在 Ubuntu 20.04 LTS 桌面系统 GNU 成功编译 CP2K-9.1

leeru

直接toolchain安装

乐平

leeru 发表于 2022-4-18 15:21
直接toolchain安装

那就是说，把

1. cp2k-9.1/tools/toolchain/scripts/stage1/install_intelmpi.sh

复制代码

里面

1. echo "==================== Finding Intel MPI from system paths ===================="
   
2. check_command mpirun "intelmpi" && MPIRUN="$(command -v mpirun)" || exit
   
3. check_command mpiicc "intelmpi" && MPICC="$(command -v mpiicc)" || exit
   
4. check_command mpiifort "intelmpi" && MPIFC="$(command -v mpiifort)" || exit
   
5. if [ $(command -v mpiicpc >&- 2>&-) ]; then
   
6.     check_command mpiicpc "intelmpi" && MPICXX="$(command -v mpiicpc)"
   
7. elif [ $(command -v mpic++ >&- 2>&-) ]; then
   
8.     check_command mpic++ "intelmpi" && MPICXX="$(command -v mpic++)"
   
9. else
   
10.     check_command mpicxx "intelmpi" && MPICXX="$(command -v mpicxx)" || exit
    
11. fi
    
12. add_include_from_paths INTELMPI_CFLAGS "mpi.h" $INCLUDE_PATHS
    
13. add_lib_from_paths INTELMPI_LDFLAGS "libmpi.*" $LIB_PATHS
    
14. check_lib -lmpi "intelmpi"
    
15. check_lib -lmpicxx "intelmpi"
    
16. ;;
    
17. __DONTUSE__) ;;

复制代码

所有的 mpiicc, mpiifort, 都替换成 mpicc, mpif90 ？


那 mpiicpc 需要修改吗？  如果需要修改，应该修改成什么呢？

highlight

乐平 发表于 2022-4-19 10:17
那就是说，把
里面

1.      check_command mpicc "intelmpi" && MPICC="$(command -v mpicc)" || exit
   
2.      check_command mpif90 "intelmpi" && MPIFC="$(command -v mpif90)" || exit
   
3.      # if [ $(command -v mpiicpc >&- 2>&-) ]; then
   
4.      #  check_command mpiicpc "intelmpi" && MPICXX="$(command -v mpiicpc)"
   
5.      # elif [ $(command -v mpic++ >&- 2>&-) ]; then
   
6.      #  check_command mpic++ "intelmpi" && MPICXX="$(command -v mpic++)"
   
7.      #else
   
8.         check_command mpicxx "intelmpi" && MPICXX="$(command -v mpicxx)" || exit
   
9.      # fi

复制代码

另外 scripts/common_vars.sh 里 50 行 mpic++ 换成 mpicxx

乐平

highlight 发表于 2022-4-19 05:57
另外 scripts/common_vars.sh 里 50 行 mpic++ 换成 mpicxx

谢谢！
按照您的提示将 scripts/stage1/install_interlmpi 中的 mpiicc 修改为 mpicc ，将 mpiifort 改为 mpif90
并将 scripts/common_vars.sh 中 export MPICXX=${MPICXX:-mpic++} 改为 export MPICXX=${MPICXX:-mpicxx}

编译的命令是

1. ./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=install --mpi-mode=intelmpi --with-pexsi=install --with-elpa=install --with-ptscotch=install --with-superlu=install --with-quip=install --with-plumed=install

复制代码

但是在 install elpa 这一步报错了……

1. ==================== Installing ELPA ====================
   
2. elpa-2021.11.001.tar.gz is found
   
3. patching file nvcc_wrap
   
4. Installing from scratch into /public/home/lxb/software/cp2k9_intelmpi/tools/toolchain/install/elpa-2021.11.001/cpu
   
5. ERROR: (./scripts/stage5/install_elpa.sh, line 111) Non-zero exit code detected.

复制代码

查看 build/elpa-2021.11.001/build_cpu/configure.log 文件，报错信息是

1. checking for library containing bi_f77_init... no
   
2. checking for library containing blacs_gridinit... none required
   
3. checking for library containing blacs_gridinit... (cached) none required
   
4. checking for library containing pdtran... none required
   
5. checking whether we can link a Fortran program with all blacs/scalapack... yes
   
6. checking whether we can use the intrinsic Fortran function "get_environment_variable"... yes
   
7. checking whether BAND_TO_FLULL_BLOCKING is requested... yes
   
8. checking whether a Nvidia GPU compute capability is specified... yes
   
9. checking whether Fortran mpi module can be used... no
   
10. configure: error: Could not compile a Fortran program with an 'use mpi' statement. You can try again with --disable-mpi-module

复制代码

从提示的信息来看，不能用 mpi 模式……


之前没有用 intelmpi，而是 --with-openmpi=install 不会在 elpa 这一步报错。

abin

elpa 使用intel无法直接编译，需做部分修正。

乐平

abin 发表于 2022-4-19 08:55
elpa 使用intel无法直接编译，需做部分修正。

有趣

在 scripts/stage5/install_elpa.sh 中 35 至 42 代码段中看到 elpa only works with MPI switched on

