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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 比SMD算溶解自由能更好的溶剂模型uESE的使用

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-23 16:47:55 | 只看该作者 Only view this author
yuclark 发表于 2021-5-23 11:41
是否适用离子液体溶剂环境

不。
就算此模型或许适合,类似下文,但至少作者目前没有专门考虑过这种情况
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html
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发表于 Post on 2021-6-19 16:08:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-23 16:47
不。
就算此模型或许适合,类似下文,但至少作者目前没有专门考虑过这种情况
通过SMD溶剂模型描述离子 ...

多谢!

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发表于 Post on 2021-6-23 16:57:15 | 只看该作者 Only view this author
用uESE测试了几个含过渡金属(Fe/Co)的中性分子及一价阳离子,对照体系是和实验值比较接近的SMD(M05-2X/6-31g*)数据。

对中性分子,得出的结果基本和SMD一致,可以用。

但对一价阳离子,uESE在某些solvent出现0.5eV级别的误差,但在某些solvent又比较准,所以这部分计算可能是有问题的,最好不要使用在含金属离子上。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-23 16:59:54 | 只看该作者 Only view this author
fatpig 发表于 2021-6-23 16:57
用uESE测试了几个含过渡金属(Fe/Co)的中性分子及一价阳离子,对照体系是和实验值比较接近的SMD(M05-2X/6-31 ...

作者的训练集里面没有考虑过渡金属的
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发表于 Post on 2021-6-23 19:39:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-23 16:59
作者的训练集里面没有考虑过渡金属的

对,所以对比的对象是SMD,SMD的训练好像也没有考虑过渡金属吧。

根据测试,最好的还是直接用M05-2X/6-31g*,使用M05-2X/6-31g*/SDD或M05-2X/def2-TZVP的效果都不如M05-2X/6-31g*。

虽然样本不多,但看起来是SMD对中性和正一价的含金属化合物都勉强够用,uESE则部分正一价数据偏差较大,原因不明。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-24 01:08:08 | 只看该作者 Only view this author
fatpig 发表于 2021-6-23 19:39
对,所以对比的对象是SMD,SMD的训练好像也没有考虑过渡金属吧。

根据测试,最好的还是直接用M05-2X/6 ...

uESE经验性比SMD高得多,对于与训练集明显不同的体系,SMD更好是情理之中
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发表于 Post on 2021-7-19 21:03:35 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请问一下,如果是想优化-2价的配体分子的结构,不需要算溶解自由能,那么可以用这个uESE溶剂模型吗?谢谢。

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发表于 Post on 2021-7-19 21:10:07 | 只看该作者 Only view this author
Xian 发表于 2021-7-19 14:03
Sob老师,请问一下,如果是想优化-2价的配体分子的结构,不需要算溶解自由能,那么可以用这个uESE溶剂模型 ...

不行,因为uESE没有做梯度。
对于结构优化PCM一般就够了
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-7-19 22:00:22 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-7-19 21:10
不行,因为uESE没有做梯度。
对于结构优化PCM一般就够了

好的呢,那我去比较一下真空和PCM条件下优化的结构,谢谢。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-19 22:11:33 | 只看该作者 Only view this author
Xian 发表于 2021-7-19 21:03
Sob老师,请问一下,如果是想优化-2价的配体分子的结构,不需要算溶解自由能,那么可以用这个uESE溶剂模型 ...
(2)uESE/xESE模型并不纳入SCF迭代过程中,也不影响电子结构,不能计算带溶剂模型时的受力和Hessian,相当于是一个“后”溶剂模型。uESE/xESE仅适合基于CM5电荷算溶解自由能的目的。由于uESE/xESE中的参数是基于气相下B3LYP/def2-TZVP级别的结构和波函数计算的CM5原子电荷拟合的,所以自己用uESE/xESE的时候CM5电荷也得在这个级别下计算。
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发表于 Post on 2021-7-19 22:22:07 | 只看该作者 Only view this author

谢谢老师,我再去看看帖子,加深印象

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发表于 Post on 2021-7-20 18:07:49 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问我可以在M06-2X/6-31g(d,p)下优化结构,再在B3LYP/def2-TZVP下进行单点能计算,再用这个结构算uESE算溶解自由能吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-20 18:50:10 | 只看该作者 Only view this author
slope 发表于 2021-7-20 18:07
老师,请问我可以在M06-2X/6-31g(d,p)下优化结构,再在B3LYP/def2-TZVP下进行单点能计算,再用这个结构算uE ...

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发表于 Post on 2022-12-11 18:51:40 | 只看该作者 Only view this author
请问,这个uESE或者SM12溶剂模型,有没有办法外调,用于高斯带溶剂的opt ? 谢谢。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-12-11 19:19:00 | 只看该作者 Only view this author
lanthanum 发表于 2022-12-11 18:51
请问,这个uESE或者SM12溶剂模型,有没有办法外调,用于高斯带溶剂的opt ? 谢谢。

没办法,见23楼。
ORCA大法好!CP2K大法好!
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山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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