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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格

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发表于 Post on 2023-4-18 00:02:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JCenter 于 2023-4-18 00:23 编辑

老师,我想请教您两个问题:1.如果透射系数用完整的Skodje-Truhlar方法,正向势垒计算值小于0,为什么k就不能用过渡态理论或者说用excel的表格就算了呢
2.如果正向势垒值小于0,可不可以用近似的Skodje-Truhlar方法呢,或者计算k时直接默认透射系数为1就好,我是用来比较两个反应的k值大小的。(ps附注:我的体系的自由能垒是大于0的,只是使用完整的Skodje-Truhlar方法计算透射系数时,发现正向势垒值小于0,导致完整的Skodje-Truhlar方法无法使用,但近似的Skodje-Truhlar方法是可以用的。)

透射系数计算.png (36.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 29)

透射系数计算.png
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发表于 Post on 2023-4-18 00:28:32 | 只看该作者 Only view this author
Dolantin 发表于 2022-11-24 17:17
请教一下,我的反应体系是在水溶液中进行的由三个连串基元反应组成的复合反应,使用的是隐式溶剂模型计算【 ...

大佬,正向势垒计算中带上隐式模型是指:在计算高精度单点能时,带上隐式溶剂模型,直接使用shermo程序计算得出的Sum of electronic energy and ZPE后的值做差吗
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发表于 Post on 2023-4-18 03:48:09 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2023-4-17 17:02
老师,我想请教您两个问题:1.如果透射系数用完整的Skodje-Truhlar方法,正向势垒计算值小于0,为什么k就 ...

建议看一下Skodje-Truhlar方法和过渡态理论的原始文献,跟着推一遍,自然就会发现推导需要用到正向势垒大于0这个条件。如果正向势垒小于0,即使能算出数来,这个数也是缺乏物理意义的。
势垒小于0的情况,个人建议用AIMD等方法算,比AIMD粗糙的方法基本都需要假定势垒大于0
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员

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发表于 Post on 2023-4-18 09:41:01 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-18 03:48
建议看一下Skodje-Truhlar方法和过渡态理论的原始文献,跟着推一遍,自然就会发现推导需要用到正向势垒大 ...

好嘞,谢谢老师
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发表于 Post on 2023-11-23 20:35:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-7-24 14:14
“校正的数值”不知道你具体指代什么
如果是把这个值乘上原始的k就变成了考虑了隧道效应的k,这个值就是 ...

老师 我想请问 在用Gaussian和polyrate进行考虑隧穿的速率常数的计算中 是否需要在高斯中考虑隧穿呢 比如在TS周围计算多个势能面

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-24 01:59:21 | 只看该作者 Only view this author
Hamilton1758 发表于 2023-11-23 20:35
老师 我想请问 在用Gaussian和polyrate进行考虑隧穿的速率常数的计算中 是否需要在高斯中考虑隧穿呢 比如 ...

势能面只有一个,顶多说成是计算TS附近的势能面上许多结构的信息

这不是在Gaussian这样的量子化学计算程序中所直接考虑的,Gaussian也不是直接计算k或透射系数的程序
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发表于 Post on 2023-11-24 09:49:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-24 01:59
势能面只有一个,顶多说成是计算TS附近的势能面上许多结构的信息

这不是在Gaussian这样的量子化学计算 ...

好的好的 谢谢老师 也就是说我们在高斯中计算出的能量等作为polyrate的输入信息 polyrate考虑SCT隧穿的时候会做计算 但是在能量中是不存在隧穿修正的吧 非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-25 01:12:24 | 只看该作者 Only view this author
Hamilton1758 发表于 2023-11-24 09:49
好的好的 谢谢老师 也就是说我们在高斯中计算出的能量等作为polyrate的输入信息 polyrate考虑SCT隧穿的时 ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-11-27 10:12:22 | 只看该作者 Only view this author

好的好的 谢谢sob老师

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