另外小的想请教一下,IOP(1/130=N) 就是Sob老师在群里讲的 频率移动的方法么?没怎么接触IOP所以也不太 ...

不是的。 这个iop的方法只是 一些难搞的特殊情况的。

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发表于 Post on 2015-12-22 22:23:01 | 只看该作者 Only view this author
hcxytpp@163.com 发表于 2015-12-22 15:55
老师您好,我用您说的方法试了一下找过渡态,打破要断的键,然后进行Freq计算,发现第二个虚频的振动模式 ...

我想你的理解是对的。 我也是这么做的。 有的时候过渡态找不到可能就是没有过渡态了。 这种情况换下基组和方法试下。 最好用半经验,不加溶剂得情况下,30个原子的状况下,速度大约1秒钟圈。

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hcxytpp@163.com + 5 谢谢Shannon老师的悉心指点!

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发表于 Post on 2015-12-23 08:27:20 | 只看该作者 Only view this author
Shannon 发表于 2015-12-22 22:23
我想你的理解是对的。 我也是这么做的。 有的时候过渡态找不到可能就是没有过渡态了。 这种情况换下基组 ...

谢谢Shannon老师的悉心指点!小的会尽快尝试换基组和方法进行尝试,再次感谢老师!
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发表于 Post on 2015-12-28 14:52:53 | 只看该作者 Only view this author
liyuanhe211 发表于 2015-12-1 23:17
人类发展的过程是先发展科技节省时间,再发展另外的一些科技将节省出来的时间浪费掉。

高见啊

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发表于 Post on 2018-7-4 00:12:17 | 只看该作者 Only view this author
smutao 发表于 2015-11-30 01:35
可以参考这篇博文

http://www.bccg.org:8888/wordpress/2015/06/18/reactiontips/

你好!这个博文用不了了,请问还可以怎样看到您说的方法,谢谢!

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发表于 Post on 2018-7-9 01:25:17 | 只看该作者 Only view this author
shx 发表于 2015-11-30 05:38
我常用的是从初始反应物或者中间体沿着反应坐标扫描,一般会得到很好的过渡态初始结构,优化很容易达到收敛 ...

老师:您好!请问您是说对反应物的坐标进行柔性扫描,然后根据什么特征来确定过渡态呢?

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发表于 Post on 2018-7-9 01:29:11 | 只看该作者 Only view this author
smutao 发表于 2015-11-30 10:27
反应坐标可以理解为是反应过程中每一步里每个原子三个分量上笛卡尔坐标的偏移形成的一个新的坐标轴。其原 ...

老师:您好!您说按照amu^1/2*bohr 对反应坐标进行质量加权,请问具体是对反应坐标进行怎样的操作呢?是反应坐标同时乘以1/3吗?谢谢

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发表于 Post on 2018-7-9 04:08:52 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-7-9 01:25
老师:您好!请问您是说对反应物的坐标进行柔性扫描,然后根据什么特征来确定过渡态呢?


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2018-7-9 04:11:52 | 只看该作者 Only view this author
风飞 发表于 2018-7-9 01:29
老师:您好!您说按照amu^1/2*bohr 对反应坐标进行质量加权,请问具体是对反应坐标进行怎样的操作呢?是 ...

这跟你找过渡态初猜完全没直接关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Shannon 发表于 2015-12-2 00:09
用gview看不稳定点 各条虚频对应的方向,如果某条虚频 和曾经找到过的类似的 过渡态的方向类似 差不多, ...

请问使用这种方法时候关键字同时要有IOp(1/19=10)吗?

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发表于 Post on 2018-7-12 05:53:24 | 只看该作者 Only view this author
steven 发表于 2018-7-11 11:02
请问使用这种方法时候关键字同时要有IOp(1/19=10)吗?

有现成的maxstep关键词,就不要用1/19
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发表于 Post on 2018-7-12 09:54:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-12 05:53
有现成的maxstep关键词,就不要用1/19

老师,我是看了iop(1/130)的介绍IOp(1/130)
Eigenvector number to be followed during coordinate driving jobs [IOp(1/19=10)].
0 Default (1).
N Follow input structure Hessian eigenvector number N.   这个介绍后面有个中括号[IOp(1/19=10)]
然后我又查了下IOp(1/19=10)的解释:

IOp(1/19)
L103: Search selection.

0        Default (same as 6).
2        Linear and steepest descent.
3        Steepest descent and linear only when essential.
4        Quadratic if curvature is correct; RFO if not. Linear as usual.
5        Quadratic if curvature is correct; RFO if not. No linear search.
6        RFO and linear.
7        RFO without linear.
8        Newton-Raphson and linear.
9        Newton-Raphson only.
10        GDIIS and linear.
11        GDIIS only.
15        GEDIIS.

观察平时计算的非标准路径发现,优化极小点时IOp(1/19=15),就是用的GEDIIS。优化过渡态时没有明显写出这个选项,所以应该是默认的IOp(1/19=6),RFO and linear。
所以我没明白的是,想实现IOp(1/130=N)的功能,即在优化过渡态时follow指定的eigenvector,是否需要同时有IOp(1/19=10),即指定使用GDIIS and linear算法?
不知道这跟maxstep有什么关系,是我哪里理解错了吗?
谢谢老师。

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