在 Ubuntu 20.04 LTS 桌面系统 GNU 成功编译 CP2K-9.1

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乐平 发表于 2022-4-27 15:25
在 scripts/stage1/install_interlmpi 中将 mpiicc 修改为 mpicc ，将 mpiifort 改为 mpif90 ...

首先，提前恭喜一下，我印象里这是成功编译前的最后一个坑了

然后，丰富下描述：
在使用 toolchain 编译 cp2k 的全部依赖时，如果某一步报错，并不需要完全从头开始，做好相应的修改后再次运行脚本，如果前面成功编译的库存在 $pkg_install_dir/install_successful 就会直接跳过安装，只重新配置 setup
但现在的 9.1 版本编译到 spfft 时，若出现过如上的“报错中断——重运行脚本”过程，就可能会出现“卡住”的现象。此时监控系统状态，会看到内存正在被一点一点填满，但编译进度（log 输出）一点不动。之前版本似乎没有这个问题，而且并不是在所有时候都会出现。

最后，由于实在找不到原因（怀疑是某个库的 setup 没写全？），解决办法只能是清空 install 和 build，做好全部的脚本修改与环境设置，重新执行脚本。基本就可以通过。

PS：是否有大神可以解析下这个坑的成因？

abin

highlight 发表于 2022-4-27 20:46
首先，提前恭喜一下，我印象里这是成功编译前的最后一个坑了

然后，丰富下描述：

试试租用一台境外网络正常的裸金属服务器试试……我们遇到的很多奇葩问题，
开发者几乎不会遇到。

乐平

abin 发表于 2022-4-27 14:57
试试租用一台境外网络正常的裸金属服务器试试……我们遇到的很多奇葩问题，
开发者几乎不会遇到。

跟网络无关吧
我都是把所有依赖包下载好了，放到 build 目录下然后再安装的。

乐平

highlight 发表于 2022-4-27 14:46
首先，提前恭喜一下，我印象里这是成功编译前的最后一个坑了

然后，丰富下描述：

emmmmm 我是这个帖子的楼主，此帖到目前为止已经从 Ubuntu 正常安装到 CentOS 7 不正常安装各种填坑，哈哈哈哈

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乐平 发表于 2022-4-28 12:53
emmmmm 我是这个帖子的楼主，此帖到目前为止已经从 Ubuntu 正常安装到 CentOS 7 不正常安装各种填坑，哈 ...

由于 glibc 版本的缘故，使用 wsl ubuntu-20.04 编译出来的没法移植至 centos7，后者应该是现在大多数超算和服务器使用的发行版吧
或许我可以发个帖子说说咋在 wsl 里搞 centos7......

乐平

highlight 发表于 2022-4-28 10:33
由于 glibc 版本的缘故，使用 wsl ubuntu-20.04 编译出来的没法移植至 centos7，后者应该是现在大多数超 ...

我用的不是 wsl Ubuntu，我是在自己的小工作站上安装的 Ubuntu 20.04 LST

CentOS 7 是课题组集群的系统。
另外，微软商店里可以搜到华为开发的 OpenEuler，据说是基于 CentOS 开发的。

abin

可以去华为社区，找他们优化的cp2k7.1
源码优化，
他们自己讲，至少30%以上。

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乐平 发表于 2022-4-28 22:27
我用的不是 wsl Ubuntu，我是在自己的小工作站上安装的 Ubuntu 20.04 LST

CentOS 7 是课题组集群的系 ...

但也据说 openeuler 是基于 centos8 的，估计也会由于 glibc 版本过高没法移植 centos7

生煎小馒头

乐平 发表于 2022-3-22 21:31
非常感谢！
在 scripts/stage4/install_libxsmm.sh 第 70 行以及第 76 添加 INTRINSICS=1 ，可行！

您好，我根据您这个文档操作，为什么我还是会报错呢，这是我修改的脚本文件unset FORTRAN
      make -j $(get_nprocs) \
        CXX=$CXX \
        CC=$CC \
        FC=$FC \
        WRAP=0 \
        PREFIX=${pkg_install_dir} \
        > make.log 2>&1 || tail -n ${LOG_LINES} make.log
      make INTRINSICS=1 -j $(get_nprocs) \
        CXX=$CXX \
        CC=$CC \
        FC=$FC \
        WRAP=0 \
        PREFIX=${pkg_install_dir} \
      make INTRINSICS=1 -j $(get_nprocs) \
        install > install.log 2>&1 || tail -n ${LOG_LINES} install.log
      cd ..
      write_checksums "${install_lock_file}" "${SCRIPT_DIR}/stage4/$(basename ${SCRIPT_NAME})"
      mkdir ${pkg_install_dir}/lib/pkgconfig
      cp ${pkg_install_dir}/lib/*.pc ${pkg_install_dir}/lib/pkgconfig
    fi
    LIBXSMM_CFLAGS="-I'${pkg_install_dir}/include'"
    LIBXSMM_LDFLAGS="-L'${pkg_install_dir}/lib' -Wl,-rpath,'${pkg_install_dir}/lib'"
    ;;
  __SYSTEM__)
    echo "==================== Finding Libxsmm from system paths ===================="
    check_lib -lxsmm "libxsmm"
    check_lib -lxsmmf "libxsmm"
    check_lib -lxsmmext "libxsmm"
    add_include_from_paths LIBXSMM_CFLAGS "libxsmm.h" $INCLUDE_PATHS
    add_lib_from_paths LIBXSMM_LDFLAGS "libxsmm.*" $LIB_PATHS
    ;;
  __DONTUSE__) ;;                                                                                                                                      这是报错信息：libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec.tar.gz: OK
Checksum of libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec.tar.gz Ok
Installing from scratch into /public/software/cp2k/cp2k-2025.1/tools/toolchain/install/libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec
make: *** No rule to make target 'make'.  Stop.
/public/software/cp2k/cp2k-2025.1/tools/toolchain/scripts/tool_kit.sh: line 680: /public/software/cp2k/cp2k-2025.1/tools/toolchain/install/libxsmm-e0c4a2389afba36c453233ad7de07bd92c715bec/install_successful: No such file or directory
[root@login02 toolchain]#