windows系统下用orca做结构优化中途报错

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-20 16:07
1. 必须做构象搜索，第一因为你手摆的构型未必合理，第二因为必须用显式溶剂描述金属的第一配位层，而第 ...

老师好，对于1、加足够多的溶剂分子跑一个MD，找一些代表性的帧，去掉第一配位层以外的水分子，然后优化。这方面的资料能否分享一下，我找了一个晚上，不知道哪些是有用的。万分感激！

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-20 15:03
老师好，对于1、加足够多的溶剂分子跑一个MD，找一些代表性的帧，去掉第一配位层以外的水分子，然后优化 ...

http://sobereva.com/406
这个帖子里面没有做MD，只是做了结构优化，然后就去掉第一配位层以外的溶剂分子了，这个是比较粗略的做法，适用于溶质要么和溶剂没有强相互作用，要么和溶剂的作用模式比较确定（比如某几个原子肯定和一个溶剂分子形成氢键，某个金属肯定配两个溶剂分子，等等）的情况。如果不知道金属配几个溶剂，还是要跑MD才比较放心

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-20 22:07
http://sobereva.com/406
这个帖子里面没有做MD，只是做了结构优化，然后就去掉第一配位层以外的溶剂分 ...

感谢老师。我是纯MD小白，看了社长的文章，还是无从下手。第一步，是不是用我贴的结构在隐式溶剂下作结构优化，然后计算RESP电荷，用Sobtop产生拓扑文件，再创建盒子加水溶剂，再GROMACS中作动力学模拟？十分感谢老师的耐心教导！

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-21 07:24
感谢老师。我是纯MD小白，看了社长的文章，还是无从下手。第一步，是不是用我贴的结构在隐式溶剂下作结构 ...

这种体系个人建议用半经验方法跑MD，分子力场描述不好

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-21 14:58
这种体系个人建议用半经验方法跑MD，分子力场描述不好

老师，能说下用什么软件能实现吗？我去学习一下教程。感谢！

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-21 08:51
老师，能说下用什么软件能实现吗？我去学习一下教程。感谢！

用xtb

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:02
用xtb

好的，万分感谢老师！！！！！!

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:02
用xtb

老师好，我尝试了用xtb跑动力学，怎么没输出文件？不知道我的输入是不是有问题。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-22 03:48
老师好，我尝试了用xtb跑动力学，怎么没输出文件？不知道我的输入是不是有问题。

贴一下你的stderr输出

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-22 14:48
贴一下你的stderr输出

老师好，没有任何输出文件。我也很纳闷。。。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-22 08:21
老师好，没有任何输出文件。我也很纳闷。。。

你截的图是屏幕上的所有输出吗？后面还有其他输出吗

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-22 15:22
你截的图是屏幕上的所有输出吗？后面还有其他输出吗

好的老师，我全复制贴在文件中了。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-22 10:08
好的老师，我全复制贴在文件中了。

报错信息已经写得很清楚了，the key 'sccace' is not recognized by md。
根据报错信息修改输入文件，然后重新计算。
以后要学会自己看报错信息，自己分析输出信息里面哪一行是报错信息。很多时候输出信息已经告诉你应该怎么做了，根本没必要在论坛上问。

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-22 21:16
报错信息已经写得很清楚了，the key 'sccace' is not recognized by md。
根据报错信息修改输入文件，然 ...

好的，谢谢老师。

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-21 16:02
用xtb

老师您好，我用XTBP中跑了md，方法是--gfn 2 --gbsa h2o --charg 3 --uhf 0。因为xtb计算能力有限，我在稀土原子为中心构建了50个水分子的水球。结果发现稀土与配合物分离了，都跑到水球里面了。