请教一下锌和甲醇配位问题

chands

付之一生 发表于 2022-6-1 18:29
我明白了，那可不可以用径向分布函数来确定配位数呢

完全可以。标准方法之一，坛子上也有不少相关帖子。

付之一生

chands 发表于 2022-6-1 21:30
完全可以。标准方法之一，坛子上也有不少相关帖子。

但是我这个做出来的rdf感觉没什么规律，是我模拟的时间太少了吗

chands

付之一生 发表于 2022-6-2 11:07
但是我这个做出来的rdf感觉没什么规律，是我模拟的时间太少了吗

有可能体系太小（溶剂分子不够多），导致Zn2+有时跑到团簇的边上，半裸露在外，统计上配位数就少了。如果用第一性原理软件（如CP2K）模拟，搞一个足够大的溶剂盒子，加Zn2+和抗衡离子，做RDF，应该能给出配位数。
我记得Zn2+和水、甲醇都是六配位的，可以查相关文献，不用这么麻烦去算，如果算Zn2+和其他溶剂的配位，原理一样，方法类似。

付之一生

chands 发表于 2022-6-2 11:17
有可能体系太小（溶剂分子不够多），导致Zn2+有时跑到团簇的边上，半裸露在外，统计上配位数就少了。如果 ...

ok感谢