windows系统下用orca做结构优化中途报错

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-14 01:07
sob老师只跑一条轨迹是因为他只关心能量最低的结构（或者能量最低的若干个结构），不关注由初始结构变成 ...

好的，感谢老师的耐心回复。我查了资料，xtb也能支持元动力学模拟。我想在xtb中作metadynamics方法，寻求构型，不知道可行吗？（当然也是因为上手简单一点，其他软件我都是小白）

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-14 09:31
好的，感谢老师的耐心回复。我查了资料，xtb也能支持元动力学模拟。我想在xtb中作metadynamics方法，寻求 ...

可以

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-14 17:01
可以

老师好，在xtb跑MD时我想加入Cl离子使体系总体为中性(chrg 0)，对于氯原子的初始位置是任意的吗？我尝试刚开始三个氯原子与镧连接放进去。跑到后面发现氯始终在镧周围，水分子很难与镧配位？是因为离子键比较强的原因吗？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-18 10:30
老师好，在xtb跑MD时我想加入Cl离子使体系总体为中性(chrg 0)，对于氯原子的初始位置是任意的吗？我尝试 ...

初始位置只要不是特别不合理就行，只要初始结构合理且MD跑得足够久，结果应该和初始结构几乎无关。
可能加的水分子不够多，不足以稳定Cl-。也可能本来实验上Cl-就是和La配位的，因为本来LaCl3在水里就未必是100%电离的

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-18 17:37
初始位置只要不是特别不合理就行，只要初始结构合理且MD跑得足够久，结果应该和初始结构几乎无关。
可能 ...

老师好，我用一个配体和镧跑了其中的一条轨迹，统计了La和P=O中的O的距离,如图。出现了配体和La解离，但是后面还是回到了配位位置。这该怎么解释？这轨迹能用吗？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-27 06:42
老师好，我用一个配体和镧跑了其中的一条轨迹，统计了La和P=O中的O的距离,如图。出现了配体和La解离，但 ...

正常的，说明配位和解离是平衡。取其中配位的帧即可

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-27 14:50
正常的，说明配位和解离是平衡。取其中配位的帧即可

老师好，例如对于2个配体络合镧的体系，我做完动力学和批量优化后，发现有三种主要的构型，配位数都是10（按径向分布函数计算得到）。我分别作了高精度的DFT计算，得到了电子能量分别为HF=-3347、-3117、-3270。后面的分析我想取一个来分析，是直接根据电子能量最低来选取吗，还是计算结合能来选取？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-8-8 06:35
老师好，例如对于2个配体络合镧的体系，我做完动力学和批量优化后，发现有三种主要的构型，配位数都是10 ...

电子能量的单位是什么？如果是au，说明你比的时候没有配平。
举个例子，比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个稳定，不是比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个能量低，而是比较La(A)2(B)3+A和La(A)3(B)2+B哪个自由能低（注意是自由能不是能量，但这不是重点，重点是必须把配体数目配平）。原因不需要我解释了吧

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-8-8 14:55
电子能量的单位是什么？如果是au，说明你比的时候没有配平。
举个例子，比较La(A)2(B)3和La(A)3(B)2哪个 ...

老师好，1、不配平是因为，三个不同构型中，是因为配体中配位的氧的数量不一样，导致在同是10配位数的情况下，配位的水分子数量不一样。也就是说分子能量不同主要是因为原子数目不一样。
2、那我这种情况需不需要说明主要有三种不一样的构型？如何想说明，想找最稳定的一个构型作后续分析，是加水分子使三种构型的原子数量相等来计算自由能来比较吗，总感觉这样不是很妥，加入的水分子又不能与稀土配位。望老师指教！

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-8-8 14:01
老师好，1、不配平是因为，三个不同构型中，是因为配体中配位的氧的数量不一样，导致在同是10配位数的情 ...

你还是没理解我的意思。还是考虑我举的这个例子，假如我说La(A)2(B)3比La(A)3(B)2稳定（A和B是两种完全不同的配体），是什么意思？显然不是La(A)2(B)3比La(A)3(B)2的自由能低的意思，而是说，La(A)3(B)2和B反应，可以大部分发生配体取代反应，变成La(A)2(B)3和A。所以应该比的是：La(A)3(B)2的自由能加上B的自由能，和La(A)2(B)3的自由能加上A的自由能，哪个低。
”能量越低越稳定“（暂且不论能量和自由能的区别）是有适用条件的，适用条件就是你比较的两个分子的原子种类和数目必须相同。脱离掉这个条件，就不能用能量高低比较稳定性。学一个结论不能只记结论，必须把适用条件也记下来才行。