计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格

  [复制链接 Copy URL]

68

帖子

4

威望

1566

eV
积分
1714

Level 5 (御坂)

大鸭鸭

31#
发表于 Post on 2020-6-4 00:55:47 | 只看该作者 Only view this author
The leaping arc at your finger
is my faith and will eliminate never
Only the railgun will live forever

2

帖子

0

威望

16

eV
积分
18

Level 1 能力者

32#
发表于 Post on 2020-8-29 11:11:10 | 只看该作者 Only view this author
老师我可以问下液相反应速率常数单位(s-1·m-1),m是什么,怎么得来的

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112428

管理员

公社社长

33#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-8-30 13:59:43 | 只看该作者 Only view this author
zhuahui 发表于 2020-8-29 11:11
老师我可以问下液相反应速率常数单位(s-1·m-1),m是什么,怎么得来的

那是M,即mol/L。不要写成小写,会跟米混淆
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

2

帖子

0

威望

16

eV
积分
18

Level 1 能力者

34#
发表于 Post on 2020-9-5 17:10:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-30 13:59
那是M,即mol/L。不要写成小写,会跟米混淆

谢谢老师

4

帖子

0

威望

95

eV
积分
99

Level 2 能力者

35#
发表于 Post on 2021-4-14 09:33:31 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,请教一下液相速率表格里,速率单位为什么是(s-1·m-1),按照表格里的计算公式,kBT/h,按理说单位应该是s-1

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112428

管理员

公社社长

36#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 12:47:00 | 只看该作者 Only view this author
科研界的小学生 发表于 2021-4-14 09:33
Sob老师,请教一下液相速率表格里,速率单位为什么是(s-1·m-1),按照表格里的计算公式,kBT/h,按理说单 ...

单位取决于单分子还是双分子,跟是不是液相没关系
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

4

帖子

0

威望

95

eV
积分
99

Level 2 能力者

37#
发表于 Post on 2021-4-14 14:21:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-14 12:47
单位取决于单分子还是双分子,跟是不是液相没关系

谢谢sob老师,单分子应该是s-1,但是双分子的时候单位为什么要选mol/L而不是mol/cm3或者其他摩尔体积单位呢,就是这块有点疑惑

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112428

管理员

公社社长

38#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-14 15:27:32 | 只看该作者 Only view this author
科研界的小学生 发表于 2021-4-14 14:21
谢谢sob老师,单分子应该是s-1,但是双分子的时候单位为什么要选mol/L而不是mol/cm3或者其他摩尔体积单位 ...

标准态浓度是1 M
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

4

帖子

0

威望

95

eV
积分
99

Level 2 能力者

39#
发表于 Post on 2021-4-14 16:30:37 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢sob老师

4

帖子

0

威望

95

eV
积分
99

Level 2 能力者

40#
发表于 Post on 2021-4-14 16:44:11 | 只看该作者 Only view this author

Sob老师,再请教一下,这个公式对于表面反应是不是也一样适用?

13

帖子

0

威望

115

eV
积分
128

Level 2 能力者

41#
发表于 Post on 2021-5-24 20:18:56 | 只看该作者 Only view this author
文中提到“如果计算自由能的时候已经考虑了转动对称性则kTST公式中就不需要考虑σ了”。请问sob老师,是否有相应的文献提到过这样类似的结论。谢谢

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112428

管理员

公社社长

42#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-24 20:30:13 | 只看该作者 Only view this author
Norman 发表于 2021-5-24 20:18
文中提到“如果计算自由能的时候已经考虑了转动对称性则kTST公式中就不需要考虑σ了”。请问sob老师,是否 ...

根本就不需要什么文献,这是最基本的逻辑
难道还能允许double-counting的事发生?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

13

帖子

0

威望

115

eV
积分
128

Level 2 能力者

43#
发表于 Post on 2021-5-27 14:15:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-5-24 20:30
根本就不需要什么文献,这是最基本的逻辑
难道还能允许double-counting的事发生?

嗯,谢谢sob老师。
我在使用完整的Skodje-Truhlar方法计算透射系数时发现 正向势垒<0。。计算级别是B3LYP-D3BJ/6-311++g**,SMD。反应是放热反应,自由能垒为40KJ/mol。这意味着这个反应不适合用TST理论计算?正向势垒的计算是 [TS的U(0)] - ∑[反应物的U(0)]吧?

1万

帖子

0

威望

7400

eV
积分
18164

Level 6 (一方通行)

44#
发表于 Post on 2021-5-27 20:04:45 | 只看该作者 Only view this author
Norman 发表于 2021-5-27 07:15
嗯,谢谢sob老师。
我在使用完整的Skodje-Truhlar方法计算透射系数时发现 正向势垒

对,势垒<0的话过渡态理论就不适用了。当然前提是你确实算对了
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

13

帖子

0

威望

115

eV
积分
128

Level 2 能力者

45#
发表于 Post on 2021-5-28 18:07:23 | 只看该作者 Only view this author

U(0)类似这种趋势。G(T)的变化时是TS>反应物、TS>产物。我计算反应速率常数只是看它们数量级上的差别,TST也无法应用吗?

202105281802372885..png (14.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 95)

202105281802372885..png

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-25 22:28 , Processed in 1.690159 second(s), 28 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list