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[Multiwfn使用咨询] 求助:想复现文献中的计算结果,但总是算不出来,求高手指点下计算过程是否有错

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1.用chembiodarw画出四溴双酚A 分子,然后用高斯进行几何优化,用的是,B3LYP/6-311G**
2.一开始参照了这篇博文http://bbs.keinsci.com/thread-13328-1-1.html中的方法进行计算,按照这里的方法我计算了苯酚的,完全没有问题,但是想计算文献中的分子,就怎么也算不出来,一开始的文件必须是.xyz格式吗?
3.后面我自己计算了单点能,然后利用multiwfn计算了Hirshfeld电荷,但还是和文献中的对应不上,求教,麻烦看看我的过程是否有问题,相关文件我放在附件里了


这是文献里的话:
首先采用 Gaussian 09 在 B3LYP/ 6-311G**水平上对 TBBPA 进行结构优化及单点能的 计 算 , 根 据 Multiwfn3.6  手 册 计 算 福 井 函 数[119]和 双 描 述 符 函 数[120]预 测MIP-3@C-Fe-Nx 活化 PS 体系氧化降解 TBBPA 的反应位点。福井函数中 f -(𝒓)、f +(𝒓)和  f 0(𝐫)分别表示亲电反应攻击位点、亲核反应攻击位点和自由基反应攻击位点,正值较大的区域更可能是对应的反应位点。图 4-10(a-c)为福井函数的电子密度等值面图。对于 TBBPA,位于苯环上的 4 个溴原子和酚羟基更具有反应性,发现 Br1、Br2、O5 和O6 为具有较高亲电活性的亲电反应位点,对应于图 410(a)中的深蓝色区域。对于双描述函数,负值越大的区域越有可能是亲电反应位点,△f 的等值面图如图 4-10(d)所示,遗憾的是等值面图中的函数值难以量化,因此对 TBBPA 进行简缩福井函数和双描述符函数计算。

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娃娃儿鱼

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发表于 Post on 2021-4-22 20:49:48 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 hdhxx123 于 2021-4-22 21:30 编辑

影响因素十分之多:假设你的输入文件等完全没问题还有以下情况:
1.高斯版本一样吗,这个影响不大,但也应考虑
2.溶剂模型一样吗,同时影响最后的能量与你想对照的福井函数与双描述符值
3.初猜结构会影响优化结构,同时影响最后的能量与你想对照的福井函数与双描述符值
最后,跟xyz没关系,并且完全对上论文数据没啥意义,你没法确定他做的结构中间到底有没有问题,你只要保证自己算的结构是无虚频+波函数稳定,计算级别+溶剂模型等正确即可。关于数值误差,参考博文http://sobereva.com/88
然后,从chemdraw里画出来的建议先用xtb预优化一下,4核机子优化不用几分钟,就不用太考虑初猜太离谱。参考博文:
将 Gaussian 与 Grimme 的 xtb 程序联用搜索过渡态、产生 IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html

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真·探

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发表于 Post on 2021-4-23 08:24:09 | 只看该作者 Only view this author
什么叫算不出来,你这个表述太模糊了
是直接报错无法得到结果,还是结果不符合预期
结果是什么样的,怎么不符合预期
稍微说得再清楚一些
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发表于 Post on 2021-4-23 12:22:02 | 只看该作者 Only view this author
帖子里明确写明了
一开始载入的文件只要含有中性苯酚优化后的结构即可,其它格式如pdb/fch/gjf/mol/mol2等也都可以

“算不出来”这种描述完全没有提供任何有效信息。理解不了这么提问的人是怎么想的
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