请教一下锌和甲醇配位问题

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-28 20:56:02

wzkchem5 发表于 2022-5-28 20:20
用molclus自动搜索应该花不了多少时间，尤其是如果你在xtb这种比较低的级别下搜索的话

老师，我其实还有有点不明白到底配几个，因为有氢键的作用，可能配七个八个体系的自由能还是很低，deltaG也可能一直小于0，我就算证明直接作用的有6个，用六配位来算，那不还是忽略的氢键的影响吗，还是说可以不用考虑第二配位层

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-28 21:01:59

wzkchem5 发表于 2022-5-28 20:20
用molclus自动搜索应该花不了多少时间，尤其是如果你在xtb这种比较低的级别下搜索的话

老师您好，我还是不太明白我应该用几配位来算，因为氢键的原因，七配位或者八配位的自由能更低和deltaG小于0，就算我证明直接作用的是六配位，用六配位的来算，那不就是忽略的第二溶剂化的影响吗

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-28 21:03:52

付之一生发表于 2022-5-28 13:56
老师，我其实还有有点不明白到底配几个，因为有氢键的作用，可能配七个八个体系的自由能还是很低，deltaG ...

只考虑第一配位层就行了，因为从第二配位层开始，即使和甲醇的结合是有利的，这种结合也不叫配位了。你关心的是配几个，而不是结合几个。

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-28 22:05:35

wzkchem5 发表于 2022-5-28 21:03
只考虑第一配位层就行了，因为从第二配位层开始，即使和甲醇的结合是有利的，这种结合也不叫配位了。你关 ...

可是老师我想算的就是结合能，也是可以不考虑第二配位层的吧，然后还有一个问题就是可否使用分子动力学模拟的方法模拟出锌的甲醇中的溶剂化结构，然后找第一层溶剂层配位数，然后再用xtb构象搜索+dft结构优化加能量计算，类似于这种C:\Users\10294\Desktop\QQ图片20220528220449.png

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-28 22:12:18

付之一生发表于 2022-5-28 15:05
可是老师我想算的就是结合能，也是可以不考虑第二配位层的吧，然后还有一个问题就是可否使用分子动力学模 ...

图没有贴上来
这个还是取决于你想算什么结合能，如果只要结合了就算，哪怕有的甲醇分子和Zn2+不挨着，完全是靠氢键和第一配位层结合的，而不是和Zn结合的，你也要把那些甲醇分子的贡献算进来，那原则上你要考虑第二配位层，以及外面的所有配位层。但那样有一个问题就是所有甲醇分子都算是结合，因为第N配位层一定和第N-1配位层有氢键，所以你得加无穷多个甲醇分子。所以你得考虑一下你到底是不是想算这种定义下的结合能，还是说你只关心和Zn直接配位的甲醇，如果是后者的话把Zn2+配满了就可以了。
跑MD模拟也可以，但是用的力场必须足够准，或者直接用xtb跑MD。不过这个和你直接搜索7配位结构基本是等价的，如果MD跑不出7配位结构，基本意味着你用xtb构象搜索也搜不出7配位结构，反之亦然；两者都可以单独用来证明配位数是6

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-28 23:07:18

wzkchem5 发表于 2022-5-28 22:12
图没有贴上来
这个还是取决于你想算什么结合能，如果只要结合了就算，哪怕有的甲醇分子和Zn2+不挨着，完 ...

那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗，还是说只能锌周围建模比如说10个溶质分子然后去跑md

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-29 00:37:28

付之一生发表于 2022-5-28 16:07
那老师我想请问一下用xtb跑md能设置体系是由多少多少溶剂和溶质分子组成的吗，还是说只能锌周围建模比如 ...

可以，如果不想手动摆初始结构，可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-29 01:06:15

wzkchem5 发表于 2022-5-29 00:37
可以，如果不想手动摆初始结构，可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

ok，大致明白了，感谢老师！

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-30 17:19:41

wzkchem5 发表于 2022-5-29 00:37
可以，如果不想手动摆初始结构，可以用packmol等软件自动根据溶剂和溶质分子的数目产生初始结构

老师您好，我现在创建一个锌离子和20个甲醇的模型进行动力学模拟后，动力学轨迹最后一帧显示的还是六配位，现在是不是可以确定直接接触的是六配位

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-30 17:22:41

付之一生发表于 2022-5-30 10:19
老师您好，我现在创建一个锌离子和20个甲醇的模型进行动力学模拟后，动力学轨迹最后一帧显示的还是六配位 ...

不能只看最后一帧，应该找很多代表性的帧（比如至少10帧，建议等间隔取），如果都是6配位，那才可以证明是6配位。否则只能证明6配位存在，不能证明它是主要的配位方式

付之一生 · 发表于 Post on 2022-5-30 19:18:23

wzkchem5 发表于 2022-5-30 17:22
不能只看最后一帧，应该找很多代表性的帧（比如至少10帧，建议等间隔取），如果都是6配位，那才可以证明 ...

那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态，分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

chands · 发表于 Post on 2022-5-30 19:23:20

付之一生发表于 2022-5-30 19:18
那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态，分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

王老师的意思是做一个统计，比如画个直方图之类，这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-5-30 20:35:28

付之一生发表于 2022-5-30 12:18
那老师可以不可以多加点溶剂和溶质分子然后只看最后一帧的状态，分子动力学模拟不应该是越往后越稳定吗

我的意思是，假如稳定状态是90% 7配位，10% 6配位，你恰好在Zn是6配位的时候把计算停了，那就会得出错误的结论。Zn的配位数未必是一成不变的，可能是多种可能的配位数之间的平衡，这种情况下应该取概率最大的那种配位数。

付之一生 · 发表于 Post on 2022-6-1 18:27:08

wzkchem5 发表于 2022-5-30 20:35
我的意思是，假如稳定状态是90% 7配位，10% 6配位，你恰好在Zn是6配位的时候把计算停了，那就会得出错误 ...

老师您好，我根据您的想法打算采用径向分布函数来判断配位数，但是我操作完之后发现很不对劲，第一溶剂化是个小峰，而且配位数不对劲，这是为什么，请老师赐教。

付之一生 · 发表于 Post on 2022-6-1 18:29:02

chands 发表于 2022-5-30 19:23
王老师的意思是做一个统计，比如画个直方图之类，这比一张图的说服力强多了。“稳定”也有涨落的。

我明白了，那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢

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[新手求助] 请教一下锌和甲醇配位问题

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