表面吸附问题求指导

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-22 10:44:42

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 10:18
各位老师大神好，我用vasp做表面吸附，优化完分子会解离，吸附表面的催化剂原子也发生错位啥的，这是什么 ...

最好贴上图。优化之后，分子会被活化了，分子的结构肯定会发生变化。解离的话，是分子的键发生断裂，分子分成了几部分，这就是解离吸附。至于催化剂的表面原子发生变化，应该是吸附过程中发生了表面重构之类的。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-22 11:04:51

liu_tiao 发表于 2016-6-22 10:44
最好贴上图。优化之后，分子会被活化了，分子的结构肯定会发生变化。解离的话，是分子的键发生断裂，分子 ...

试了半天不知道怎么上传图片啊。。。。？不好意思，刚注册的新手

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-22 11:26:32

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 11:04
试了半天不知道怎么上传图片啊。。。。？不好意思，刚注册的新手

你在摸索摸索，上传图片很简单的

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-22 14:34:20

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 11:04
试了半天不知道怎么上传图片啊。。。。？不好意思，刚注册的新手

仔细看置顶的新人必读，怎么传图，怎么修改帖子写得很详细
尝试发图片如果一次失败了，直接修改帖子，不要再发新的帖子

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-22 15:04:18

liu_tiao 发表于 2016-6-22 11:26
你在摸索摸索，上传图片很简单的

而且吸附能=Es-Et-Em得到的值是正的，这样可能吗？

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-22 15:15:01

本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-22 15:16 编辑

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:04
而且吸附能=Es-Et-Em得到的值是正的，这样可能吗？

你把这个图调好，最好是成键，然后说一下是什么物质。完全看不出来你这是什么分子。至于你这个吸附能表达式看不懂，文献一般都是Eads=Eslab/molecular-Eslab-Emolecular，吸附能为负表示放热，越负越稳定。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-22 15:25:44

liu_tiao 发表于 2016-6-22 15:15
你把这个图调好，最好是成键，然后说一下是什么物质。完全看不出来你这是什么分子。至于你这个吸附能表达 ...

嗯嗯，吸附能公式表达的意思是和你写的一样，我在算喹啉和咔唑分子在硫化钼表面的吸附，硫化钼切的（00-3）面，这张图是取了3 thickness片层。放在催化剂表面进行优化，结束后喹啉和咔唑都会解离掉，而且上层松弛的催化剂原子也会错位。p.s图中黄色原子为S，紫色为Mo，咖啡色为C,粉色为H，蓝色为N原子。

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-22 15:46:34

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:25
嗯嗯，吸附能公式表达的意思是和你写的一样，我在算喹啉和咔唑分子在硫化钼表面的吸附，硫化钼切的（00-3 ...

沿着MoS2的（001）方向切开，就是MoS2的一层。你的研究课题难道是碱性含氮分子对加氢脱硫的抑制机理？

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-22 15:55:08

liu_tiao 发表于 2016-6-22 15:46
沿着MoS2的（001）方向切开，就是MoS2的一层。你的研究课题难道是碱性含氮分子对加氢脱硫的抑制机理？

其实这不是我的课题，以前师姐做的，剩下一点数据，老板让我写篇文章，所以我沿用她之前切的（00-3）面，她以前只算了一层硫化钼，我感觉不合理想补点数据，多加几个片层算一下。题目大概就是咔唑和喹啉类化合物（包含几个衍生物）在硫化钼表面的吸附。

一直走 · 发表于 Post on 2016-6-22 16:11:20

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:55
其实这不是我的课题，以前师姐做的，剩下一点数据，老板让我写篇文章，所以我沿用她之前切的（00-3）面， ...

在算吸附的时候，下面衬底有固定吗？感觉切完的原子排列应该规则吧

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-22 16:11:58

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 15:55
其实这不是我的课题，以前师姐做的，剩下一点数据，老板让我写篇文章，所以我沿用她之前切的（00-3）面， ...

MoS2是S-Mo-S结构，你这个图表面怎么全是Mo原子，而不是S原子。而且盒子的最顶层和最底层也是Mo原子，层与层之间还有散落的Mo原子。你建的模型是不是有问题。我感觉文献对簇模型才说（00-3）表面，对slab模型说（001）表面，虽然意思是一样的。

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-22 16:15:46

一直走发表于 2016-6-22 16:11
在算吸附的时候，下面衬底有固定吗？感觉切完的原子排列应该规则吧

对的，底层固定了，是上面有的原子陷落下来了

一直走 · 发表于 Post on 2016-6-22 16:22:33

这是我按你的提示画出的图，和你的一样吗？

yuenanshuyao · 发表于 Post on 2016-6-22 16:29:48

一直走发表于 2016-6-22 16:22
这是我按你的提示画出的图，和你的一样吗？

我建的是Mo在上面，以前算过S在上面的好像算不下去一直失败，我也就不了了之，后面一直都算的Mo在上面，优化前如图。(谢谢大家的积极回帖和帮助

liu_tiao · 发表于 Post on 2016-6-22 16:43:23

本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-22 16:46 编辑

yuenanshuyao 发表于 2016-6-22 16:29
我建的是Mo在上面，以前算过S在上面的好像算不下去一直失败，我也就不了了之，后面一直都算的Mo在上面， ...

正常的MoS2（001）面是楼上那样的。表面全部是S原子，可能不会和碱性氮分子作用，所以吸附无法进行。但是你这样强行把Mo原子暴露出来，肯定是有问题的，和真实情况不一致，从热力学讲肯定也不稳定，所以几何优化之后，结构出现了很大的重构。建议你去找找文献，我看见过类似的文献。

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