windows系统下用orca做结构优化中途报错

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-24 02:19
老师您好，我用XTBP中跑了md，方法是--gfn 2 --gbsa h2o --charg 3 --uhf 0。因为xtb计算能力有限，我在 ...

这个体系实验上已知配体不会解离吗？

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-24 14:55
这个体系实验上已知配体不会解离吗？

配体是新合成的聚合物，我只是选择了一个结构单元，两边用H封装。实验在常温下操作，没有解离。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-24 08:42
配体是新合成的聚合物，我只是选择了一个结构单元，两边用H封装。实验在常温下操作，没有解离。

那可能这个聚合物是靠不止一个单体来和稀土螯合的，单一个单体确实不行。
当然也不能完全排除是xtb算得不准

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-24 15:48
那可能这个聚合物是靠不止一个单体来和稀土螯合的，单一个单体确实不行。
当然也不能完全排除是xtb算得 ...

老师，我用两个单体络合一个稀土原子，xtb跑动力学得到了想要的结果。1. 第一配位层中水距离稀土离子多元才算是第一配位层，距离2.8埃是7个水，距离3埃就有8个水？2.接下来我是不是可以取这个结果在gaussian下优化和单点能计算，用于分析。3. 就是xtb的计算精度不知道能不能发文章？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-6-26 09:16
老师，我用两个单体络合一个稀土原子，xtb跑动力学得到了想要的结果。1. 第一配位层中水距离稀土离子多元 ...

1. 按http://sobereva.com/414的方法判断
2. 对，但是不能只取这一帧，需要多取几个代表性的帧
3. 用xtb做构象搜索、MD可以，但是得到的结构必须用DFT做优化、算单点能

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-6-26 16:28
1. 按http://sobereva.com/414的方法判断
2. 对，但是不能只取这一帧，需要多取几个代表性的帧
3. 用xt ...

老师好，1、能不能在VMD中计算径向分布函数，确定La的配位数？之后去掉多余的水分子，再做构象搜索，和DFT计算？
2、两个配体能络合一个稀土原子，那么三个，四个呢？不知道能不能描述成至少需要两个配体才能络合一个稀土原子，之后就用两个配体络合一个稀土原子的构型作分析？还是当三个或四个配体络合稀土原子也做动力学，但是XTB程序的计算能力又很有限。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-8 08:39
老师好，1、能不能在VMD中计算径向分布函数，确定La的配位数？之后去掉多余的水分子，再做构象搜索，和DF ...

1. 可以，本质上跟我说的是一码事，只不过判断标准可能略有不同
2. 如果不能从其他方面排除2个以上配体配位的可能性，那就必须用动力学的方法来排除。xtb既然能跑得动2个配体，那么3个、4个配体问题不会太大，毕竟虽然配体分子数多了，但是水分子数少了。

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-8 16:26
1. 可以，本质上跟我说的是一码事，只不过判断标准可能略有不同
2. 如果不能从其他方面排除2个以上配体 ...

老师您好。1、我用不同的温度跑动力学，模拟到了不同的构型。常温298.15k下跑，一个配体能和稀土络合， 高温500K下，稀土会慢慢与配体分开，存在水球里面。那该用什么温度跑比较合适呢？如何确定？
2、该如何判断分子动力学模拟达到平衡了？我尝试用RMSD 曲线，发现波动很大。
3、对配体我做完了构象搜索，有没有什么方法对配体分析，哪些位点更易与稀土发生配位反应？社长说静电势完全忽略了配位键中的极化作用，不知道还有什么方法？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-13 06:01
老师您好。1、我用不同的温度跑动力学，模拟到了不同的构型。常温298.15k下跑，一个配体能和稀土络合，  ...

