在 Ubuntu 20.04 LTS 桌面系统 GNU 成功编译 CP2K-9.1

gog

乐平 发表于 2022-4-19 16:33
其实直接用

gcc 升级到 9.3.1， binutil 就跟着升级到 2.32 了

运行不能通过呢。coredamped

highlight

乐平 发表于 2022-4-19 18:54
谢谢提示！

install_cp2k_toolchain.sh 里还有

你把这里注释掉不就行
可能是编译器版本，也可能是安装的时候配置问题吧， -with-gcc=install 是 11.2.0

leeru

gog 发表于 2022-4-20 08:14
运行不能通过呢。coredamped

我尝试的结果是必须手动安装gcc到所有节点都可以访问的公共目录，才不会出现coredump

gog

leeru 发表于 2022-4-20 12:59
我尝试的结果是必须手动安装gcc到所有节点都可以访问的公共目录，才不会出现coredump

用的toolset-9.以前安装过GCC，
centos 7上  gcc不容易编译安装成功。

乐平

highlight 发表于 2022-4-20 03:05
你把这里注释掉不就行
可能是编译器版本，也可能是安装的时候配置问题吧， -with-gcc=install 是 11.2.0

在 install_cp2k_toolchain.sh 里注释掉了

1.   elif (mpirun --version 2>&1 | grep -s -q "Intel"); then
   
2.     echo "MPI is detected and it appears to be Intel MPI"
   
3. #    with_gcc=__DONTUSE__
   
4.     export MPI_MODE=intelmpi

复制代码

以及

1. #else
   
2. #  # if gcc is installed, then mpi needs to be installed too
   
3. #  if [ "$with_gcc" = "__INSTALL__" ]; then
   
4. #    echo "You have chosen to install GCC, therefore MPI libraries will have to be installed too"
   
5. #    with_openmpi="__INSTALL__"
   
6. #    with_mpich="__INSTALL__"
   
7. #    with_intelmpi="__DONTUSE__"
   
8. #  fi

复制代码

然后 elpa 报错……

1. ./install_cp2k_toolchain.sh --math-mode=mkl --with-gcc=install --mpi-mode=intelmpi --with-pexsi=install --with-elpa=install --with-ptscotch=install --with-superlu=install --with-quip=install --with-plumed=install
   
2. MPI is detected and it appears to be Intel MPI
   
3. Compiling with 16 processes.
   
4. ==================== Installing GCC ====================
   
5. gcc-11.2.0 is already installed, skipping it.
   
6. Step gcc took 0.00 seconds.
   
7. ==================== Getting proc arch info using OpenBLAS tools ====================
   
8. OpenBLAS detected LIBCORE = haswell
   
9. OpenBLAS detected ARCH    = x86_64
   
10. ==================== Installing CMake ====================
    
11. cmake-3.22.1 is already installed, skipping it.
    
12. Step cmake took 0.00 seconds.
    
13. ==================== Finding Intel MPI from system paths ====================
    
14. path to mpirun is  /public1/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpirun
    
15. path to mpicc is  /public1/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpicc
    
16. path to mpif90 is  /public1/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpif90
    
17. path to mpicxx is  /public1/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/bin/mpicxx
    
18. Found lib directory /public1/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mpi/intel64/lib
    
19. libmpi is found in ld search path
    
20. libmpicxx is found in ld search path
    
21. Step intelmpi took 0.00 seconds.
    
22. ==================== Finding MKL from system paths ====================
    
23. MKLROOT is found to be /public1/apps/intel/compilers_and_libraries_2018.1.163/linux/mkl
    
24. libm is found in ld search path
    
25. libdl is found in ld search path
    
26. Step mkl took 0.00 seconds.
    
27. Step fftw took 0.00 seconds.
    
28. ==================== Installing LIBINT ====================
    
29. libint-2.6.0 is already installed, skipping it.
    
30. Step libint took 1.00 seconds.
    
31. ==================== Installing LIBXC ====================
    
32. libxc-5.1.7 is already installed, skipping it.
    