1. 35 # elpa only works with MPI switched on
   
2. 36 if [ $MPI_MODE = no ]; then
   
3. 37   report_warning $LINENO "MPI is disabled, skipping elpa installation"
   
4. 38   cat << EOF > "${BUILDDIR}/setup_elpa"
   
5. 39 with_elpa="__FALSE__"
   
6. 40 EOF
   
7. 41   exit 0
   
8. 42 fi

复制代码

但是在 build/elpa-2021.11.001/build_cpu/configure.log 文件的报错信息中却看到

1. configure: error: Could not compile a Fortran program with an 'use mpi' statement. You can try again with --disable-mpi-module

复制代码

一边说 elpa 必须要 MPI 才能运行，一边又说 --disable-mpi-module 。

真是呵呵呵……

乐平

abin 发表于 2022-4-19 08:55
elpa 使用intel无法直接编译，需做部分修正。

请问，需要部分修正是指在下面的代码中

1. ../configure --prefix="${pkg_install_dir}/${TARGET}/" \
   
2.           --libdir="${pkg_install_dir}/${TARGET}/lib" \
   
3.           --enable-openmp=yes \
   
4.           --enable-shared=no \
   
5.           --enable-static=yes \

复制代码

加上 --disable-mpi-module \ 吗？

乐平

乐平 发表于 2022-4-19 09:15
请问，需要部分修正是指在下面的代码中

不行……

1. ../configure --prefix="${pkg_install_dir}/${TARGET}/" \
   
2.           --libdir="${pkg_install_dir}/${TARGET}/lib" \
   
3.           --enable-openmp=yes \
   
4.           --enable-shared=no \
   
5.           --enable-static=yes \
   
6.           --disable-mpi-module \

复制代码

不是正确方法，依旧报错……

abin

乐平 发表于 2022-4-19 15:15
请问，需要部分修正是指在下面的代码中

不记得了……
你先试试用intel编译elpa 呗，如有必要……

没有elpa ，也能用的……

乐平

gog 发表于 2022-4-11 03:41
9.1版本？还是7.1？这么修改，太复杂了。我搞不懂。
如何用yum 升级 binutil？自定义路径编辑编译？
调 ...

其实直接用

1. yum install centos-release-scl
   
2. yum install devtoolset-9-gcc*
   

复制代码

gcc 升级到 9.3.1， binutil 就跟着升级到 2.32 了

或者

1. yum install devtoolset-11-gcc*

复制代码

gcc 升级到 11.2.1， binutil 就跟着升级到 2.32 了

你可以用

1. ld -v

复制代码

查看版本号，升级之前查看一次，升级之后调用 gcc

1. scl enable devtoolset-9 bash

复制代码

或者

1. scl enable devtoolset-11 bash

复制代码

再 ld -v 查看，就知道 binutil 升级好了。

highlight

乐平 发表于 2022-4-19 14:48
谢谢！
按照您的提示将 scripts/stage1/install_interlmpi 中的 mpiicc 修改为 mpicc ，将 mpiifort 改 ...

注意  --with-gcc=install --mpi-mode=intelmpi 时的输出
install_cp2k_toolchain.sh 里有这么一段

1.   if [ "$with_gcc" = "__INSTALL__" ]; then
   
2.     echo "You have chosen to install GCC, therefore MPI libraries will have to be installed too"
   
3.      with_openmpi="__INSTALL__"
   
4.      with_mpich="__INSTALL__"
   
5.      with_intelmpi="__DONTUSE__"
   
6.   fi
   
7. fi

复制代码

懂了吧

乐平

highlight 发表于 2022-4-19 10:51
注意  --with-gcc=install --mpi-mode=intelmpi 时的输出
install_cp2k_toolchain.sh 里有 ...

谢谢提示！

install_cp2k_toolchain.sh 里还有

1.   elif (mpirun --version 2>&1 | grep -s -q "Intel"); then
   
2.     echo "MPI is detected and it appears to be Intel MPI"
   
3.     with_gcc=__DONTUSE__
   
4.     export MPI_MODE=intelmpi

复制代码

似乎 gcc=install 和 intelmpi 是互斥的？

我也尝试过  --with-gcc=system  --mpi-mode=intelmpi 的组合（gcc 11.2.1 版），运行到 install libint 会报错……

leeru

我这边测试过很多组合,devtoolset编译过程没有任何报错，就是运行psmp时显示coredamp,不能运行

gog

乐平 发表于 2022-4-19 16:33
其实直接用

gcc 升级到 9.3.1， binutil 就跟着升级到 2.32 了

运行不能通过呢。coredamped

highlight

乐平 发表于 2022-4-19 18:54
谢谢提示！

install_cp2k_toolchain.sh 里还有

你把这里注释掉不就行
可能是编译器版本，也可能是安装的时候配置问题吧， -with-gcc=install 是 11.2.0