1. 如果只需要尽量多采到一些构象，建议比实验温度高一些（例如高30%左右），或者比稀土解离需要的温度略低一些。构象搜索完成、并且用DFT做了opt+freq，在高精度下做了单点能计算以后，代入室温（而非MD所用温度）算Boltzmann分布即可。
2. 对于构象搜索而言，一般更常用“是否搜到了更多的构象”为标准。如果一段时间内没有搜到新的构象，或者虽然搜到了新的构象但是无一例外能量都很高，就可以停了。至于多长时间没有新构象才可以停，需要自己查和你体系类似、模拟温度也类似的文献来确定。
3. 既然你已经决定跑MD了，那必然是跑完MD以后统计稀土最容易和谁配，这样最准。如果想在不考虑稀土离子的情况下，只分析配体得到最容易跟哪里配位，估计会很不靠谱，不容易描述配位键的极化作用是一方面，此外也不可能描述螯合作用。

护卫天使

老师好，同样在500K下，一个配合和三个配体在跑到中途之后，都发生了配体和稀土的分离，稀土跑到水球中（如38楼的图片），而两个配体的体系下无论在什么温度（400k,500k）跑都不会与稀土分离。为什么会发生这种情况？按理说一个配体应该是能与稀土络合，三个配体还能解释是空间位阻作用。（我找不到类似这种配体与稀土吸附的文献。）那该如何确定配体的数量？

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-13 13:13
老师好，同样在500K下，一个配合和三个配体在跑到中途之后，都发生了配体和稀土的分离，稀土跑到水球中（如 ...

你跑了多少条轨迹？必须每个温度都以不同初始构象跑很多条轨迹，才能说明问题，否则可能只是巧合。
仔细看http://sobereva.com/88

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-13 20:25
你跑了多少条轨迹？必须每个温度都以不同初始构象跑很多条轨迹，才能说明问题，否则可能只是巧合。
仔细 ...

每次模拟都是得到2000帧结构。但是同一体系（两个配体和一个稀土原子）跑不同温度的动力学{400K,500k}，我都是用同样一个初始构象，这应该不影响横向与一个或者三个配体的情况的比较吧。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-13 13:36
每次模拟都是得到2000帧结构。但是同一体系（两个配体和一个稀土原子）跑不同温度的动力学{400K,500k}， ...

不仅帧数要够多，轨迹数也要够多，也就是需要从不同初始构象分别跑很多条轨迹。原因在我刚才贴的链接里已经说了。

护卫天使

wzkchem5 发表于 2022-7-13 20:49
不仅帧数要够多，轨迹数也要够多，也就是需要从不同初始构象分别跑很多条轨迹。原因在我刚才贴的链接里已 ...

万分感谢老师的耐心回复。我看社长文章对于构型搜索，在动力学上模拟都是在一定温度下跑一次得到足够多的帧数后，再在molclus操作就行了。我也跑几条轨迹看看结果会怎么样。

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-7-13 14:19
万分感谢老师的耐心回复。我看社长文章对于构型搜索，在动力学上模拟都是在一定温度下跑一次得到足够多的 ...

sob老师只跑一条轨迹是因为他只关心能量最低的结构（或者能量最低的若干个结构），不关注由初始结构变成能量最低结构的过程，而且已知所有构象之间的转变足够容易。但是你现在想问的是为什么从初始结构跑MD会发生解离，那就有一个问题，万一解离的概率只有30%，而你跑的这一次就在那30%内，那你这个问题就成了一个伪问题。所以必须重复跑多次才能知道，初始结构是解离的概率大还是不解离的概率大。
由此引申，假如你要搜索的构象之间的势垒比较高的话，那么有可能即便只关心最稳定结构也要跑多条轨迹。比如一个酰胺，C-N键可以旋转，但是需要毫秒到秒级的时间，而你MD只能跑ps、ns级的时间。这时有可能需要手动把C-N键二面角扭转180度，再跑一个MD。当然更好的办法是改用那些并非纯粹基于普通MD的构象搜索方法，比如基于metadynamics的方法。