33. Step libxc took 0.00 seconds.
    
34. Step libsmm took 0.00 seconds.
    
35. ==================== Installing Libxsmm ====================
    
36. libxsmm-1.17.tar.gz is found
    
37. Installing from scratch into /public2/wanghuan/cp2k9i/tools/toolchain/install/libxsmm-1.17
    
38. Step libxsmm took 19.00 seconds.
    
39. Step scalapack took 0.00 seconds.
    
40. ==================== Installing COSMA ====================
    
41. COSMA-v2.5.1.tar.gz is found
    
42. Installing from scratch into /public2/wanghuan/cp2k9i/tools/toolchain/install/COSMA-2.5.1
    
43. Step cosma took 25.00 seconds.
    
44. ==================== Installing ELPA ====================
    
45. elpa-2021.11.001.tar.gz is found
    
46. patching file nvcc_wrap
    
47. Installing from scratch into /public2/wanghuan/cp2k9i/tools/toolchain/install/elpa-2021.11.001/cpu
    
48. ERROR: (./scripts/stage5/install_elpa.sh, line 111) Non-zero exit code detected.
    
49. 
    

复制代码

leeru

乐平 发表于 2022-4-20 19:05
在 install_cp2k_toolchain.sh 里注释掉了

elpa报错可能是因为binutil的问题，我升级到2.37就没有问题了

乐平

leeru 发表于 2022-4-20 06:59
我尝试的结果是必须手动安装gcc到所有节点都可以访问的公共目录，才不会出现coredump

我是在所有节点上（包括管理节点和计算节点）都

1. yum install centos-release-scl
   
2. yum install devtoolset-9-gcc*f

复制代码

leeru

乐平 发表于 2022-4-21 10:26
我是在所有节点上（包括管理节点和计算节点）都

我之前也这么做，也不行，还是要手动编译gcc到其他的公共目录

southcrux

老师们有遇到过psmp安装后速度很慢的问题吗？我这里编译过程和楼主差不多，只是没有安装elpa，以及使用的是ubuntu不是centos。编译以后ssmp版本测试非常顺利，速度也很快。但是使用了集群上的四台机器共160个核进行psmp测试却发现运算速度极为缓慢。elpa有这么重要吗？

乐平

leeru 发表于 2022-4-21 05:14
我之前也这么做，也不行，还是要手动编译gcc到其他的公共目录

我之前编译 CP2K-7.1 的时候是所以所有节点 yum install devtoolset-9-gcc* ，可以正常运行，测试也全部通过。

CP2K-9.1 类似地  yum install devtoolset-11-gcc*  处理，编译就各种问题……

highlight

乐平 发表于 2022-4-20 19:05
在 install_cp2k_toolchain.sh 里注释掉了

我用 yum 安装的 oneapi 最新版，会不会是 2018 跟 gcc 11 有啥兼容问题呢？

乐平

highlight 发表于 2022-4-21 06:13
我用 yum 安装的 oneapi 最新版，会不会是 2018 跟 gcc 11 有啥兼容问题呢？

oneAPI BaseKit 2022.1.2.146  和  HPCKit 2022.1.2.117 吗？

leeru

southcrux 发表于 2022-4-21 11:15
老师们有遇到过psmp安装后速度很慢的问题吗？我这里编译过程和楼主差不多，只是没有安装elpa，以及使用的是 ...

psmp慢可能是并行环境的问题，如果使用的是IB卡互联，mpich似乎不支持IB卡，换openmpi就可以了。

highlight

乐平 发表于 2022-4-21 12:24
oneAPI BaseKit 2022.1.2.146  和  HPCKit 2022.1.2.117 吗？

对
紫薯布丁

southcrux

leeru 发表于 2022-4-21 12:48
psmp慢可能是并行环境的问题，如果使用的是IB卡互联，mpich似乎不支持IB卡，换openmpi就可以了。

谢谢！后来试了一下把运算节点增加到四个就能通过make test了，但是运行起来和学校编译的在另一个cluster上的版本相比还是慢了很多