基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-5-28 18:14:47

Norman 发表于 2021-5-28 11:07
U(0)类似这种趋势。G(T)的变化时是TS>反应物、TS>产物。我计算反应速率常数只是看它们数量级上的差别，TS ...

这种情况下，势垒是TS1-Complex1，不是TS1-Reactants。势垒是正的，所以大体上还是适用的，不过鉴于势垒很小，其实也不太准确了，要想得到确凿无误的结论还是建议做variational TST计算，或者跑AIMD

Norman · 发表于 Post on 2021-5-28 18:19:02

wzkchem5 发表于 2021-5-28 18:14
这种情况下，势垒是TS1-Complex1，不是TS1-Reactants。势垒是正的，所以大体上还是适用的，不过鉴于势垒 ...

非常谢谢您

科研菜菜 · 发表于 Post on 2022-5-9 14:47:06

sobereva 发表于 2018-2-17 08:01
配分函数。表格的注释里写了

老师，想问下vasp频率计算如何得到配分函数呢

z1065480896 · 发表于 Post on 2022-7-13 14:11:36

sobereva 发表于 2018-7-24 14:14
“校正的数值”不知道你具体指代什么
如果是把这个值乘上原始的k就变成了考虑了隧道效应的k，这个值就是 ...

sobereva老师，想请问下，用KiSThelP算同样体系的反应速率时，得到Wigner隧道校正或Eckart隧道校正数值一致，请问这合理莫，如果不合理会是什么原因导致的呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-13 15:10:04

z1065480896 发表于 2022-7-13 07:11
sobereva老师，想请问下，用KiSThelP算同样体系的反应速率时，得到Wigner隧道校正或Eckart隧道校正数值一 ...

除非碰巧，否则不合理。
程序输出的校正值有多少位有效数字？如果有效数字位数少，可能是碰巧，否则很可能说明输入文件哪里写错了。

mfdsrax2 · 发表于 Post on 2022-7-14 20:12:39

如果使用此表格计算k发表文章，请这样引用：Tian Lu, TSTcalculator, http://sobereva.com/310 (accessed 月日, 年)

我只是好奇，这种引用方式能够被检索到吗？

quantumlink · 发表于 Post on 2022-9-18 17:03:50

Sob老师我想请问一下您按照过渡态理论，反应速率的计算取决于你的某自由基与某化合物反应的过渡态的能垒，但是我们算的时候都是一个原子一个原子算的，比如·OH加成，都是C1C2C3C4··一个一个加上的，得到的过渡态也有很多个，能垒也有很多个，那我应该用哪个能垒或者经过上什么处理，才能算出`OH加成到这个化合物上的整体反应速率Ktotal呢？

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 00:35:26

quantumlink 发表于 2022-9-18 17:03
Sob老师我想请问一下您按照过渡态理论，反应速率的计算取决于你的某自由基与某化合物反应的过渡态的能垒 ...

这是复合反应而不是基元反应
依次计算各个加成的基元反应，得到整个路径的energy profile，再根据决速步估计整体的k

quantumlink · 发表于 Post on 2022-9-19 19:01:44

本帖最后由 quantumlink 于 2022-9-19 19:07 编辑

sobereva 发表于 2022-9-19 00:35
这是复合反应而不是基元反应
依次计算各个加成的基元反应，得到整个路径的energy profile，再根据决速步 ...

谢谢sob老师再请教您一下下面的这篇文献的这个表中的ktotal是怎么得出来的呢？像是左数第一列，只是针对·OH加成，我判断他应该是只有反应物到过渡态再到中间产物这一步，那他是怎么通过这多个原子的·OH加成的能垒，就能算出·OH加成与这个氟康唑污染物分子整体的反应速率呢？

https://doi.org/10.1016/j.cej.2020.126224

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-19 23:53:17

quantumlink 发表于 2022-9-19 19:01
谢谢sob老师再请教您一下下面的这篇文献的这个表中的ktotal是怎么得出来的呢？像是左数第一列，只是针 ...

我没时间细看文章，如果只是对第一个基元反应来说，有不同位点，而且这些位点上发生反应没有竞争关系，则将所有可能位点的k都加和，看看是否和文中给的一致。不一致的话发邮件问作者

quantumlink · 发表于 Post on 2022-9-20 09:14:41

sobereva 发表于 2022-9-19 23:53
我没时间细看文章，如果只是对第一个基元反应来说，有不同位点，而且这些位点上发生反应没有竞争关系，则 ...

好的好的谢谢sob老师我之前试过加和了但是和文中所得到的Ktotal不一致我试试发发邮件问问作者有结果了我会再补上来的

WOOOOWOOOO · 发表于 Post on 2022-9-20 12:03:52

请问这个怎么用EndNote引用

quantumlink · 发表于 Post on 2022-9-21 19:50:35

sob老师关于这个表格我想再麻烦您一下 Skodje-Truhlar方法计算投射系数中的α和β的定义按照您给的文献地址看到了其原本的定义，那我需要每次应用时是都要算一下比较他们的大小吗？还是按经验判断？
如果是按经验判断，多高的温度算高，多大的虚频算大啊？像在我的反应是在室温下的水溶液中发生，虚频有的一两百有的一两千，这种情况下，温度是算高还是低，虚频是算大还是小啊

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-21 22:27:58

quantumlink 发表于 2022-9-21 19:50
sob老师关于这个表格我想再麻烦您一下 Skodje-Truhlar方法计算投射系数中的α和β的定义按照您给的文献地 ...

只看alpha和beta的相对大小，这是唯一判据

quantumlink · 发表于 Post on 2022-9-22 08:45:23

本帖最后由 quantumlink 于 2022-9-22 15:40 编辑

sobereva 发表于 2022-9-21 22:27
只看alpha和beta的相对大小，这是唯一判据

好的好的非常非常感谢sob老师的耐心回答我这种小白的问题

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[综合交流] 基于过渡态理论计算反应速率常数的Excel表格